8e0p

Crystal structure of mouse APCDD1 in fusion with engineered MBP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 174.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e0p
沉积日期 deposition_date	2022-08-09
结构标题 title	Crystal structure of mouse APCDD1 in fusion with engineered MBP
关键词 keywords	cell signaling protein, beta barrel, lipid binding protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.22 Å
零角强度 I(0) i0	1809790000.00
分子量 molecular_weight	356240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	445510 Å³
包络体积 envelope_volume	631950 Å³
水化壳体积 shell_volume	98842 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.2 Å
壳层 Rg shell_rg	56.25 Å
包络 Rg envelope_rg	52.77 Å
形状 Rg shape_rg	54.21 Å
总 Rg total_rg	54.29 Å
总原子数 total_atoms	25138
残基数 n_residues	3133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.3 Å
Rg (实空间) rg_real	53.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1810000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8578
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.288
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	86510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.405

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein, Protein APCDD1 complex
分子量 formula_weight	91658.3 kDa
突变 mutation	D84A, K85A, E174A, N175A, A217H, K221H, K241A, A314V, I319V, E361A, K364A, D365A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	25921

ETGKTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRVAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAFKESQCHHMLKHLHNGARITVQMPPTIEGHWVSTGCEVRSGPEFMTRSYRFYNNNTFKAYQFYYGSNRCTNPTYTLIIRGKIRLRQASWIIRGGTEADYQLHGVQVICHTEAVAEQLSRLVNRTCPGFLAPGGPWVQDVAYDLWQEESNHECTKAVNFAMHELQLIRVEKQYPHHSLDHLVEELFLGDIHTDATQRVFYRPSSYQPPLQNAKNHNHACIACRIIFRSDEHHPPILPPKADLTIGLHGEWVSQRCEVRPEVLFLTRHFIFHDNNNTWEGHYYHYSDPVCKHPTFTIYARGRYSRGVLSSKVMGGTEFVFKVNHMKVTPMDAATASLLNVFSGNECGAEGSWQVGIQQDVTHTNGCVALGIKLPHTEYEIFKMEQDTRGRYLLFNGQRPSDGSSPDRPEKRATSYQMPLVQCASSSPRAEELLEDSQGTHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE
分子量 formula_weight	257.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	643

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.914 Å
晶胞边长 b length_b	98.361 Å
晶胞边长 c length_c	156.513 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.330 Å
最低分辨率 resolution_low	39.670 Å
R 因子 r_factor	0.1932
R_work r_work	0.1924
R_free r_free	0.2395

fit	/app/data/saxs_computation/e0/8e0p/8e0p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e0/8e0p/8e0p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e0/8e0p/8e0p.dat