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6wi3

Histone deacetylases complex with peptide macrocycles

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 2

Homo sapiens

UniProt Q92769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–385 未记录 (SHA)W(DTH)DN(DSN)(DME)(DAS)K peptide macrocycle × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5 分辨率 2.35 Å R-free 0.254
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–385 未记录 (SHA)W(DTH)DN(DSN)(DME)(DAS)K peptide macrocycle × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5 分辨率 2.35 Å R-free 0.254
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–385 未记录 (SHA)W(DTH)DN(DSN)(DME)(DAS)K peptide macrocycle × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5 分辨率 2.35 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 6WI3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–374（366 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.204
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 9–374（366 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.204
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 9–374（366 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.204
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.57 Å R-free 0.187
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.57 Å R-free 0.187
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.57 Å R-free 0.187
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–375（368 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–375（368 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 8–375（368 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
链 B 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
链 C 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–376（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400
分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 7–376（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400
分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 7–376（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400
分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5
分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5
分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 WBD 2,5-dichloro-1H-benzimidazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5
分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH
分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 2 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH
分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH
分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.73 Å R-free 0.189
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.73 Å R-free 0.189
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.73 Å R-free 0.189
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8BPA Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom 提交 2022-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8BPB Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8BPC Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex with SAHA at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8C60 Cryo-EM structure of the human SIN3B full-length complex at 3.4 Angstrom resolution 提交 2023-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9DTQ The structure of HDAC2-CoREST in complex with KBTBD4R313PRR mutant 提交 2024-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–488（487 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
9GGL Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2 2:1 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2024-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9GGM Cryo-EM structure of KBTBD4 P313PRR mutant-HDAC2 2:2 complex 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
链 D 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9GGN Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2 2:2 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
链 D 1–488（488 aa）
未记录 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9I2C Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2-CoREST1 2:1:1 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2025-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JWJ Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-amino-5-(furan-2-yl)phenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamid 提交 2024-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 A1L4X N-(2-amino-5-(furan-2-yl)phenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamid × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 1.78 Å R-free 0.202
9K0G Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide 提交 2024-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 A1L47 N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600)
分辨率 1.62 Å R-free 0.196
9NTB Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260 提交 2025-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9NTB Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260 提交 2025-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9NTB Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260 提交 2025-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.197

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UniProt名称 HDAC2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–385； UniProt 2–385 作者链 B； PDB构建体 2–385； UniProt 2–385 作者链 C； PDB构建体 2–385； UniProt 2–385

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wi3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wi3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wi3
沉积日期 deposition_date2020-04-08
结构标题 titleHistone deacetylases complex with peptide macrocycles
关键词 keywordsAnchor extension, de novo design macrocycles, histone deacetylases, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.16 Å
零角强度 I(0) i0260530000.00
分子量 molecular_weight130500.0 kDa
排除体积 excluded_volume163000 ų
包络体积 envelope_volume198390 ų
水化壳体积 shell_volume47653 ų
包络直径 envelope_diameter110.4 Å
壳层 Rg shell_rg41.36 Å
包络 Rg envelope_rg34.13 Å
形状 Rg shape_rg34.17 Å
总 Rg total_rg34.64 Å
总原子数 total_atoms9152
残基数 n_residues1113
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.5 Å
Rg (实空间) rg_real34.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal260500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9077
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.1 Å
偏度 Skewness skewness0.139
峰度 Kurtosis kurtosis-0.705
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha96690000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.967
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)