6x18

GLP-1 peptide hormone bound to Glucagon-Like peptide-1 (GLP-1) Receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 165.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–394 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Glucagon-like peptide-1 (GLP-1)(7-36)NH2 × 1 (P01275) Glucagon-like peptide 1 receptor × 1 (P43220) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、356 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Glucagon-like peptide-1 (GLP-1)(7-36)NH2 × 1 (P01275) Glucagon-like peptide 1 receptor × 1 (P43220) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–340; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 5–62 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Nanobody35 × 1 Glucagon-like peptide-1 (GLP-1)(7-36)NH2 × 1 (P01275) Glucagon-like peptide 1 receptor × 1 (P43220) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–58; UniProt 5–62

Glucagon-like peptide-1 (GLP-1)(7-36)NH2

物种未注明

UniProt P01275

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 98–127 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Glucagon-like peptide 1 receptor × 1 (P43220) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLUC_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–30; UniProt 98–127

Glucagon-like peptide 1 receptor

Homo sapiens

UniProt P43220

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 24–463 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Nanobody35 × 1 Glucagon-like peptide-1 (GLP-1)(7-36)NH2 × 1 (P01275) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、79 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLP1R_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 33–472; UniProt 24–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6x18

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6x18
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6x18
沉积日期 deposition_date2020-05-18
结构标题 titleGLP-1 peptide hormone bound to Glucagon-Like peptide-1 (GLP-1) Receptor
关键词 keywordsG-coupled protein receptor, GPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.52
零角强度 I(0) i0319088000.00
分子量 molecular_weight146000.0 kDa
排除体积 excluded_volume182710 ų
包络体积 envelope_volume241510 ų
水化壳体积 shell_volume50887 ų
包络直径 envelope_diameter175.2
壳层 Rg shell_rg43.40
包络 Rg envelope_rg44.74
形状 Rg shape_rg43.56
总 Rg total_rg43.37
总原子数 total_atoms10283
残基数 n_residues1289
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax165.3
Rg (实空间) rg_real43.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.36
I(0) (实空间) i0_real3.1910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal318800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7193
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.2
偏度 Skewness skewness0.857
峰度 Kurtosis kurtosis0.304
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35740000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.341; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.519; Smooth: 0.807

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6x18A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GI Alpha 1, domain 2-like

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)