6vmx

Structure of HD14 TCR in complex with HLA-B7 presenting an EBV epitope

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Epstein-Barr nuclear antigen 3 × 1 （P12977） HD14 alpha chain × 1 HD14 beta chain × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Epstein-Barr nuclear antigen 3 × 1 （P12977） HD14 alpha chain × 1 HD14 beta chain × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1B07_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 25–300 作者链 F； PDB构建体 1–276； UniProt 25–300

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） Epstein-Barr nuclear antigen 3 × 1 （P12977） HD14 alpha chain × 1 HD14 beta chain × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） Epstein-Barr nuclear antigen 3 × 1 （P12977） HD14 alpha chain × 1 HD14 beta chain × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 G； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

Epstein-Barr nuclear antigen 3

物种未注明

UniProt P12977

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） HD14 alpha chain × 1 HD14 beta chain × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） HD14 alpha chain × 1 HD14 beta chain × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EBNA3_EBVB9
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–9； UniProt 379–387 作者链 H； PDB构建体 1–9； UniProt 379–387

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vmx
沉积日期 deposition_date	2020-01-28
结构标题 title	Structure of HD14 TCR in complex with HLA-B7 presenting an EBV epitope
关键词 keywords	TCR, MHC, EBV, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vmx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vmx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vmx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.79 Å
Rg（电子密度）	38.06 Å
总 Rg	38.15 Å
原子数	6736
残基数	831
排除体积	118110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vmx__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6vmx__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
分子量 formula_weight	32059.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	13564

GSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAGSHTLQSMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAREAEQRRAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Epstein-Barr nuclear antigen 3
分子量 formula_weight	1170.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

RPPIFIRRL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	HD14 alpha chain
分子量 formula_weight	22649.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

MILNVEQSPQSLHVQEGDSTNFTCSFPSSNFYALHWYRWETAKSPEALFVMTLNGDEKKKGRISATLNTKEGYSYLYIKGSQPEDSATYLCAFGSSNTGKLIFGQGTTLQVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	HD14 beta chain
分子量 formula_weight	27622.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

DTEVTQTPKHLVMGMTNKKSLKCEQHMGHRAMYWYKQKAKKPPELMFVYSYEKLSINESVPSRFSPECPNSSLLNLHLHALQPEDSALYLCASSQDLFTGGYTFGSGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	127

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晶胞边长 a length_a	165.459 Å
晶胞边长 b length_b	181.089 Å
晶胞边长 c length_c	190.292 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.710 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2420

Structure of HD14 TCR in complex with HLA-B7 presenting an EBV epitope

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Epstein-Barr nuclear antigen 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vmx__assembly_1__model_1

6vmx__assembly_1__model_1 | I(q)

6vmx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

Structure of HD14 TCR in complex with HLA-B7 presenting an EBV epitope

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Epstein-Barr nuclear antigen 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vmx__assembly_1__model_1

6vmx__assembly_1__model_1 | I(q)

6vmx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)