SAXSdb — 6tqd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intimin

Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69

UniProt P19809

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 2 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 2 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 1 CHLORIDE ION × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EAE_ECO27
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–207； UniProt 450–655 作者链 B； PDB构建体 2–207； UniProt 450–655 作者链 C； PDB构建体 2–207； UniProt 450–655 作者链 D； PDB构建体 2–207； UniProt 450–655 作者链 E； PDB构建体 2–207； UniProt 450–655 作者链 F； PDB构建体 2–207； UniProt 450–655

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tqd
沉积日期 deposition_date	2019-12-16
结构标题 title	D00-D0 domain of Intimin
关键词 keywords	intimin, adhesion, passenger domain, bacterial Ig domain, BIG domain, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6tqd__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6tqd__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6tqd__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.56 Å
Rg（电子密度）	23.63 Å
总 Rg	24.05 Å
原子数	2974
残基数	202
排除体积	26238 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6tqd__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6tqd__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6tqd__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6tqd__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6tqd__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6tqd__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Intimin
分子量 formula_weight	21725.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	20690

SKQDILSLNIPHDINGTERSTQKIQLIVKSKYGLDRIVWDDSALRSQGGQIQHSGSQSAQDYQAILPAYVQGGSNVYKVTARAYDRNGNSSNNVLLTITVLSNGQVVDQVGVTDFTADKTSAKADGTEAITYTATVKKNGVAQANVPVSFNIVSGTAVLSANSANTNGSGKATVTLKSDKPGQVVVSAKTAEMTSALNANAVIFVDQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	574521
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2039

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6tqdA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tqdB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tqdC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tqdD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tqdE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tqdF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	56.039 Å
晶胞边长 b length_b	65.473 Å
晶胞边长 c length_c	79.378 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	77.78 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	84.76 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.480 Å
最低分辨率 resolution_low	24.830 Å
R 因子 r_factor	0.1807
R_work r_work	0.1789
R_free r_free	0.2155

D00-D0 domain of Intimin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intimin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tqd__assembly_5__model_1

6tqd__assembly_5__model_1 | I(q)

6tqd__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

D00-D0 domain of Intimin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intimin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tqd__assembly_5__model_1

6tqd__assembly_5__model_1 | I(q)

6tqd__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)