6w6o

NaChBac-Nav1.7VSDII chimera and HWTX-IV complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 130.7 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NaChBac-Nav1.7VSDII chimera

Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 817–832 链 D； UniProt 817–832 链 F； UniProt 817–832 链 H； UniProt 817–832	未记录	Huwentoxin-IV × 4 （P83303） POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 10 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blotted for 5 seconds before plunging	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6W6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
21TP Open-state structure of veratridine-activated human Nav1.7 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1E26 Veratridine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
21TQ The structure of Nav1.7 with veratridine standing near the IFM motif (site I) 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 A1E26 Veratridine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
5EK0 Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936. 提交 2015-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1527–1559（33 aa）链 A 1581–1622（42 aa）链 B 1527–1559（33 aa）链 B 1581–1622（42 aa）链 C 1527–1559（33 aa）链 C 1581–1622（42 aa）链 D 1527–1559（33 aa）链 D 1581–1622（42 aa）	未记录	PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 21 5P2 3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；277 K；2.2 ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate pH 5.4	分辨率 3.53 Å R-free 0.272
6J8G Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (Y1755 up) 提交 2019-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J8H Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (Y1755 down) 提交 2019-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J8I Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (Y1755 up) 提交 2019-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J8J Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (Y1755 down) 提交 2019-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6N4Q CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (actived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 747–777（31 aa）链 A 811–842（32 aa）链 B 747–777（31 aa）链 B 811–842（32 aa）链 C 747–777（31 aa）链 C 811–842（32 aa）链 D 747–777（31 aa）链 D 811–842（32 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.	分辨率 3.60 Å
6N4R CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 747–777（31 aa）链 A 811–842（32 aa）链 B 747–777（31 aa）链 B 811–842（32 aa）链 C 747–777（31 aa）链 C 811–842（32 aa）链 D 747–777（31 aa）链 D 811–842（32 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.	分辨率 4.20 Å
6NT3 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel. 提交 2019-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1500–1631（132 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 76F (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate × 4 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 AJP Digitonin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6NT4 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel bound to alpha-scorpion toxin AaH2. 提交 2019-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1500–1631（132 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 76F (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate × 5 AJP Digitonin × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6VXO NaChBac-Nav1.7VSDII chimera in nanodisc 提交 2020-02-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 817–832（16 aa）链 C 817–832（16 aa）链 D 817–832（16 aa）链 E 817–832（16 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging	分辨率 3.50 Å
7K48 Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV 提交 2020-09-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 739–779（41 aa）链 A 805–830（26 aa）链 B 739–779（41 aa）链 B 805–830（26 aa）链 C 739–779（41 aa）链 C 805–830（26 aa）链 D 739–779（41 aa）链 D 805–830（26 aa）	突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V 突变：R398A,L506A,M513V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5-4.0 seconds before plunging	分辨率 3.60 Å
7W9K Cryo-EM structure of human Nav1.7-beta1-beta2 complex at 2.2 angstrom resolution 提交 2021-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
7W9L Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K)-beta1-beta2 complex 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	突变：E406K	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7W9M Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (S6IV pi helix conformer) 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	突变：E406K	9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7W9P Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (S6IV pi helix conformer) 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	突变：E406K	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7W9T Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (S6IV alpha helix conformer) 提交 2021-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	突变：E406K	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7XM9 Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-XEN907 提交 2022-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1977（1977 aa）	突变：W1150R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 G2E (7~{R})-1'-pentylspiro[6~{H}-furo[3,2-f][1,3]benzodioxole-7,3'-indole]-2'-one × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
7XMF Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-Nav1.7-IN2 提交 2022-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1977（1977 aa）	突变：W1150R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 G2W 3-[[4-[3-(4-fluoranyl-2-methyl-phenoxy)azetidin-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-~{N}-methyl-benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
7XMG Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-TCN-1752 提交 2022-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1977（1977 aa）	突变：W1150R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 G4I (1~{Z})-~{N}-[2-methyl-3-[(~{E})-[6-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methoxy]piperidin-1-yl]-1~{H}-1,3,5-triazin-2-ylidene]amino]phenyl]ethanimidic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
7XVE Human Nav1.7 mutant class-I 提交 2022-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	突变：E156K,G779R,L866F,T870M,A874F,V947F,M952F,V953F,V1438I,V1439F,G1454C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 18 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7XVF Nav1.7 mutant class2 提交 2022-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	突变：E156K,G779R,L866F,T870M,A874F,V947F,M952F,V953F,V1438I,V1439F,G1454C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 17 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8F0P Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-1305 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1630（130 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 X7L N-[6-(cyclopentylmethoxy)-1,3-benzothiazol-2-yl]-4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
8F0Q Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the acylsulfonamide inhibitor GDC-0310 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1630（130 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X7R 5-cyclopropyl-4-({1-[(1S)-1-(3,5-dichlorophenyl)ethyl]piperidin-4-yl}methoxy)-2-fluoro-N-(methanesulfonyl)benzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
8F0R Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the arylsulfonamide inhibitor GNE-3565 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1501–1630（130 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X7W 5-chloro-4-({(1S,2S,4S)-2-(dimethylamino)-4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclohexyl}amino)-2-fluoro-N-(pyrimidin-4-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8F0S Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-9296 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1501–1630（130 aa）片段：Chimeric construct of human Nav1.7 VSD4 and the NavPaS channel from American cockroach Periplaneta americana	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X80 5-chloro-4-(cyclopentylmethoxy)-N-(4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonyl)-2-fluorobenzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8G1A Cryo-EM structure of Nav1.7 with CBD 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 P0T cannabidiol × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8I5B Structure of human Nav1.7 in complex with bupivacaine 提交 2023-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 OJ0 Levobupivacaine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8I5G Structure of human Nav1.7 in complex with PF-05089771 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 T70 PF-05089771 × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8I5X Structure of human Nav1.7 in complex with Vinpocetine 提交 2023-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 T7F Vinpocetine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8I5Y Structure of human Nav1.7 in complex with vixotrigine 提交 2023-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 TB4 Vixotrigine × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8J4F Structure of human Nav1.7 in complex with Hardwickii acid 提交 2023-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 UK0 (4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 10 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8S9B Cryo-EM structure of Nav1.7 with LCM 提交 2023-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 LQO lacosamide × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8S9C Cryo-EM structure of Nav1.7 with CBZ 提交 2023-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 N6W benzo[b][1]benzazepine-11-carboxamide × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8THG Cryo-EM structure of Nav1.7 with RLZ 提交 2023-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 657 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8THH Cryo-EM structure of Nav1.7 with LTG 提交 2023-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 IYJ (6M)-6-(2,3-dichlorophenyl)-1,2,4-triazine-3,5-diamine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8XMM Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M9 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8XMN Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M2 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
8XMO Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M4 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8YHZ The co-crystal structure of the Fab fragment of Ab-1080 with NaV1.7 VSDII peptide 提交 2024-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 764–774（11 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2M potassium thiocyanate, 25% W/V Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.62 Å R-free 0.210
9ITI Nav1.7 with mutations that eliminate beta1 binding 提交 2024-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1988（1988 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 10 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å

共 42 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN9A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 98–113； UniProt 817–832 作者链 D； PDB构建体 98–113； UniProt 817–832 作者链 F； PDB构建体 98–113； UniProt 817–832 作者链 H； PDB构建体 98–113； UniProt 817–832

NaChBac-Nav1.7VSDII chimera

Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125)

UniProt Q9KCR8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–97 链 A； UniProt 111–274 链 D； UniProt 1–97 链 D； UniProt 111–274 链 F； UniProt 1–97 链 F； UniProt 111–274 链 H； UniProt 1–97 链 H； UniProt 111–274	未记录	Huwentoxin-IV × 4 （P83303） POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 10 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blotted for 5 seconds before plunging	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6W6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VWX NaChBac in lipid nanodisc 提交 2020-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–274（274 aa）链 D 1–274（274 aa）链 E 1–274（274 aa）链 F 1–274（274 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å
6VX3 NaChBac in GDN 提交 2020-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–274（274 aa）链 B 1–274（274 aa）链 C 1–274（274 aa）链 D 1–274（274 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 10 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging	分辨率 3.70 Å
6VXO NaChBac-Nav1.7VSDII chimera in nanodisc 提交 2020-02-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–97（97 aa）链 A 111–274（164 aa）链 C 1–97（97 aa）链 C 111–274（164 aa）链 D 1–97（97 aa）链 D 111–274（164 aa）链 E 1–97（97 aa）链 E 111–274（164 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging	分辨率 3.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KCR8_BACHD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 A； PDB构建体 114–277； UniProt 111–274 作者链 D； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 D； PDB构建体 114–277； UniProt 111–274 作者链 F； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 F； PDB构建体 114–277； UniProt 111–274 作者链 H； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 H； PDB构建体 114–277； UniProt 111–274

Huwentoxin-IV

物种未注明

UniProt P83303

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 53–87 链 E； UniProt 53–87 链 G； UniProt 53–87 链 I； UniProt 53–87	片段：UNP residues 53-87	NaChBac-Nav1.7VSDII chimera × 4 （Q9KCR8,Q15858） POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 10 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blotted for 5 seconds before plunging	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6W6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MB6 Three dimensional solution structure of huwentoxin-IV by 2D 1H-NMR 提交 2002-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 5MM HUWENTOXIN-IV MMOL/L PHOSPHATE BUFFER; 90%H2O, 10%D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M4X Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：unp residues 53-87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；25 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM HWTX-IV, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M4Z Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：unp residues 53-87	突变：A82W	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM entity, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM [U-2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M50 Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：unp residues 53-87	突变：A82K	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM entity, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM [U-99% 2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5T3M Solution structure of a triple mutant of HwTx-IV - a potent blocker of Nav1.7 提交 2016-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：residues 53-87	突变：E1G,E4G,Y33W	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] [m3]-HwTx-IV, 20 mM sodium acetate, 5 % [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
5TLR Solution NMR structure of gHwTx-IV 提交 2016-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–87（34 aa）片段：UNP residues 54-87	突变：E56G, Y58W, F85W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；283 K；压力 ambient NMR样品组成 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 100 % D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7K48 Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV 提交 2020-09-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 53–87（35 aa）链 F 53–87（35 aa）链 G 53–87（35 aa）链 H 53–87（35 aa）	突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5-4.0 seconds before plunging	分辨率 3.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXH4_CYRSC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–35； UniProt 53–87 作者链 E； PDB构建体 1–35； UniProt 53–87 作者链 G； PDB构建体 1–35； UniProt 53–87 作者链 I； PDB构建体 1–35； UniProt 53–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6w6o
沉积日期 deposition_date	2020-03-17
结构标题 title	NaChBac-Nav1.7VSDII chimera and HWTX-IV complex
关键词 keywords	NaChBac, Channels, Sodium Ion-Selective, TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex; TRANSPORT PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.30 Å
零角强度 I(0) i0	182170000.00
分子量 molecular_weight	130140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171880 Å³
包络体积 envelope_volume	224780 Å³
水化壳体积 shell_volume	51265 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.17 Å
包络 Rg envelope_rg	37.76 Å
形状 Rg shape_rg	37.22 Å
总 Rg total_rg	38.04 Å
总原子数 total_atoms	9180
残基数 n_residues	1044
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	182200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6514
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.234
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.805

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NaChBac-Nav1.7VSDII chimera
分子量 formula_weight	31901.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,H
原子数 atom_count	9180

MKMEARQKQNSFTSKMQKIVNHRAFTFTVIALILFNALIVGIETYPRIYADHKWLFYRIDLVLLWIFTIEIAMRFLASNPKSAFFRSSWNWFDFLIVTLSLVELFLADVEGLSVLRILRVLRVLRAISVVPSLRRLVDALVMTIPALGNILILMSIFFYIFAVIGTMLFQHVSPEYFGNLQLSLLTLFQVVTLESWASGVMRPIFAEVPWSWLYFVSFVLIGTFIIFNLFIGVIVNNVEKAELTDNEEDGEADGLKQEISALRKDVAELKSLLKQSK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272558
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Huwentoxin-IV
分子量 formula_weight	4120.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E,G,I

ECLEIFKACNPSNDQCCKSSKLVCSRKTRWCKYQI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6w6oA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	6w6oA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	6w6oD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	6w6oD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	6w6oF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	6w6oF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	6w6oH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	6w6oH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	49149

fit	/app/data/saxs_computation/w6/6w6o/6w6o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w6/6w6o/6w6o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w6/6w6o/6w6o.dat

NaChBac-Nav1.7VSDII chimera and HWTX-IV complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NaChBac-Nav1.7VSDII chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NaChBac-Nav1.7VSDII chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Huwentoxin-IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)