SAXSdb — 6wxf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid protein VP4

Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3])

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Intermediate capsid protein VP6 × 18 （B2BN53） Outer capsid glycoprotein VP7 × 18 （P12476） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 CALCIUM ION × 54	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0YZG6_ROTRH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776 作者链 2； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776 作者链 3； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776

Intermediate capsid protein VP6

物种未注明

UniProt B2BN53

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Outer capsid protein VP4 × 3 （G0YZG6） Outer capsid glycoprotein VP7 × 18 （P12476） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 CALCIUM ION × 54	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP6_ROTRH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 B； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 D； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 E； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 F； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 G； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 H； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 I； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 J； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 K； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 L； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 M； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 N； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 O； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 P； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 Q； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 R； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

Outer capsid glycoprotein VP7

Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3])

UniProt P12476

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Outer capsid protein VP4 × 3 （G0YZG6） Intermediate capsid protein VP6 × 18 （B2BN53） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 CALCIUM ION × 54	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP7_ROTRH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 b； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 c； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 d； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 e； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 f； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 g； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 h； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 i； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 j； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 k； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 l； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 m； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 n； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 o； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 p； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 q； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 r； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wxf
沉积日期 deposition_date	2020-05-10
结构标题 title	Cryo-EM reconstruction of VP5/VP8 assembly from rhesus rotavirus particles - Intermediate conformation
关键词 keywords	non-enveloped virus, viral particle, entry, membrane-penetration, rotavirus, VP4, VP5, VP8, intermediate, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6wxf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6wxf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6wxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	74.58 Å
Rg（电子密度）	74.15 Å
总 Rg	74.32 Å
原子数	212266
残基数	13466
排除体积	1908400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6wxf__assembly_1__model_1`	39-meric （39）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer capsid protein VP4
分子量 formula_weight	86703.7 kDa
突变 mutation	S567C, A590C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3
原子数 atom_count	212266

MASLIYRQLLTNSYTVDLSDEIQEIGSTKTQNVTINLGPFAQTGYAPVNWGPGETNDSTTVEPVLDGPYQPTTFNPPVDYWMLLAPTAAGVVVEGTNNTDRWLATILVEPNVTSETRSYTLFGTQEQITIANASQTQWKFIDVVKTTQNGSYSQYGPLQSTPKLYAVMKHNGKIYTYNGETPNVTTKYYSTTNYDSVNMTAFCDFYIIPREEESTCTEYINNGLPPIQNTRNIVPLALSARNIISHRAQANEDIVVSKTSLWKEMQYNRDITIRFKFASSIVKSGGLGYKWSEISFKPANYQYTYTRDGEEVTAHTTCSVNGMNDFNFNGGSLPTDFVISRYEVIKENSYVYVDYWDDSQAFRNMVYVRSLAANLNSVICTGGDYSFALPVGQWPVMTGGAVSLHSAGVTLSTQFTDFVSLNSLRFRFRLTVEEPSFSITRTRVSRLYGLPAANPNNGKEYYEVAGRFSLISLVPSNDDYQTPITNSVTVRQDLERQLGELREEFNALSQEIAMSQLIDLALLPLDMFSMFSGIKSTIDAAKSMATSVMKKFKKSGLANSVSTLTDCLSDAASSISRGASIRSVGSSASCWTDVSTQITDVSSSVSSISTQTSTISRRLRLKEMATQTEGMNFDDISAAVLKTKIDRSTQISPNTLPDIVTEASEKFIPNRAYRVINNDEVFEAGTDGRFFAYRVETFDEIPFDVQKFADLVTDSPVISAIIDFKTLKNLNDNYGISRQQAFNLLRSDPRVLREFINQDNPIIRNRIEQLIMQCRL

来源 Source

来源生物 organism	Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3])
通用名 common_name	RV-A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	444185
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intermediate capsid protein VP6
分子量 formula_weight	44934.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R

MDVLYSLSKTLKDARDKIVEGTLYSNVSDLIQQFNQMIITMNGNEFQTGGIGNLPIRNWNFDFGLLGTTLLNLDANYVETARNTIDYFVDFVDNVCMDEMVRESQRNGIAPQSDSLRKLSGIKFKRINFDNSSEYIENWNLQNRRQRTGFTFHKPNIFPYSASFTLNRSQPAHDNLMGTMWLNAGSEIQVAGFDYSCAINAPANIQQFEHIVQLRRVLTTATITLLPDAERFSFPRVINSADGATTWYFNPVILRPNNVEVEFLLNGQIINTYQARFGTIIARNFDTIRLSFQLMRPPNMTPAVAALFPNAQPFEHHATVGLTLRIESAVCESVLADASKTMLANVTSVRQEYAIPVGPVFPPGMNWTDLITNYSPSREDNLQRVFTVASIRSMLVK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Outer capsid glycoprotein VP7
分子量 formula_weight	37136.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r

MYGIEYTTVLTFLISLILLNYILKSLTRMMDFIIYRFLFIVVILSPLLKAQNYGINLPITGSMDTAYANSTQEETFLTSTLCLYYPTEAATEINDNSWKDTLSQLFLTKGWPTGSVYFKEYTDIASFSVDPQLYCDYNVVLMKYDATLQLDMSELADLILNEWLCNPMDITLYYYQQTDEANKWISMGSSCTIKVCPLNTQTLGIGCLTTDTATFEEVATAEKLVITDVVDGVNHKLDVTTATCTIRNCKKLGPRENVAVIQVGGSDVLDITADPTTAPQTERMMRINWKKWWQVFYTVVDYVNQIIQAMSKRSRSLNSAAFYYRI

来源 Source

来源生物 organism	Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3])
通用名 common_name	RV-A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	444185
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	82008

Cryo-EM reconstruction of VP5/VP8 assembly from rhesus rotavirus particles - Intermediate conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid protein VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer capsid glycoprotein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wxf__assembly_1__model_1

6wxf__assembly_1__model_1 | I(q)

6wxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from rhesus rotavirus particles - Intermediate conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid protein VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer capsid glycoprotein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wxf__assembly_1__model_1

6wxf__assembly_1__model_1 | I(q)

6wxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM reconstruction of VP5/VP8 assembly from rhesus rotavirus particles - Intermediate conformation