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6v3k

Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 100.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

Human immunodeficiency virus 1

UniProt P39476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–64 链 B； UniProt 1–64 链 C； UniProt 1–64 链 D； UniProt 1–64 未记录 viral DNA non-transferred strand × 2 viral DNA transferred strand × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å R-free 0.555
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–64 链 B； UniProt 1–64 链 C； UniProt 1–64 链 D； UniProt 1–64 未记录 viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å R-free 0.555
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–64 链 B； UniProt 1–64 链 C； UniProt 1–64 链 D； UniProt 1–64 未记录 viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å R-free 0.555

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6V3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BBX NON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–63（63 aa）
链 D 1–63（63 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 1
NMR样品组成 H2O:D2O 9:1
分辨率未提供
1C8C CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS 提交 2000-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3MM SSO7D, 1.3MM DUPLEX DNA, 2.5 MM TRIS (PH 6.5), 2.5% PEG 400, EQUILIBRATED AGAINST 15% PEG 400 at pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.45 Å R-free 0.287
1JIC SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SSO7D WITH RNASE ACTIVITY, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–62（62 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；300 K
NMR样品组成 H2O
分辨率未提供
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350
分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350
分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside
分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside
分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside
分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside
分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside
分辨率 2.75 Å R-free 0.248
5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside
分辨率 2.75 Å R-free 0.248
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–64（64 aa）
链 F 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–64（64 aa）
链 H 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–64（64 aa）
链 F 1–64（64 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–64（64 aa）
链 H 1–64（64 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 78S (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 7B5 methyl (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 FAR FARNESYL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 C0X (2S)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 KLQ Bictegravir × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6VOY Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome 提交 2020-02-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.70 Å

共 19 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DN7D_SACS2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 B； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 C； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 D； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q76353

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–288 链 B； UniProt 1–288 链 C； UniProt 1–288 链 D； UniProt 1–288 未记录 viral DNA non-transferred strand × 2 viral DNA transferred strand × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å R-free 0.555
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–288 链 B； UniProt 1–288 链 C； UniProt 1–288 链 D； UniProt 1–288 未记录 viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å R-free 0.555
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–288 链 B； UniProt 1–288 链 C； UniProt 1–288 链 D； UniProt 1–288 未记录 viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å R-free 0.555

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6V3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BIZ HIV-1 INTEGRASE CORE DOMAIN 提交 1998-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 762–927（166 aa） 片段：CORE DOMAIN, RESIDUES 54 - 212
链 B 762–927（166 aa） 片段：CORE DOMAIN, RESIDUES 54 - 212
突变：C56S, F185K 突变：C56S, F185K CAC CACODYLATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 100 MM HEPES, PH 7.0, 5 MM DTT
分辨率 1.95 Å R-free 0.253
1HYV HIV INTEGRASE CORE DOMAIN COMPLEXED WITH TETRAPHENYL ARSONIUM 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC CORE DOMAIN (RESIDUES 50-212)
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 TTA TETRAPHENYL-ARSONIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG8000, NH4SO4, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.263
1HYZ HIV INTEGRASE CORE DOMAIN COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF TETRAPHENYL ARSONIUM. 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC CORE DOMAIN (RESIDUES 50-212)
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 TTO (3,4-DIHYDROXY-PHENYL)-TRIPHENYL-ARSONIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG8000, NH4SO4, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.291
1QS4 Core domain of HIV-1 integrase complexed with Mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2H-tetrazol-5-yl)-propenone 提交 1999-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 771–924（154 aa） 片段：Catalytic core domain
链 B 771–924（154 aa） 片段：Catalytic core domain
突变：F185K, W131E 突变：F185K, W131E MG MAGNESIUM ION × 2 100 1-(5-CHLOROINDOL-3-YL)-3-HYDROXY-3-(2H-TETRAZOL-5-YL)-PROPENONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；30% PEG 4000, 100 MM HEPES, 5 MM MGCL2, 5 MM DTT, 1% GLYCEROL, pH 7.00
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1QS4 Core domain of HIV-1 integrase complexed with Mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2H-tetrazol-5-yl)-propenone 提交 1999-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 771–924（154 aa） 片段：Catalytic core domain
突变：F185K, W131E MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；30% PEG 4000, 100 MM HEPES, 5 MM MGCL2, 5 MM DTT, 1% GLYCEROL, pH 7.00
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
3LPT HIV integrase 提交 2010-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：HIV integrase core domain
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 723 (6-chloro-2-oxo-4-phenyl-1,2-dihydroquinolin-3-yl)acetic acid × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 P03 2-[3-[3-(2-hydroxyethoxy)propoxy]propoxy]ethanol × 2 SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 0.1M (NH4)2SO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.272
3LPU HIV integrase 提交 2010-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：HIV integrase core domain
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 976 (2S)-2-(6-chloro-2-methyl-4-phenylquinolin-3-yl)pentanoic acid × 2 P03 2-[3-[3-(2-hydroxyethoxy)propoxy]propoxy]ethanol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 0.1M (NH4)2SO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.221
3NF6 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 IMV 5-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
3NF7 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, UNP residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, UNP residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 10 ACY ACETIC ACID × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CIW 5-[(5-chloro-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.207
3NF8 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 6 CDQ 6-[(5-chloro-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 6 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.198
3NF9 Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 11 CD9 5-[(6-chloro-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACY ACETIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.208
3NFA Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：catalytic domain, residues 50-212
突变：F185H, C56S, F139D 突变：F185H, C56S, F139D SO4 SULFATE ION × 8 CBJ 6-[(5-bromo-2,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 4 ACY ACETIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.204
3ZCM Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design. 提交 2012-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 PX3 5-[[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl-prop-2-enyl-amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
3ZSO Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based design 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACY ACETIC ACID × 4 NA SODIUM ION × 2 O2N 5-{[(2-{[bis(4-methoxyphenyl)methyl]carbamoyl}benzyl)(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；1.7 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.209
3ZSQ Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 3 O4N 5-[[[2-[[(1S)-1-(4-METHOXYPHENYL)BUTYL]CARBAMOYL]PHENYL]METHYL-PROP-2-ENYL-AMINO]METHYL]-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
3ZSR Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 O3N (2S)-2-(2-carboxyethyl)-6-{[{2-[(cyclohexylmethyl)carbamoyl]benzyl}(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40MM TRIS PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
3ZSV Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 ZSV (R)-[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl-[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.198
3ZSW Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES THR THREONINE × 2 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZSW (R)-[2-[[(2R)-butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl-[[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
3ZSX Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 N44 5-({[2-(benzylcarbamoyl)benzyl](prop-2-en-1-yl)amino}methyl)-1,3-benzodioxole-4-carboxylate × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.228
3ZSY Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 OM3 (R)-(4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-(CYCLOHEXYLMETHYLCARBAMOYL)PHENYL]METHYL]-METHYL-AZANIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
3ZSZ Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 5 OM2 (R)-[2-[[(2S)-BUTAN-2-YL]CARBAMOYL]PHENYL]METHYL-[(4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL]-METHYL-AZANIUM × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
3ZT0 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ZT0 (4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)-N-{2-[(4-METHOXYBENZYL)CARBAMOYL]BENZYL}-N-METHYLMETHANAMINIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.240
3ZT1 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 OM1 (4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-[(4-METHOXYPHENYL)METHYLCARBAMOYL]PHENYL]METHYL]AZANIUM × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 4 0MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.199
3ZT2 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 ZT2 5-[(E)-(2-OXO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YLIDENE)METHYL]-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40MM TRIS PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
3ZT3 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZT4 5-{(E)-[(2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YLIDENE]METHYL}-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40MM TRIS PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0M AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.95 Å R-free 0.216
3ZT4 Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design 提交 2011-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
链 B 56–212（157 aa） 片段：CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZT2 5-[(E)-(2-OXO-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YLIDENE)METHYL]-1,3-BENZODIOXOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.20 Å R-free 0.229
4CE9 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 O3N (2S)-2-(2-carboxyethyl)-6-{[{2-[(cyclohexylmethyl)carbamoyl]benzyl}(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.10 Å R-free 0.213
4CEA Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZSW (R)-[2-[[(2R)-butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl-[[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4CEB Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 ZSV (R)-[(2S)-5-carboxy-2-(2-carboxyethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl]methyl-[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl]-prop-2-enyl-azanium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.198
4CEC Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 2SS (2S)-6-[[[2-(cyclobutylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-prop-2-enyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.195
4CED Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 9NS (2S)-6-[[[2-(furan-2-ylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-prop-2-enyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.194
4CEE Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 B0T (2S)-6-[[[2-[[(2S)-butan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.201
4CEF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-512
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 D0T (2S)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[[methyl-[[2-[(phenylmethyl)carbamoyl]phenyl]methyl]amino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
4CEO Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 G0T (2S)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.195
4CEQ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 QCH (2S)-6-[[[2-(cyclohexylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.198
4CER Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 VL4 (2S)-6-[[[2-(cyclobutylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.201
4CES Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 NFW (2S)-6-[[[2-(furan-2-ylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.85 Å R-free 0.197
4CEZ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 O3N (2S)-2-(2-carboxyethyl)-6-{[{2-[(cyclohexylmethyl)carbamoyl]benzyl}(prop-2-en-1-yl)amino]methyl}-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
4CF0 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 O5U (2R)-6-[[(1R,2S)-2-(6-azanylhexanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.85 Å R-free 0.225
4CF1 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 3 IY7 (2s)-6-[[(1r,2s)-2-(5-azanylpentanoylamino)-2,3-dihydro-1h-inden-1-yl]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.209
4CF2 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 3GM (2s)-6-[[(1r,2s)-2-(4-azanylbutanoylamino)-2,3-dihydro-1h-inden-1-yl]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
4CF8 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 V7H (2S)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[[[2-[(phenylmethyl)carbamoyl]phenyl]methylamino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.65 Å R-free 0.196
4CF9 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 5EY (3R)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[(E)-[(2R)-2-oxidanyl-2,3-dihydroinden-1-ylidene]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 EE2 (2R)-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-6-[(E)-[(2S)-2-oxidanyl-2,3-dihydroinden-1-ylidene]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.10 Å R-free 0.199
4CFA Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 WOP 5-[[methyl-[[(1S)-2-oxidanylidene-1-phenyl-2-[(phenylmethyl)amino]ethyl]carbamoyl]amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.215
4CFB Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 5 OM3 (R)-(4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-(CYCLOHEXYLMETHYLCARBAMOYL)PHENYL]METHYL]-METHYL-AZANIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.219
4CFC Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 7NV 5-[[[(1S)-2-(butylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]carbamoyl-methyl-amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4CFD Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 S8Y 5-[[[(1R)-2-(tert-butylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]carbamoyl-methyl-amino]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.15 Å R-free 0.237
4CGD Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 8P3 2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
4CGF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 UJ6 5-{[(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]methyl}-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.230
4CGG Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K5Q (2S)-6-[(E)-[(2E)-2-hydroxyimino-3H-inden-1-ylidene]methyl]-2-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.199
4CGH Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 ACY ACETIC ACID × 2 LOZ 5-[[(1S,2R)-2-(4-azanylbutanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.76 Å R-free 0.203
4CGI Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 NZL 5-[[(1S,2S)-2-(6-azanylhexanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.07 Å R-free 0.211
4CGJ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 2 NZL 5-[[(1S,2S)-2-(6-azanylhexanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.15 Å R-free 0.200
4CHN Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 ONZ 2-(1,3-benzodioxol-4-ylcarbonylamino)ethanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.194
4CHO Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 2 U2Z [1-[2-(aminomethyl)phenyl]-5-methyl-pyrazol-3-yl]methanol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.198
4CHP Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 IMV 5-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.198
4CHQ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ACT ACETATE ION × 2 CWU 5-[[(1S,2R)-2-oxidanyl-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.203
4CHY Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACY ACETIC ACID × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 C5Q 5-(1H-indol-3-ylmethyl)-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.227
4CHZ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 H75 2-(4-bromophenyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3(2H)-one × 1 LYS LYSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
4CIF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 JDX 2-methoxy-6-[[[2-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.191
4CIG Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 8 X0P 2-methoxy-6-[[[3-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]naphthalen-2-yl]methyl-methyl-amino]methyl]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.188
4CJ3 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 E4F 5-[[(1R,2S)-2-(5-azanylpentanoylamino)-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.212
4CJ4 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 S3G 5-[(2S)-4-methyl-2-[(pyridin-4-ylcarbonylamino)methyl]pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
4CJ5 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 4VW 5-[(2S)-2-[[(4-aminophenyl)carbonylamino]methyl]-4-methyl-pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.201
4CJE Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 Q31 5-[(2S)-2-[[2-(1H-imidazol-4-yl)ethanoylamino]methyl]-4-methyl-pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.195
4CJF Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 ACT ACETATE ION × 5 RVN 5-[(E)-(2-oxidanylidene-1H-indol-3-ylidene)methyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4CJK Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 H39 5-[(2S)-4-methyl-2-{[(1H-pyrrol-3-ylacetyl)amino]methyl}pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.193
4CJL Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 9PA 5-[(2S)-2-{[(5-aminopentanoyl)amino]methyl}-4-methylpentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.77 Å R-free 0.229
4CJP Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2 4D2 5-[(2S)-4-methyl-2-[(pyridin-3-ylcarbonylamino)methyl]pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.195
4CJQ Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 ACT ACETATE ION × 3 VXO 5-[(2S)-2-[[2-(1H-indol-3-yl)ethanoylamino]methyl]-4-methyl-pentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.201
4CJR Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 9 CL CHLORIDE ION × 1 FYM 2-methoxy-6-[[[6-[(4-methoxyphenyl)methylcarbamoyl]-1,3-benzodioxol-5-yl]methyl-methyl-amino]methyl]benzoic acid × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
4CJS Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 L0Y 6-[[[2-(cyclohexylmethylcarbamoyl)phenyl]methyl-methyl-amino]methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.80 Å R-free 0.190
4CJT Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 HLR 1,2-benzoxazol-3-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.71 Å R-free 0.194
4CJU Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 5 JNS 5-[(Z)-2-phenylethenyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.199
4CJV Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 IV2 5-chloranyl-4-methyl-1,3-benzothiazol-2-amine × 2 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.208
4CJW Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 4 CBJ 6-[(5-bromo-2,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl)methyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.95 Å R-free 0.197
4CK1 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 2 OM1 (4-CARBOXY-1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL-[[2-[(4-METHOXYPHENYL)METHYLCARBAMOYL]PHENYL]METHYL]AZANIUM × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.75 Å R-free 0.185
4CK2 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 4 NVU 2-(1,2-benzoxazol-3-yl)ethanoic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.85 Å R-free 0.211
4CK3 Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 50-212
突变：YES 突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 ACT ACETATE ION × 4 K1T 5-[(2S)-2-{[(4-aminobutanoyl)amino]methyl}-4-methylpentyl]-1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.79 Å R-free 0.212
4OVL Interrogating HIV integrase for compounds that bind- a SAMPL challenge 提交 2013-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
链 B 50–212（163 aa）
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H SO4 SULFATE ION × 6 ACY ACETIC ACID × 7 1TD 3-[(E)-(2-oxidanylidene-1H-indol-3-ylidene)methyl]benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 mM TRIS PH 8.0, 250 mM NACL, 30 mM MGCL2, 5 mM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 mM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4Y1C Cyclic hexapeptide cyc[NdPopPKID] in complex with HIV-1 integrase core domain 提交 2015-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：residues 50-212
突变：C56S, W131D, F139D, F185H 突变：C56S, W131D, F139D, F185H CD CADMIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.15M SODIUM REMARK 280 CITRATE, 5MM CADMIUM CHLORIDE, PH 4.6
分辨率 2.30 Å R-free 0.295
5KGW HIV1 catalytic core domain in complex with inhibitor: (2~{S})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{H}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid 提交 2016-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 7SK (2S)-tert-butoxy[3-(3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)-1-methyl-1H-indol-2-yl]acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；8%PEG 8K .1M Ammonium Sulfate .1M Na-cacodylate pH 6.5 5mM DTT
分辨率 2.34 Å R-free 0.241
5KGX HIV1 catalytic core domain in complex with an inhibitor (2~{S})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{H}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid 提交 2016-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 7SK (2S)-tert-butoxy[3-(3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)-1-methyl-1H-indol-2-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；8%PEG 8K .1M Ammonium Sulfate .1M Na-cacodylate 5mM DTT
分辨率 2.67 Å R-free 0.244
5KRS HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain in Complex with an Allosteric Inhibitor, 3-(1H-pyrrol-1-yl)-2-thiophenecarboxylic acid 提交 2016-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 57–207（151 aa）
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 6XI 3-pyrrol-1-ylthiophene-2-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1 mM manganese chloride, 100 mM MES pH 6.7, 10% (w/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.70 Å R-free 0.186
5KRT HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) in Complex with a Fragment-Derived Allosteric Inhibitor 提交 2016-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–207（151 aa） 片段：unp residues 57-207
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 6W6 3-[2,5-bis(chloranyl)pyrrol-1-yl]thiophene-2-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1 mM manganese chloride, 100 mM MES pH 6.7, 10% (w/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.65 Å R-free 0.195
6L0C Crystal structure of HIV-1 Integrase catalytic core domain (A128T/K173Q/F185K) 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
突变：A128T, K173Q, F185K SO4 SULFATE ION × 8 ARS ARSENIC × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；sodium cacodylate, ammonium sulfate
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 KLQ Bictegravir × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6U8Q CryoEM structure of HIV-1 cleaved synaptic complex (CSC) intasome 提交 2019-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–288（288 aa）
链 B 1–288（288 aa）
链 C 1–288（288 aa）
链 D 1–288（288 aa）
链 I 1–288（288 aa）
链 J 1–288（288 aa）
链 K 1–288（288 aa）
链 L 1–288（288 aa）
链 M 1–288（288 aa）
链 N 1–288（288 aa）
链 O 1–288（288 aa）
链 P 1–288（288 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.67 Å
6UM8 HIV Integrase in complex with Compound-14 提交 2019-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–212（156 aa）
链 B 57–212（156 aa）
未记录 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 QCG (2S)-tert-butoxy[7-(8-fluoro-5-methyl-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)-5-methyl-2-phenylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate and 100 mM citric acid pH 3.5
分辨率 2.33 Å R-free 0.220
6VQS HIV Integrase Core domain (IN) in complex with [5-(3-fluorophenyl)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid 提交 2020-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：core domain (UNP residues 50-212)
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 IOD IODIDE ION × 8 R7J [5-(3-fluorophenyl)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 2.38 Å R-free 0.269
7L1P HIV Integrase Core domain (IN) in complex with dimer-spanning ligand 提交 2020-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：UNP residues 50-212
链 B 50–212（163 aa） 片段：UNP residues 50-212
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） R2A (2-{[3-(4-{2-[(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzene-1-carbonyl)amino]ethyl}piperazine-1-carbonyl)phenyl]ethynyl}-5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid × 1 IOD IODIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 1.85 Å R-free 0.284
7L23 HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-(5-(3-fluorophenyl)-2-(2-(thiophen-2-yl)ethynyl)-1- benzofuran-3-yl)ethanoic acid 提交 2020-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–206（150 aa） 片段：UNP residues 57-206
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 IOD IODIDE ION × 10 XFS 3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 2.26 Å R-free 0.280
7LQP Rapid development of potent inhibitors of the HIV integrase-LEDGF interaction by fragment-linking using off-rate screening 提交 2021-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 57–212（156 aa） 片段：core domain (UNP residues 57-212)
链 B 57–212（156 aa） 片段：core domain (UNP residues 57-212)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IOD IODIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 12 YAV 2-[2-[2-[3-[2-[2-[2-[[3-[2-[3-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl]phenyl]carbonylamino]ethoxy]ethoxy]ethylcarbamoyl]phenyl]ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl]ethanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium iodide
分辨率 2.07 Å R-free 0.239
7RQ0 HIV Integrase CORE domain in complex with 2-{2-[2-(3-{[4-(2-{[(3-{2-[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)methyl]amino}ethyl)piperazin-1-yl]methyl}phenyl)ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl}acetic acid 提交 2021-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：CORE domain (UNP residues 50-212)
链 B 50–212（163 aa） 片段：CORE domain (UNP residues 50-212)
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 IOD IODIDE ION × 5 6I2 {2-[(3-{[4-(2-{[(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)methyl]amino}ethyl)piperazin-1-yl]methyl}phenyl)ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl}acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, pH 7.0, 100 mM potassium iodide
分辨率 1.95 Å R-free 0.270
7SIA HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-[2-(2-{3-[(4-{2-[(3-{2-[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)formamido]ethyl}piperazin-1-yl)methyl]phenyl}ethynyl)-5-methyl-1-benzofuran-3-yl]acetic acid 提交 2021-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa） 片段：core domain (UNP residues 50-212)
链 B 50–212（163 aa） 片段：core domain (UNP residues 50-212)
未记录 9I4 (2-{[3-({4-[2-(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzamido)ethyl]piperazin-1-yl}methyl)phenyl]ethynyl}-5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid × 1 IOD IODIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide
分辨率 1.85 Å R-free 0.264
7T9H HIV Integrase in complex with Compound-15 提交 2021-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–212（166 aa）
链 B 47–212（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GE7 (2S)-tert-butoxy[2-methyl-4-(4-methylphenyl)quinolin-3-yl]acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.6%(w/v) PEG 3350, 261 mM ammonium acetate, 0.81% glycerol(v/v), 91 mM magnesium chloride and 100 mM MES pH 6.0
分辨率 2.53 Å R-free 0.273
7T9O HIV Integrase in complex with Compound-25 提交 2021-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 47–209（163 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 GEI (2S)-tert-butoxy[4-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-5-{4-[2-(4-fluorophenyl)ethoxy]phenyl}-2,6-dimethylpyridin-3-yl]acetic acid × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.6%(w/v) PEG 3350, 261 mM ammonium acetate, 0.81% glycerol(v/v), 91 mM magnesium chloride and 100 mM MES pH 6.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.219
7U2U CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH Compound-2a AKA (2S)-2-(TERT-BUTOXY)-2-[7-(4,4-DIMETHYLPIPE RIDIN-1-YL)-8-{4-[2-(4-FLUOROPHENYL)ETHOXY]PHENYL}-2,5-DIM ETHYLIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-6-YL]ACETIC ACID 提交 2022-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–209（160 aa）
未记录 KZD (2S)-tert-butoxy[(4S)-7-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-8-{4-[2-(4-fluorophenyl)ethoxy]phenyl}-2,5-dimethylimidazo[1,2-a]pyridin-6-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2-0.18M Ammonium Sulfate, 100mM Na acetate pH 4.6-5.0
分辨率 1.84 Å R-free 0.211
7UOQ CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH (2S)-2-(TERT-BUTOXY)-2-(5-{2-[(2-CHLORO-6-M ETHYLPHENYL)METHYL]-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-6-YL}-4- (4,4-DIMETHYLPIPERIDIN-1-YL)-2-METHYLPYRIDIN-3-YL)ACETIC ACID 提交 2022-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–209（160 aa）
突变：C56S, F139D, F185H O20 (2S)-tert-butoxy[(5M)-5-{2-[(2-chloro-6-methylphenyl)methyl]-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-yl}-4-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-2-methylpyridin-3-yl]acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2-0.18M Ammonium Sulfate, 100mM Na acetate
分辨率 1.89 Å R-free 0.224
8D3S HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain F185H Mutant Complexed with BKC-110 提交 2022-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 50–212（163 aa）
突变：F185H QD6 (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 10% PEG8000, 5 mM DTT
分辨率 1.84 Å R-free 0.274
8S9Q HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) F185H Mutant Complexed with STP03-0404 提交 2023-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–212（163 aa）
未记录 WBV (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,3,6-trimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate (pH = 6.5), 10% PEG 8000, 5 mM DTT
分辨率 2.26 Å R-free 0.293

共 103 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q76353_9HIV1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288 作者链 B； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288 作者链 C； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288 作者链 D； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6v3k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6v3k
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6v3k
沉积日期 deposition_date2019-11-25
结构标题 titleStructure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c)
关键词 keywordsintegrase, intasome, enzyme, transposition, VIRAL PROTEIN-DNA complex; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.84 Å
零角强度 I(0) i0119756000.00
分子量 molecular_weight80695.0 kDa
排除体积 excluded_volume98596 ų
包络体积 envelope_volume131630 ų
水化壳体积 shell_volume37380 ų
包络直径 envelope_diameter106.8 Å
壳层 Rg shell_rg36.29 Å
包络 Rg envelope_rg30.19 Å
形状 Rg shape_rg29.82 Å
总 Rg total_rg30.47 Å
总原子数 total_atoms5636
残基数 n_residues649
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.8 Å
Rg (实空间) rg_real30.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal119800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8857
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.8 Å
偏度 Skewness skewness0.317
峰度 Kurtosis kurtosis-0.207
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11080000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.932
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6v3kD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)