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6td6

Structure of Drosophila melanogaster Dispatched bound to a modified Hedgehog ligand, HhN-C85II

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 116.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein dispatched

Drosophila melanogaster

UniProt Q9VNJ5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1218 未记录 Protein hedgehog × 1 （Q02936） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.76 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TD6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TBU Structure of Drosophila melanogaster Dispatched 提交 2019-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1218（1218 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DISP_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1218； UniProt 1–1218

Protein hedgehog

Drosophila melanogaster

UniProt Q02936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–471 未记录 Protein dispatched × 1 （Q9VNJ5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.76 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TD6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AT0 17-kDA fragment of hedgehog C-terminal autoprocessing domain 提交 1997-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 258–402（145 aa） 片段：17-KDA FRAGMENT OF C-TERMINAL DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；20% PEG 3350, 80 mM AMMONIUM SULFATE, 10 mM SODIUM CACODYLATE pH 5.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.275
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
6TYY Hedgehog autoprocessing mutant D46H 提交 2019-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 258–403（146 aa）
突变：D46H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Hepes, pH 7.5, 3.4 M sodium formate
分辨率 1.36 Å R-free 0.195

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HH_DROME
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6td6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6td6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6td6
沉积日期 deposition_date2019-11-07
结构标题 titleStructure of Drosophila melanogaster Dispatched bound to a modified Hedgehog ligand, HhN-C85II
关键词 keywords;RND transporter, Dispatched, Hedgehog, transmembrane domain, ectodomain, cholesteryl hemisuccinate, detergent micelle, digitonin, monomer, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.72 Å
零角强度 I(0) i0173211000.00
分子量 molecular_weight112210.0 kDa
排除体积 excluded_volume142920 ų
包络体积 envelope_volume188590 ų
水化壳体积 shell_volume45432 ų
包络直径 envelope_diameter120.8 Å
壳层 Rg shell_rg40.66 Å
包络 Rg envelope_rg35.15 Å
形状 Rg shape_rg35.66 Å
总 Rg total_rg36.29 Å
总原子数 total_atoms15718
残基数 n_residues982
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.9 Å
Rg (实空间) rg_real36.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal173200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9041
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.2 Å
偏度 Skewness skewness0.255
峰度 Kurtosis kurtosis-0.545
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30450000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.939
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)