SAXSdb — 6w16

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein fusion

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–28	未记录	458 Fab heavy chain × 1 458 Fab light chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6W16	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M7W Independently verified structure of gp41-M-MAT, a membrane associated MPER trimer from HIV-1 gp41 提交 2013-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–59（59 aa）链 B 1–59（59 aa）链 C 1–59（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM protein, 50 mM sodium phosphate, 100 mM [U-99% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5KWW Crystal Structure of Inhibitor JNJ-53718678 In Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2016-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–28（28 aa）片段：F0 (UNP residues 1-513) + Envelope glycoprotein (UNP residues 1-28)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 30 6YA 3-[[5-chloranyl-1-(3-methylsulfonylpropyl)indol-2-yl]methyl]-1-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]imidazo[4,5-c]pyridin-2-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.54 M potassium/sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CHES, pH 9.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
5U68 Structural basis for antibody cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus 提交 2016-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–28（28 aa）片段：UNP P03420 residues 1-513,UNP M1E1E4 residues 1-28 链 B 1–28（28 aa）片段：UNP P03420 residues 1-513,UNP M1E1E4 residues 1-28 链 C 1–28（28 aa）片段：UNP P03420 residues 1-513,UNP M1E1E4 residues 1-28	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.1M Potassium Nitrate, 0.1M Citrate Phosphate pH 4.2, 1 % Tacsimate pH 7.0, 14 (w/v) % PEG 6000	分辨率 3.08 Å R-free 0.239
6A0Z Crystal structure of broadly neutralizing antibody 13D4 bound to H5N1 influenza hemagglutinin, HA head region 提交 2018-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；0.1 M Bis-Tris-propane pH 6.5, 0.2 M NaAc and 18% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.218
6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–29（29 aa）链 B 1–29（29 aa）链 C 1–29（29 aa）	突变：N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V 突变：N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V 突变：N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000 10% 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5	分辨率 4.10 Å R-free 0.256
6CNV INFLUENZA B/BRISBANE HEMAGGLUTININ FAB CR9115 SD84H COMPLEX 提交 2018-03-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 B 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；100 mM sodium acetate, pH 4.5, 5.5 M sodium formate, and 5% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.276
6CXC 3.9A Cryo-EM structure of murine antibody bound at a novel epitope of respiratory syncytial virus fusion protein 提交 2018-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–30（30 aa）链 B 1–30（30 aa）链 C 1–30（30 aa）链 D 1–30（30 aa）链 E 1–30（30 aa）链 F 1–30（30 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
6DC3 RSV prefusion F bound to RSD5 Fab 提交 2018-05-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–28（28 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0	分辨率 3.50 Å R-free 0.205
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6G9I Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with clomipramine 提交 2018-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–28（27 aa）	突变：H613A,H613A,H613A,H613A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 GOL GLYCEROL × 12 CXX 3-(3-CHLORO-5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N,N-DIMETHYLPROPAN-1-AMINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；9% (w/v) PEG 6000 and 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.19 Å R-free 0.208
6ONA Crystal structure of Influenza hemagglutinin from strain A/Hickox/JY2/1940 提交 2019-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–28（28 aa）片段：UNP residues 18-509 链 B 1–28（28 aa）片段：UNP residues 18-509 链 C 1–28（28 aa）片段：UNP residues 18-509	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；287 K；0.1 uL 9.5 mg/mL SEC-purified InvbQ.18715.a.KN11.PD38349 in 2 5 mM Tris, pH 8.5, 150 mM sodium chloride + 0.1 uL mother liquor (0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.1 M magnesium chloride, 34% PEG400), flash-frozen, crystal ID 308018c7 data set les6-6	分辨率 1.95 Å R-free 0.230
6OUS Structure of fusion glycoprotein from human respiratory syncytial virus 提交 2019-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–28（28 aa）链 D 1–28（28 aa）链 F 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Tris 8.5, 10% PEG 8000, 200 mM ammonium sulfate	分辨率 3.40 Å R-free 0.275
6OUS Structure of fusion glycoprotein from human respiratory syncytial virus 提交 2019-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–28（28 aa）链 J 1–28（28 aa）链 L 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Tris 8.5, 10% PEG 8000, 200 mM ammonium sulfate	分辨率 3.40 Å R-free 0.275
6VKC Crystal Structure of Inhibitor JNJ-36811054 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2020-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–28（28 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 18 R0J 3-{[5-chloro-1-(4,4,4-trifluorobutyl)-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]methyl}-1-cyclopropyl-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one × 3 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.52M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.229
6VKD Crystal Structure of Inhibitor JNJ-36689282 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2020-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–28（28 aa）	未记录	R0P 1-cyclopropyl-3-({1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-2-yl}methyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one × 3 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.64M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.229
6VKE Crystal Structure of Inhibitor JNJ-40012665 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2020-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–28（28 aa）	未记录	NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 3 R0S 4-(5-chloro-2-{[1-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-oxo-1,2-dihydro-3H-imidazo[4,5-c]pyridin-3-yl]methyl}-1H-indol-1-yl)butanenitrile × 3 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.64M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.199
7AD1 Cryo-EM structure of a prefusion stabilized SARS-CoV-2 Spike (D614N, R682S, R685G, A892P, A942P and V987P)(One up trimer) 提交 2020-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–28（28 aa）链 B 1–28（28 aa）链 C 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
7FJN Cryo-EM structure of South African (B.1.351) SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with two T6 Fab 提交 2021-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–28（28 aa）链 B 1–28（28 aa）链 C 1–28（28 aa）	突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T 突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T 突变：R682G,R683S,R685S,K968P,V969P,S305T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
7KC1 Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA 提交 2020-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–28（28 aa）链 D 1–28（28 aa）链 I 1–28（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
7L7F Cryo-EM structure of human ACE2 receptor bound to protein encoded by vaccine candidate BNT162b1 提交 2020-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–28（28 aa）链 F 1–28（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
7MPG Cryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in complex with Fab AM14 提交 2021-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–29（29 aa）链 B 1–29（29 aa）链 C 1–29（29 aa）	突变：S155C,S190F,V207L,S290C 突变：S155C,S190F,V207L,S290C 突变：S155C,S190F,V207L,S290C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7QTI SARS-CoV-2 S Omicron Spike B.1.1.529 - 3-P2G3 and 1-P5C3 Fabs (Global) 提交 2022-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–30（30 aa）链 D 1–30（30 aa）链 K 1–30（30 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
7ZRV cryo-EM structure of omicron spike in complex with de novo designed binder, full map 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–30（30 aa）链 B 1–30（30 aa）链 C 1–30（30 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8HFX Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein in complex with white-tailed deer ACE2 提交 2022-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–29（29 aa）链 B 1–29（29 aa）链 C 1–29（29 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9BJM Crystal Structure of Inhibitor 5c in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2024-04-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–28（28 aa）	未记录	A1APZ 1'-{[5-chloro-1-(4,4,4-trifluorobutyl)-1H-1,3-benzimidazol-2-yl]methyl}-1-(methanesulfonyl)spiro[azetidine-3,3'-indol]-2'(1'H)-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3M NaFormate	分辨率 2.07 Å R-free 0.203

共 24 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M1E1E4_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 501–528； UniProt 1–28

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein fusion

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q6W8S4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–101 链 F； UniProt 112–489	未记录	458 Fab heavy chain × 1 458 Fab light chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6W16	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9OS5 Human antibody Fab MPV498 bound to hMPV B2 post-fusion F 提交 2025-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 19–483（465 aa）链 B 19–483（465 aa）链 C 19–483（465 aa）链 D 19–483（465 aa）链 E 19–483（465 aa）链 F 19–483（465 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6W8S4_9MONO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 F； PDB构建体 108–485； UniProt 112–489

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6w16
沉积日期 deposition_date	2020-03-03
结构标题 title	Crystal structure of a human metapneumovirus monomeric fusion protein complexed with 458 Fab
关键词 keywords	antibody, F protein, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.56 Å
零角强度 I(0) i0	127426000.00
分子量 molecular_weight	89319.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111240 Å³
包络体积 envelope_volume	164450 Å³
水化壳体积 shell_volume	37783 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.98 Å
包络 Rg envelope_rg	39.33 Å
形状 Rg shape_rg	39.51 Å
总 Rg total_rg	39.80 Å
总原子数 total_atoms	6265
残基数 n_residues	818
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.0 Å
Rg (实空间) rg_real	39.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	127400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5947
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.550
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0334
最高正则化参数 α highest_alpha	12520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.586; Smooth: 0.913

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein fusion
分子量 formula_weight	59100.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	6265

MSWKVMIIISLLITPQHGLKESYLEESCSTITEGYLSVLRTGWYTNVFTLEVGDVENLTCTDGPSLIKTELDLTKSALRELKTVSADQLAREEQIENPRQSKKRKRRVATAAAVTAGIAIAKTIRLESEVNAIKGALKTTNEAVSTLGNGVRVLATAVRELKEFVSKNLTSAINKNKCDIADLKMAVSFSQFNRRFLNVVRQFSDNAGITPAISLDLMTDAELARAVSYMPTSAGQIKLMLENRAMVRRKGFGILIGVYGSSVIYMVQLPIFGVIDTPCWIIKAAPSCSEKDGNYACLLREDQGWYCKNAGSTVYYPNEKDCETRGDHVFCDTAAGINVAEQSRECNINISTTNYPCKVSTGRHPISMVALSPLGALVACYKGVSCSIGSNRVGIIKQLPKGCSYITNQDADTVTIDNTVYQLSKVEGEQHVIKGRPVSSSFDPIRFPEDQFNVALDQVFESIENSQALVDQSNKILNSAEKGNTSGRENLYFQGGGGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGGTEGRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	458 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23316.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QGKLVESGGGVIQPGRSLRLSCAASGFDFSRYGLHWVRQAPGKGLEWVAVIVYAGSNKYYADSVKGRFTISKDNSKNTMHLQMSDLRTEDTAVYYCARDQAFDLWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTGGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	458 Fab light chain
分子量 formula_weight	23586.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPASLSASVGDRVTITCQASQGISRSVNWYQQKPGKAPKLLIFDASHLERGVPSRFSGSGYGTDFTFTISSLQPEDIATYYCQQYDNLRISFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6w16h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6w16l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6w16l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6w16H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6w16H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6w16L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6w16L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.489 Å
晶胞边长 b length_b	128.489 Å
晶胞边长 c length_c	188.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	41.050 Å
R 因子 r_factor	0.1934
R_work r_work	0.1897
R_free r_free	0.2339

fit	/app/data/saxs_computation/w1/6w16/6w16.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w1/6w16/6w16.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w1/6w16/6w16.dat

Crystal structure of a human metapneumovirus monomeric fusion protein complexed with 458 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)