6uxe

Structure of the human mitochondrial desulfurase complex Nfs1-ISCU2(M140I)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.57 A resolution showing flexibility of N terminal end of ISCU2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Acyl carrier protein × 2 （B7MJ81） Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 （Q9H1K1） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 12 1,2-ETHANEDIOL × 100 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 6 {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–406； UniProt 56–457

LYR motif-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9HD34

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） Acyl carrier protein × 2 （B7MJ81） Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 （Q9H1K1） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 12 1,2-ETHANEDIOL × 100 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 6 {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYRM4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

Acyl carrier protein

Escherichia coli

UniProt B7MJ81

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 （Q9H1K1） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 12 1,2-ETHANEDIOL × 100 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 6 {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACP_ECO45
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78

Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9H1K1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 （Q9Y697） LYR motif-containing protein 4 × 2 （Q9HD34） Acyl carrier protein × 2 （B7MJ81） PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GLYCEROL × 12 1,2-ETHANEDIOL × 100 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 6 {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ISCU_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–135； UniProt 35–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6uxe
沉积日期 deposition_date	2019-11-07
结构标题 title	Structure of the human mitochondrial desulfurase complex Nfs1-ISCU2(M140I)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.57 A resolution showing flexibility of N terminal end of ISCU2
关键词 keywords	human mitochondrial cysteine desulfurase complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6uxe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6uxe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6uxe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.25 Å
Rg（电子密度）	36.92 Å
总 Rg	37.21 Å
原子数	11354
残基数	1362
排除体积	204510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6uxe__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine desulfurase, mitochondrial
分子量 formula_weight	45081.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6265

MGSSLRPLYMDVQATTPLDPRVLDAMLPYLINYYGNPHSRTHAYGWESEAAMERARQQVASLIGADPREIIFTSGATESNNIAIKGVARFYRSRKKHLITTQTEHKCVLDSCRSLEAEGFQVTYLPVQKSGIIDLKELEAAIQPDTSLVSVMTVNNEIGVKQPIAEIGRICSSRKVYFHTDAAQAVGKIPLDVNDMKIDLMSISGHKIYGPKGVGAIYIRRRPRVRVEALQSGGGQERGMRSGTVPTPLVVGLGAACEVAQQEMEYDHKRISKLSERLIQNIMKSLPDVVMNGDPKHHYPGCINLSFAYVEGESLLMALKDVALSSGSACTSASLEPSYVLRAIGTDEDLAHSSIRFGIGRFTTEEEVDYTVEKCIQHVKRLREMSPLWEMVQDGIDLKSIKWTQH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LYR motif-containing protein 4
分子量 formula_weight	10763.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAASSRAQVLALYRAMLRESKRFSAYNYRTYAVRRIRDAFRENKNVKDPVEIQTLVNKAKRDLGVIRRQVHIGQLYSTDKLIIENRDMPRT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8514.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

STIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial
分子量 formula_weight	15666.1 kDa
突变 mutation	M140I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAYHKKVVDHYENPRNVGSLDKTSKNVGTGLVGAPACGDVMKLQIQVDEKGKIVDARFKTFGCGSAIASSSLATEWVKGKTVEEALTIKNTDIAKELCLPPVKLHCSILAEDAIKAALADYKLKQEPKKGEAEKKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	50

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL
分子量 formula_weight	296.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE
分子量 formula_weight	154.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	{[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID
分子量 formula_weight	292.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
分子量 formula_weight	540.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	390

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6uxea1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d6uxea2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6uxeb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.71 — LYR proteins from mammalian respiratory complex I
超家族 Superfamily superfamily	f.71.1 — LYR protein-like
家族 Family family	f.71.1.1 — LYR proteins

结构域编号 domain_id	d6uxec_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.1 — Acyl-carrier protein (ACP)

结构域编号 domain_id	d6uxed1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.224 — SufE/NifU
超家族 Superfamily superfamily	d.224.1 — SufE/NifU
家族 Family family	d.224.1.2 — NifU/IscU domain

结构域编号 domain_id	d6uxed2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6uxeA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	6uxeD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1010 — Sufe protein. Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	86.410 Å
晶胞边长 b length_b	86.410 Å
晶胞边长 c length_c	245.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.570 Å
最低分辨率 resolution_low	48.980 Å
R 因子 r_factor	0.1576
R_work r_work	0.1564
R_free r_free	0.1796

Structure of the human mitochondrial desulfurase complex Nfs1-ISCU2(M140I)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.57 A resolution showing flexibility of N terminal end of ISCU2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LYR motif-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6uxe__assembly_1__model_1

6uxe__assembly_1__model_1 | I(q)

6uxe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer

实体 17 Entity 17 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)