SAXSdb — 6xi8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 259–321	未记录	Serine/threonine-protein kinase KIN28 × 1 （P06242） Cyclin CCL1 × 1 （P37366） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper	分辨率 3.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XI8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.	分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.70 Å
7KUE CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex 提交 2020-11-24	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–321（321 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper	分辨率 3.50 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7O4K Yeast TFIIH in the contracted state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7O4L Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 11 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 3 1–321（321 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–63； UniProt 259–321

Serine/threonine-protein kinase KIN28

物种未注明

UniProt P06242

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–303	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 × 1 （Q03290） Cyclin CCL1 × 1 （P37366） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper	分辨率 3.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XI8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7KUE CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex 提交 2020-11-24	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–306（306 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper	分辨率 3.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KIN28_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 3–303

Cyclin CCL1

物种未注明

UniProt P37366

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 47–370	未记录	RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 × 1 （Q03290） Serine/threonine-protein kinase KIN28 × 1 （P06242） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper	分辨率 3.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XI8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7KUE CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex 提交 2020-11-24	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–393（393 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper	分辨率 3.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–324； UniProt 47–370

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xi8
沉积日期 deposition_date	2020-06-19
结构标题 title	Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex
关键词 keywords	Polymerase CTD, TFIIH, Phosphorylation, Kinase, CDK, Cyclin, Transciption, Transciption-Transferase complex; Transciption/Transferase
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.20 Å
零角强度 I(0) i0	79626900.00
分子量 molecular_weight	71252.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89785 Å³
包络体积 envelope_volume	116690 Å³
水化壳体积 shell_volume	35335 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.67 Å
包络 Rg envelope_rg	27.89 Å
形状 Rg shape_rg	27.22 Å
总 Rg total_rg	27.95 Å
总原子数 total_atoms	5022
残基数 n_residues	635
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	79630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7779
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.442
峰度 Kurtosis kurtosis	0.005
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
分子量 formula_weight	7191.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	5022

PFNGDREAHPPFTLKGSVYNDPFIKDLEHRKEFIASGFNTNYAYERVLTEAFMGLGCVISEEL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase KIN28
分子量 formula_weight	34725.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.23
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

VNMEYTKEKKVGEGTYAVVYLGCQHSTGRKIAIKEIKTSEFKDGLDMSAIREVKYLQEMQHPNVIELIDIFMAYDNLNLVLEFLPTDLEVVIKDKSILFTPADIKAWMLMTLRGVYHCHRNFILHRDLKPNNLLFSPDGQIKVADFGLARAIPAPHEILTSNVVTRWYRAPELLFGAKHYTSAIDIWSVGVIFAELMLRIPYLPGQNDVDQMEVTFRALGTPTDRDWPEVSSFMTYNKLQIYPPPSRDELRKRFIAASEYALDFMCGMLTMNPQKRWTAVQCLESDYFKELPPPSDPSSIK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cyclin CCL1
分子量 formula_weight	37552.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DLYRHSSQYRMWSYTKDQLQEKRVDTNARAIAYIEENLLKFREAHNLTEEEIKVLEAKAIPLTMEEELDLVNFYAKKVQVIAQHLNLPTEVVATAISFFRRFFLENSVMQIDPKSIVHTTIFLACKSENYFISVDSFAQKAKSTRDSVLKFEFKLLESLKFSLLNHHPYKPLHGFFLDIQNVLYGKVDLNYMGQIYDRCKKRITAALLTDVVYFYTPPQITLATLLIEDEALVTRYLETKFPSREGSQESVPGNEKEEPQNDASTTEKNKEKSTESEEYSIDSAKLLTIIRECKSIIEDCKPPSTEEAKKIAAKNYYCQNPSTL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	129955

fit	/app/data/saxs_computation/xi/6xi8/6xi8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xi/6xi8/6xi8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xi/6xi8/6xi8.dat

Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase KIN28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin CCL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)