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6tyy

Hedgehog autoprocessing mutant D46H

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein hedgehog

Drosophila melanogaster

UniProt Q02936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 258–403 突变：D46H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Hepes, pH 7.5, 3.4 M sodium formate 分辨率 1.36 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TYY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AT0 17-kDA fragment of hedgehog C-terminal autoprocessing domain 提交 1997-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 258–402（145 aa） 片段：17-KDA FRAGMENT OF C-TERMINAL DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；20% PEG 3350, 80 mM AMMONIUM SULFATE, 10 mM SODIUM CACODYLATE pH 5.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.275
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2IBG Crystal Structure of Hedgehog Bound to the FNIII Domains of Ihog 提交 2006-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 49–198（150 aa） 片段：protein hedgehog N-product
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；2.0M Na/K phosphate pH 6.4, 0.2M lithium sulfate, 0.05M CAPS pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
6TD6 Structure of Drosophila melanogaster Dispatched bound to a modified Hedgehog ligand, HhN-C85II 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–471（471 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HH_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–146； UniProt 258–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tyy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tyy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tyy
沉积日期 deposition_date2019-08-09
结构标题 titleHedgehog autoprocessing mutant D46H
关键词 keywordsHedgehog autoprocessing doamin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.39 Å
零角强度 I(0) i04986930.00
分子量 molecular_weight15981.0 kDa
排除体积 excluded_volume20035 ų
包络体积 envelope_volume22348 ų
水化壳体积 shell_volume13103 ų
包络直径 envelope_diameter48.9 Å
壳层 Rg shell_rg20.27 Å
包络 Rg envelope_rg14.66 Å
形状 Rg shape_rg14.37 Å
总 Rg total_rg15.58 Å
总原子数 total_atoms1122
残基数 n_residues145
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.1 Å
Rg (实空间) rg_real15.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real4.9870e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7760e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4987000.0000
解质量估计 total_estimate0.7470
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.6 Å
偏度 Skewness skewness0.131
峰度 Kurtosis kurtosis-0.432
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1266000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.994
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6tyya_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.86 — Hedgehog/intein (Hint) domain
超家族 Superfamily superfamilyb.86.1 — Hedgehog/intein (Hint) domain
家族 Family familyb.86.1.1 — Hedgehog C-terminal (Hog) autoprocessing domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6tyyA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology16 — Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hedgehog/Intein (Hint) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)