6t9r

Aplysia californica AChBP in complex with a cytisine derivative

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 159.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine binding protein

Aplysia californica

UniProt Q8WSF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 AAA; UniProt 1–236 链 BBB; UniProt 1–236 链 CCC; UniProt 1–236 链 DDD; UniProt 1–236 链 EEE; UniProt 1–236 未记录 MXQ (1~{R},9~{S})-5-(3-oxidanylpropyl)-7,11-diazatricyclo[7.3.1.0^{2,7}]trideca-2,4-dien-6-one × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 21 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 5 K POTASSIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295.15 K;Starting protein concentration 12.5 mg/ml + 6 mM ligand BS82. Crystallised as hanging drops, the drop containing 1.5 ul protein, 0.2 ul reservoir (0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 10% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.0) and 0.3 ul microseeds from cytisine bound AChBP crystals (grown as sitting drops in 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 0.1 M HEPES pH 7.5). 分辨率 1.72 Å R-free 0.192
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 FFF; UniProt 1–236 链 GGG; UniProt 1–236 链 HHH; UniProt 1–236 链 III; UniProt 1–236 链 JJJ; UniProt 1–236 未记录 MXQ (1~{R},9~{S})-5-(3-oxidanylpropyl)-7,11-diazatricyclo[7.3.1.0^{2,7}]trideca-2,4-dien-6-one × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GOL GLYCEROL × 20 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 5 K POTASSIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295.15 K;Starting protein concentration 12.5 mg/ml + 6 mM ligand BS82. Crystallised as hanging drops, the drop containing 1.5 ul protein, 0.2 ul reservoir (0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 10% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.0) and 0.3 ul microseeds from cytisine bound AChBP crystals (grown as sitting drops in 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4, 0.1 M HEPES pH 7.5). 分辨率 1.72 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 85 个其他 PDB 条目、119 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8WSF8_APLCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 BBB; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 CCC; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 DDD; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 EEE; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 FFF; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 GGG; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 HHH; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 III; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 JJJ; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6t9r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6t9r
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6t9r
沉积日期 deposition_date2019-10-28
结构标题 titleAplysia californica AChBP in complex with a cytisine derivative
关键词 keywordsAcetylcholine binding protein, nicotinic receptor surrogate, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.66
零角强度 I(0) i0872643000.00
分子量 molecular_weight243280.0 kDa
排除体积 excluded_volume303190 ų
包络体积 envelope_volume410750 ų
水化壳体积 shell_volume73775 ų
包络直径 envelope_diameter161.2
壳层 Rg shell_rg50.23
包络 Rg envelope_rg45.97
形状 Rg shape_rg46.66
总 Rg total_rg46.77
总原子数 total_atoms33494
残基数 n_residues2058
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax159.4
Rg (实空间) rg_real47.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.75
I(0) (实空间) i0_real8.7260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal872400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7704
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.9
偏度 Skewness skewness0.450
峰度 Kurtosis kurtosis-0.459
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha168000000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.671; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)