9ntb

Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ntb
沉积日期 deposition_date	2025-03-18
结构标题 title	Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260
关键词 keywords	inhibitor, zinc metalloenzyme, HDAC1, CoREST, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.26 Å
零角强度 I(0) i0	505549000.00
分子量 molecular_weight	122240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118450 Å³
包络体积 envelope_volume	197700 Å³
水化壳体积 shell_volume	47457 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.21 Å
包络 Rg envelope_rg	34.28 Å
形状 Rg shape_rg	34.27 Å
总 Rg total_rg	34.59 Å
总原子数 total_atoms	9192
残基数 n_residues	1102
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	505600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9071
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.703
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	91210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.932

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase 2
分子量 formula_weight	45998.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98,3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10178

MAYSQGGGKKKVCYYYDGDIGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKATAEEMTKYHSDEYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVAGAVKLNRQQTDMAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNFPMRDGIDDESYGQIFKPIISKVMEMYQPSAVVLQCGADSLSGDRLGCFNLTVKGHAKCVEVVKTFNLPLLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDCEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTPEYMEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAVHEDSGDEDGEDPDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	(R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide
分子量 formula_weight	383.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	923

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.230 Å
晶胞边长 b length_b	97.310 Å
晶胞边长 c length_c	139.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.660 Å
R 因子 r_factor	0.1611
R_work r_work	0.1604
R_free r_free	0.1967

fit	/app/data/saxs_computation/nt/9ntb/9ntb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nt/9ntb/9ntb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nt/9ntb/9ntb.dat