SAXSdb — 6v3k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 8 DNA 4	viral DNA non-transferred strand × 2 viral DNA transferred strand × 2 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 4 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	与全部聚合物一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	与全部聚合物一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DN7D_SACS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 B； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 C； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64 作者链 D； PDB构建体 21–84； UniProt 1–64

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q76353

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 8 DNA 4	viral DNA non-transferred strand × 2 viral DNA transferred strand × 2 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 4 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	与全部聚合物一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	与全部聚合物一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	viral DNA non-transferred strand × 1 viral DNA transferred strand × 1 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q76353_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288 作者链 B； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288 作者链 C； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288 作者链 D； PDB构建体 96–383； UniProt 1–288

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6v3k
沉积日期 deposition_date	2019-11-25
结构标题 title	Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c)
关键词 keywords	integrase, intasome, enzyme, transposition, VIRAL PROTEIN-DNA complex; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6v3k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6v3k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6v3k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.32 Å
Rg（电子密度）	37.89 Å
总 Rg	38.21 Å
原子数	11272
残基数	1298
排除体积	197190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6v3k__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6v3k__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6v3k__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
分子量 formula_weight	42321.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5657

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMATVKFKYKGEEKEVDISKIKKVWRVGKMISFTYDEGGGKTGRGAVSEKDAPKELLQMLEKQKKGGGGGGGGGGGFLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	viral DNA non-transferred strand
分子量 formula_weight	8188.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ACTGCTAGAGATTTTCCCGCCCACGCT

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	viral DNA transferred strand
分子量 formula_weight	7773.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGCGTGGGCGGGAAAATCTCTAGCA

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide
分子量 formula_weight	432.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6v3kD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	214.508 Å
R 因子 r_factor	0.5491
R_work r_work	0.5491
R_free r_free	0.5549

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	142225

Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6v3k__assembly_1__model_1

6v3k__assembly_1__model_1 | I(q)

6v3k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6v3k__assembly_1__model_1

6v3k__assembly_1__model_1 | I(q)

6v3k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)