SAXSdb — 6vzg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 7

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477

Actin-like protein ARP9

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q05123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467

Nuclear protein STH1/NPS1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32597

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Regulator of Ty1 transposition protein 102 × 1 （P53330） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 17–813； UniProt 301–1097

Regulator of Ty1 transposition protein 102

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P53330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Actin-related protein 7 × 1 （Q12406） Actin-like protein ARP9 × 1 （Q05123） Nuclear protein STH1/NPS1 × 1 （P32597） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RT102_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vzg
沉积日期 deposition_date	2020-02-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102
关键词 keywords	Chromatin remodeling, Nucleosome, Gene Regulation, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vzg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vzg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vzg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.70 Å
Rg（电子密度）	30.74 Å
总 Rg	31.43 Å
原子数	7408
残基数	906
排除体积	132530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vzg__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`6vzg__assembly_1__model_2`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`6vzg__assembly_1__model_3`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`6vzg__assembly_1__model_4`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`6vzg__assembly_1__model_5`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`6vzg__assembly_1__model_6`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`6vzg__assembly_1__model_7`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`6vzg__assembly_1__model_8`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`6vzg__assembly_1__model_9`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`6vzg__assembly_1__model_10`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin-related protein 7
分子量 formula_weight	53863.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	74080

MTLNRKCVVIHNGSHRTVAGFSNVELPQCIIPSSYIKRTDEGGEAEFIFGTYNMIDAAAEKRNGDEVYTLVDSQGLPYNWDALEMQWRYLYDTQLKVSPEELPLVITMPATNGKPDMAILERYYELAFDKLNVPVFQIVIEPLAIALSMGKSSAFVIDIGASGCNVTPIIDGIVVKNAVVRSKFGGDFLDFQVHERLAPLIKEENDMENMADEQKRSTDVWYEASTWIQQFKSTMLQVSEKDLFELERYYKEQADIYAKQQEQLKQMDQQLQYTALTGSPNNPLVQKKNFLFKPLNKTLTLDLKECYQFAEYLFKPQLISDKFSPEDGLGPLMAKSVKKAGASINSMKANTSTNPNGLGTSHINTNVGDNNSTASSSNISPEQVYSLLLTNVIITGSTSLIEGMEQRIIKELSIRFPQYKLTTFANQVMMDRKIQGWLGALTMANLPSWSLGKWYSKEDYETLKRDRKQSQATNATN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-like protein ARP9
分子量 formula_weight	53131.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAPFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSDDAKKLSSFDFGNENEDEDEGTLNVAEIITSGRDTREVLEERERGQKVKNVKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSVLPAATKKKSKFMTNSTAFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nuclear protein STH1/NPS1
分子量 formula_weight	95077.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MGSSHHHHHHSQDPNSVRLAEELERQQLLEKRKKERNLHLQKINSIIDFIKERQSEQWSRQERCFQFGRLGASLHNQMEKDEQKRIEKTAKQRLAALKSNDEEAYLKLLDQTKDTRITQLLRQTNSFLDSLSEAVRAQQNEAKILHGEEVQPITDEEREKTDYYEVAHRIKEKIDKQPSILVGGTLKEYQLRGLEWMVSLYNNHLNGILADEMGLGKTIQSISLITYLYEVKKDIGPFLVIVPLSTITNWTLEFEKWAPSLNTIIYKGTPNQRHSLQHQIRVGNFDVLLTTYEYIIKDKSLLSKHDWAHMIIDEGHRMKNAQSKLSFTISHYYRTRNRLILTGTPLQNNLPELWALLNFVLPKIFNSAKTFEDWFNTPFANTGTQEKLELTEEETLLIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVEKDLPDKVEKVIKCKLSGLQQQLYQQMLKHNALFVGAGTEGATKGGIKGLNNKIMQLRKICNHPFVFDEVEGVVNPSRGNSDLLFRVAGKFELLDRVLPKFKASGHRVLMFFQMTQVMDIMEDFLRMKDLKYMRLDGSTKTEERTEMLNAFNAPDSDYFCFLLSTRAGGLGLNLQTADTVIIFDTDWNPHQDLQAQDRAHRIGQKNEVRILRLITTDSVEEVILERAMQKLDIDGKVIQAGKFDNKSTAEEQEAFLRRLIESETNRDDDDKAELDDDELNDTLARSADEKILFDKIDKERMNQERADAKAQGLRVPPPRLIQLDELPKVFREDIEEHFKKEDSEPLGRIRQKKRVYYDDGLTEEQFLEAVEDDNMSLEDAIKKRREARERRRLRQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Regulator of Ty1 transposition protein 102
分子量 formula_weight	17817.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MDPQTLITKANKVSYYGNPTSKESWRYDWYQPSKVSSNVQQPQQQLGDMENNLEKYPFRYKTWLRNQEDEKNLQRESCEDILDLKEFDRRILKKSLMTSHTKGDTSKATGAPSANQGDEALSVDDIRGAVGNSEAIPGLSAGVNNDNTKESKDVKMN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	415957

Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin-like protein ARP9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear protein STH1/NPS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Regulator of Ty1 transposition protein 102

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vzg__assembly_1__model_1

6vzg__assembly_1__model_1 | I(q)

6vzg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-like protein ARP9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear protein STH1/NPS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulator of Ty1 transposition protein 102

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vzg__assembly_1__model_1

6vzg__assembly_1__model_1 | I(q)

6vzg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)