SAXSdb — 6x66

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DotC

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 117	DotD × 26 （O52183） Type IV secretion protein IcmK × 13 （A0A2S6FBG9） Inner membrane lipoprotein YiaD × 13 （O53086） Type IV secretion system unknown protein fragment × 39 Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O52184_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 BC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 CC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 DC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 EC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 FC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 GC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 HC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 IC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 JC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 KC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 LC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 MC； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

DotD

物种未注明

UniProt O52183

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 117	DotC × 13 （O52184） Type IV secretion protein IcmK × 13 （A0A2S6FBG9） Inner membrane lipoprotein YiaD × 13 （O53086） Type IV secretion system unknown protein fragment × 39 Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O52183_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ad； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 BD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Bd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 CD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Cd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 DD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Dd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 ED； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ed； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 FD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Fd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 GD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Gd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 HD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Hd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 ID； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Id； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 JD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Jd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 KD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Kd； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 LD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ld； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 MD； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Md； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

Type IV secretion protein IcmK

物种未注明

UniProt A0A2S6FBG9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 117	DotC × 13 （O52184） DotD × 26 （O52183） Inner membrane lipoprotein YiaD × 13 （O53086） Type IV secretion system unknown protein fragment × 39 Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2S6FBG9_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 AH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 BH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 CH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 DH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 EH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 FH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 GH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 HH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 IH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 JH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 KH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 LH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 MH； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

Inner membrane lipoprotein YiaD

物种未注明

UniProt O53086

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 117	DotC × 13 （O52184） DotD × 26 （O52183） Type IV secretion protein IcmK × 13 （A0A2S6FBG9） Type IV secretion system unknown protein fragment × 39 Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O53086_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 AK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 BK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 CK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 DK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 EK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 FK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 GK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 HK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 IK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 JK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 KK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 LK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 MK； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189

Outer membrane protein, OmpA family protein

物种未注明

UniProt Q5ZXS4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 117	DotC × 13 （O52184） DotD × 26 （O52183） Type IV secretion protein IcmK × 13 （A0A2S6FBG9） Inner membrane lipoprotein YiaD × 13 （O53086） Type IV secretion system unknown protein fragment × 39	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZXS4_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 BA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 CA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 DA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 EA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 FA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 GA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 HA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 IA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 JA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 KA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 LA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 QA； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x66
沉积日期 deposition_date	2020-05-27
结构标题 title	Legionella pneumophila dDot T4SS OMC
关键词 keywords	Secretion, T4SS, Dot, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6x66__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6x66__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6x66__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	126.80 Å
总 Rg	126.30 Å
原子数	109070
残基数	15548
排除体积	1916900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6x66__assembly_1__model_1`	117-meric （117）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DotC
分子量 formula_weight	34162.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC
原子数 atom_count	109070

MRKFILSLSILLSALLVACSSRNHYGDTGSLAGLQAMADSKYTRAQKKQKMGKIREMALKETALSVGAQAGLAWRAKIIDEQLNKQARNLDAIYDFNSLVLEHNILPPVLLEGRNTLNLADAQSIRISDRTYKVAKQAHFITTPPTWRQYLWMDYVKPEAPNVTLLPKTKAEKEIWCIYTERGWKNGIDQANTILEENIARIKEDFGGMILYRKLLAMNMVSPPYVSHTDLGVTGDGSEIHIDDRVLRITALPELNVNSAEWRAAVAKDENALERFKNMEKLANQAKIVITNKSWQPIIAPVS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DotD
分子量 formula_weight	17860.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AD,Ad,BD,Bd,CD,Cd,DD,Dd,ED,Ed,FD,Fd,GD,Gd,HD,Hd,ID,Id,JD,Jd,KD,Kd,LD,Ld,MD,Md

MNNNKIVIMFIFSALLAGCAGTMKFKKPPINNPSDDATIKLAEAAVSVSDSMLEMAKVEKVITPPSKDNTLTIPNAYNLQARASVDWSGPIEELTARIAKAAHFRFRVLGKSPSVPVLISISTKDESLAEILRDIDYQAGKKASIHVYPNSQVVELRYAKIYS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Type IV secretion protein IcmK
分子量 formula_weight	38958.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH,JH,KH,LH,MH

MMKKYDQLCKYCLVIGLTFSMSCSIYAADQSDDAQQALQQLRMLQQKLSQNPSPDAQSGAGDGGDNAASDSTQQPNQSGQANAPAANQTATAGGDGQIISQDDAEVIDKKAFKDMTRNLYPLNPEQVVKLKQIYETSEYAKAATPGTPPKPTATSQFVNLSPGSTPPVIRLSQGFVSSLVFLDSTGAPWPIAAYDLGDPSSFNIQWDKTSNTLMIQATKLYNYGNLAVRLRGLNTPVMLTLIPGQKAVDYRVDLRVQGYGPNAKSMPTEEGIPPSANDLLLHVLEGVPPPGSRRLVVSGGDARAWLSNEKMYVRTNLTILSPGWLASMTSADGTHAYEMQKSPVLLVSWHGKVMQLKVEGL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Inner membrane lipoprotein YiaD
分子量 formula_weight	21096.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AK,BK,CK,DK,EK,FK,GK,HK,IK,JK,KK,LK,MK

MRSLRTNYIYVLFKTTGLLFLLLLSACNRSGYIPENEVPKLPCRVDGACDATIIKMMTDLNKKGIKVASVGQNYLISIPASALFADQSPRLNWASYSLLNEIAAFLKQFRKIAITVTSYSSKYVSVKRERALTLARSRVVSEYLWSQGVDSRIIFTQGLGSDKPITSYTLGGDRSPNARVEITFRRAVA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Type IV secretion system unknown protein fragment
分子量 formula_weight	28102.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	39

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AX,AY,AZ,BX,BY,BZ,CX,CY,CZ,DX,DY,DZ,EX,EY,EZ,FX,FY,FZ,GX,GY,GZ,HX,HY,HZ,IX,IY,IZ,JX,JY,JZ,KX,KY,KZ,LX,LY,LZ,MX,MY,MZ

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Outer membrane protein, OmpA family protein
分子量 formula_weight	27582.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,QA

MRNLMRCLIMIKSLIKGVDMSRKLAKTRILGYGLMICFLAGCFHPPYNNFQPDRRAVKRVGVDTGIGAVAGAIASGTASGTLIGAAAGGTVGLVASIYRDSKRKIIRDLQKQDIQYVEYGDTRTLIIPTDKYFMFSSPRLNEICYPGLNNVIRLLNFYPQSTIYVAGFTDNVGSRSHKRKLSQAQAETMMTFLWANGIAAKRLKAEGYGDKNAISDNAIIHGSAQNRRIEIQWFTSPAQPPQPQMAYVK

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	6342

Legionella pneumophila dDot T4SS OMC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DotC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DotD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Type IV secretion protein IcmK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inner membrane lipoprotein YiaD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein, OmpA family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x66__assembly_1__model_1

6x66__assembly_1__model_1 | I(q)

6x66__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Legionella pneumophila dDot T4SS OMC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DotC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DotD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type IV secretion protein IcmK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Inner membrane lipoprotein YiaD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein, OmpA family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x66__assembly_1__model_1

6x66__assembly_1__model_1 | I(q)

6x66__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)