SAXSdb — 6usm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Non-structural protein NS1 × 1 （Q6TV13） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3SHQ8_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392

Non-structural protein NS1

Human parvovirus B19

UniProt Q6TV13

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Maltodextrin-binding protein × 1 （C3SHQ8） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6TV13_PAVHB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6usm
沉积日期 deposition_date	2019-10-28
结构标题 title	Structure of nuclease domain of human parvovirus B19 non-structural protein 1 in complex with zinc
关键词 keywords	B19, DNA binding protein, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6usm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6usm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6usm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.60 Å
Rg（电子密度）	25.71 Å
总 Rg	26.59 Å
原子数	4190
残基数	532
排除体积	75019 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6usm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein
分子量 formula_weight	40805.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4190

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKGLKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTVPHM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Expression vector pET-mod

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-structural protein NS1
分子量 formula_weight	19475.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MELFRGVLQVSSNVLDCANDNWWCSLLDLDTSDWEPLTHTNRLMAIYLSSVASKLDLTGGPLAGCLYFFQVECNKFEEGYHIHVVIGGPGLNPRNLTVCVEGLFNNVLYHFVTENVKLKFLPGMTTKGKYFRDGEQFIENYLMKKIPLNVVWCVTNIDGYIDTCISATFRR

来源 Source

来源生物 organism	Human parvovirus B19
通用名 common_name	HPV B19
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10798
宿主生物 host_organism	Expression vector pET-mod

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6usmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1310 — Replication Protein E1; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	102.690 Å
晶胞边长 b length_b	102.690 Å
晶胞边长 c length_c	134.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.370 Å
最低分辨率 resolution_low	47.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

Structure of nuclease domain of human parvovirus B19 non-structural protein 1 in complex with zinc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Non-structural protein NS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6usm__assembly_1__model_1

6usm__assembly_1__model_1 | I(q)

6usm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of nuclease domain of human parvovirus B19 non-structural protein 1 in complex with zinc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Non-structural protein NS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6usm__assembly_1__model_1

6usm__assembly_1__model_1 | I(q)

6usm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)