SAXSdb — 6xi8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Serine/threonine-protein kinase KIN28 × 1 （P06242） Cyclin CCL1 × 1 （P37366） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–63； UniProt 259–321

Serine/threonine-protein kinase KIN28

物种未注明

UniProt P06242

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 × 1 （Q03290） Cyclin CCL1 × 1 （P37366） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KIN28_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 3–303

Cyclin CCL1

物种未注明

UniProt P37366

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 × 1 （Q03290） Serine/threonine-protein kinase KIN28 × 1 （P06242） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–324； UniProt 47–370

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xi8
沉积日期 deposition_date	2020-06-19
结构标题 title	Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex
关键词 keywords	Polymerase CTD, TFIIH, Phosphorylation, Kinase, CDK, Cyclin, Transciption, Transciption-Transferase complex; Transciption/Transferase
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6xi8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6xi8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6xi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.15 Å
Rg（电子密度）	27.20 Å
总 Rg	27.95 Å
原子数	5022
残基数	635
排除体积	89785 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6xi8__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
分子量 formula_weight	7191.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	5022

PFNGDREAHPPFTLKGSVYNDPFIKDLEHRKEFIASGFNTNYAYERVLTEAFMGLGCVISEEL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase KIN28
分子量 formula_weight	34725.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.23
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

VNMEYTKEKKVGEGTYAVVYLGCQHSTGRKIAIKEIKTSEFKDGLDMSAIREVKYLQEMQHPNVIELIDIFMAYDNLNLVLEFLPTDLEVVIKDKSILFTPADIKAWMLMTLRGVYHCHRNFILHRDLKPNNLLFSPDGQIKVADFGLARAIPAPHEILTSNVVTRWYRAPELLFGAKHYTSAIDIWSVGVIFAELMLRIPYLPGQNDVDQMEVTFRALGTPTDRDWPEVSSFMTYNKLQIYPPPSRDELRKRFIAASEYALDFMCGMLTMNPQKRWTAVQCLESDYFKELPPPSDPSSIK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cyclin CCL1
分子量 formula_weight	37552.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DLYRHSSQYRMWSYTKDQLQEKRVDTNARAIAYIEENLLKFREAHNLTEEEIKVLEAKAIPLTMEEELDLVNFYAKKVQVIAQHLNLPTEVVATAISFFRRFFLENSVMQIDPKSIVHTTIFLACKSENYFISVDSFAQKAKSTRDSVLKFEFKLLESLKFSLLNHHPYKPLHGFFLDIQNVLYGKVDLNYMGQIYDRCKKRITAALLTDVVYFYTPPQITLATLLIEDEALVTRYLETKFPSREGSQESVPGNEKEEPQNDASTTEKNKEKSTESEEYSIDSAKLLTIIRECKSIIEDCKPPSTEEAKKIAAKNYYCQNPSTL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	129955

Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase KIN28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin CCL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xi8__assembly_1__model_1

6xi8__assembly_1__model_1 | I(q)

6xi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine/threonine-protein kinase KIN28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin CCL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xi8__assembly_1__model_1

6xi8__assembly_1__model_1 | I(q)

6xi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)