SAXSdb — 6uka

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho-related GTP-binding protein RhoG

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–191	未记录	Engulfment and cell motility protein 2 × 1 （Q8BHL5） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M CHES, 0.95M sodium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6UKA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–184（184 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–184（184 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
7Y4A Crystal structure of human ELMO1 RBD-RhoG complex 提交 2022-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–184（184 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.91 M potassium phosphate dibasic and 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
8XM7 Cryo-EM structure of the RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 complex: RhoG/DOCK5/ELMO1 focused map 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–184（184 aa）	突变：Q61L	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.91 Å
8ZJ2 Cryo-EM structure of the RhoG/DOCK5/ELMO1/Rac1 complex 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–184（184 aa）	突变：Q61L	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.66 Å
9LX0 DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane 提交 2025-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–191（191 aa）链 G 1–191（191 aa）	突变：Q61L 突变：Q61L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.98 Å
9LXH DOCK5/ELMO1 complex with RhoG and Rac1 on lipid membrane 提交 2025-02-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–191（191 aa）	突变：Q61L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.52 Å

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHOG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–191； UniProt 1–191

Engulfment and cell motility protein 2

Mus musculus

UniProt Q8BHL5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–80	片段：Ras-binding Domain	Rho-related GTP-binding protein RhoG × 1 （P84095） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M CHES, 0.95M sodium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELMO2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6uka
沉积日期 deposition_date	2019-10-04
结构标题 title	Crystal structure of RHOG and ELMO complex
关键词 keywords	RHOG, ELMO, RBD, complex, CELL ADHESION, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.97 Å
零角强度 I(0) i0	14302800.00
分子量 molecular_weight	28066.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34984 Å³
包络体积 envelope_volume	41436 Å³
水化壳体积 shell_volume	18095 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.61 Å
包络 Rg envelope_rg	20.28 Å
形状 Rg shape_rg	19.99 Å
总 Rg total_rg	20.72 Å
总原子数 total_atoms	1987
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6507
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.391
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.308
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2693000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.387; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rho-related GTP-binding protein RhoG
分子量 formula_weight	21334.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2113

MQSIKCVVVGDGAVGKTCLLICYTTNAFPKEYIPTVFDNYSAQSAVDGRTVNLNLWDTAGQEEYDRLRTLSYPQTNVFVICFSIASPPSYENVRHKWHPEVCHHCPDVPILLVGTKKDLRAQPDTLRRLKEQGQAPITPQQGQALAKQIHAVRYLECSALQQDGVKEVFAEAVRAVLNPTPIKRGRSCILL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Engulfment and cell motility protein 2
分子量 formula_weight	9032.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPPPSDIVKVAIEWPGANAQLLEIDQKRPLASIIKEVCDGWSLPNPEYYTLRYADGPQLYVTEQTRNDIKNGTILQLAVSA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6ukaa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.279 Å
晶胞边长 b length_b	40.060 Å
晶胞边长 c length_c	73.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	27.010 Å
R 因子 r_factor	0.1909
R_work r_work	0.1856
R_free r_free	0.2366

fit	/app/data/saxs_computation/uk/6uka/6uka.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uk/6uka/6uka.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uk/6uka/6uka.dat

Crystal structure of RHOG and ELMO complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho-related GTP-binding protein RhoG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Engulfment and cell motility protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)