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6wgl

Dupilumab fab with Crystal Kappa design complexed with human IL-4 receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-4 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P24394

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 26–232 未记录 Dupilumab Fab heavy chain × 1 Dupilumab Fab light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；100mM Hepes pH 7.5, 25% PEG MME 550 分辨率 2.82 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6WGL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IAR INTERLEUKIN-4 / RECEPTOR ALPHA CHAIN COMPLEX 提交 1999-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–232（207 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
突变：M1F, C182A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1IRS IRS-1 PTB DOMAIN COMPLEXED WITH A IL-4 RECEPTOR PHOSPHOPEPTIDE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 489–499（11 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3BPL Crystal structure of the IL4-IL4R-Common Gamma ternary complex 提交 2007-12-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 27–227（201 aa） 片段：Extracellular domain, residues 27-227
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；10% PEG8K, 8% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.93 Å R-free 0.297
3BPN Crystal structure of the IL4-IL4R-IL13Ra ternary complex 提交 2007-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 27–227（201 aa） 片段：Extracellular domain, residues 27-227
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；10% PEG8K, 0.1M cacodylate pH 6.5, 0.16M calcium acetate, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.02 Å R-free 0.304
3BPO Crystal structure of the IL13-IL4R-IL13Ra ternary complex 提交 2007-12-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 27–227（201 aa） 片段：Extracellular domain, residues 27-227
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；12% PEG8K, 8% ethlyene glycol, 0.1M ammonium citrate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.312
5E4E Engineered Interleukin-13 bound to receptor 提交 2015-10-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 26–228（203 aa） 片段：UNP residues 26-228
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293 K；lithium sulfate, phosphate/citrate pH 4.2, PEG 1000
分辨率 3.00 Å R-free 0.288
6OEL Engineered Fab bound to IL-4 receptor 提交 2019-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 27–224（198 aa） 片段：UNP residues 27-224
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；22.5% PurePEG (Microlytic), 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.6 M ammonium nitrate
分辨率 3.10 Å R-free 0.256
8Z8L structure of IL-4Ra in complex with an nanobody 4E9 提交 2024-04-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–232（207 aa）
突变：C182A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；1.4 M Sodium malonate dibasic monohydrate pH 6.0
分辨率 3.96 Å R-free 0.334

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL4RA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–207； UniProt 26–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wgl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wgl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wgl
沉积日期 deposition_date2020-04-05
结构标题 titleDupilumab fab with Crystal Kappa design complexed with human IL-4 receptor
关键词 keywordsDupilumab, hIL4R, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.55 Å
零角强度 I(0) i072463400.00
分子量 molecular_weight66916.0 kDa
排除体积 excluded_volume83324 ų
包络体积 envelope_volume113300 ų
水化壳体积 shell_volume31152 ų
包络直径 envelope_diameter125.9 Å
壳层 Rg shell_rg36.49 Å
包络 Rg envelope_rg34.01 Å
形状 Rg shape_rg33.54 Å
总 Rg total_rg33.81 Å
总原子数 total_atoms4711
残基数 n_residues616
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.8 Å
Rg (实空间) rg_real33.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real7.2460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal72450000.0000
解质量估计 total_estimate0.8030
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary— Å
偏度 Skewness skewness0.623
峰度 Kurtosis kurtosis-0.156
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6953000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.590; Smooth: 0.953
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6wgla_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd6wglb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6wglA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6wglA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6wglB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6wglB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)