6xq9

Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with Fragments 1 & 13

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Advanced glycosylation end product-specific receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–231	片段：VC1 domain, resdues 23-231	ACT ACETATE ION × 2 V6S 4-(3-hydroxyphenoxy)benzoic acid × 2 V6M 7-methyl-3-phenyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 23–231	片段：VC1 domain, resdues 23-231	ACT ACETATE ION × 2 V6S 4-(3-hydroxyphenoxy)benzoic acid × 2 V6M 7-methyl-3-phenyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 2.30 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XQ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2E5E Solution Structure of Variable-type Domain of Human Receptor for Advanced Glycation Endproducts 提交 2006-12-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–121（99 aa）片段：VARIABLE-TYPE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；压力 1 NMR样品组成 0.2mM Variable-type Domain of Receptor for Advanced Glycation Endproducts U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer NA, 100mM NA2SO4; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2mM Variable-type Domain of Receptor for Advanced Glycation Endproducts; 20mM phosphate buffer NA, 100mM NA2SO4; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2ENS Solution structure of the third ig-like domain from human Advanced glycosylation end product-specific receptor 提交 2007-03-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 235–323（89 aa）片段：Ig-like domain, UNP residues 235-323	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.17mM 13C,15N-laveled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L7U Structure of CEL-PEP-RAGE V domain complex 提交 2010-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–125（103 aa）片段：Ig-like V-type domain residues 23-125	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）130；压力 ambient NMR样品组成 0.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] V domain, 0.3 mM CEL-PEP, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.32 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] V domain, 1 mM CEL-PEP, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LE9 RAGEC2-S100A13 tetrameric complex 提交 2011-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 235–327（93 aa）片段：UNP RESIDUES 235-327 链 D 235–327（93 aa）片段：UNP RESIDUES 235-327	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1.1 mM entity_2-2, 25 mM sodium phosphate-3, 100 mM sodium chloride-4, 1 mM DTT-5, 0.02 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.2 mM entity_1-7, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-8, 25 mM sodium phosphate-9, 100 mM sodium chloride-10, 1 mM DTT-11, 0.02 mM sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LMB Solution Structure of C-terminal RAGE (ctRAGE) 提交 2011-11-29	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 363–404（42 aa）片段：residues 363-404	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）130；压力 ambient NMR样品组成 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] ctRAGE, 10 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M1K Interaction of Human S100A6 (C3S) with V domain of Receptor for Advanced Glycation End products (RAGE) 提交 2012-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–121（99 aa）片段：UNP residues 23-121 链 C 23–121（99 aa）片段：UNP residues 23-121	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100A6 C3S, 20 mM TRIS, 10 mM Calcium chloride, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MJW Structural Insights into Calcium Bound S100P - V Domain of the receptor for advanced glycation end products (RAGE) Complex 提交 2014-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–121（99 aa）片段：UNP RESIDUES 23-121 链 C 23–121（99 aa）片段：UNP RESIDUES 23-121	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MOV Receptor for Advanced Glycation End Products (RAGE) Specifically Recognizes Methylglyoxal Derived AGEs. 提交 2014-05-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–125（103 aa）片段：UNP residues 23-125	未记录	IOR N~5~-[(5R)-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl]-L-ornithine × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.1 mM [U-13C; U-15N] Methylglyoxal-derived hydroimidazolones isoform 1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3CJJ Crystal structure of human rage ligand-binding domain 提交 2008-03-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–240（218 aa）片段：V and C1 domain, ligand-binding domain	未记录	ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Na cacodylate, 0.2M Zn acetate, 11% PEG 8000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.240
3O3U Crystal Structure of Human Receptor for Advanced Glycation Endproducts (RAGE) 提交 2010-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 N 23–231（209 aa）片段：MBP: UNP residues 28-384, RAGE: UNP residues 23-231	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；200 mM Li sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5 and 10% (w/v) polyethylene glycol 4,000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
4LP4 Crystal structure of the human RAGE VC1 fragment in space group P62 提交 2013-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–231（209 aa）片段：V and C1 domains (VC1 fragment), ectodomain fragment (UNP residues 23-231)	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2.5 M sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.217
4LP4 Crystal structure of the human RAGE VC1 fragment in space group P62 提交 2013-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–231（209 aa）片段：V and C1 domains (VC1 fragment), ectodomain fragment (UNP residues 23-231)	未记录	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2.5 M sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.217
4LP5 Crystal structure of the full-length human RAGE extracellular domain (VC1C2 fragment) 提交 2013-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–323（301 aa）片段：V, C1 and C2 domains (VC1C2 fragment), full-length ectodomain (UNP residues 23-323)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Tris, 10% Ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.286
4LP5 Crystal structure of the full-length human RAGE extracellular domain (VC1C2 fragment) 提交 2013-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–323（301 aa）片段：V, C1 and C2 domains (VC1C2 fragment), full-length ectodomain (UNP residues 23-323)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Tris, 10% Ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.80 Å R-free 0.286
4OF5 Refinement of RAGE-DNA complex in 3S59 without DNA 提交 2014-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–237（215 aa）片段：VC1 fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；10% PEG6000, 0.1 M Tris_HCl pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.235
4OF5 Refinement of RAGE-DNA complex in 3S59 without DNA 提交 2014-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–237（215 aa）片段：VC1 fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；10% PEG6000, 0.1 M Tris_HCl pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.235
4OFV Refinement of RAGE-DNA complex in 3S58 without DNA 提交 2014-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–235（213 aa）片段：VC1 fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；298 K；12% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
4OFV Refinement of RAGE-DNA complex in 3S58 without DNA 提交 2014-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–235（213 aa）片段：VC1 fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；298 K；12% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
4OI7 RAGE recognizes nucleic acids and promotes inflammatory responses to DNA 提交 2014-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–237（215 aa）片段：UNP residues 23-237 链 B 23–237（215 aa）片段：UNP residues 23-237	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；12% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.237
4OI8 RAGE is a nucleic acid receptor that promotes inflammatory responses to DNA. 提交 2014-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–237（215 aa）片段：UNP residues 23-237 链 B 23–237（215 aa）片段：UNP residues 23-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.4, 5% PEG6000, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
4P2Y Crystal structure of the human RAGE ectodomain (fragment VC1C2) in complex with mouse S100A6 提交 2014-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–323（301 aa）片段：V, C1 and C2 domains (VC1C2 module), full-length ectodomain, UNP residues 23-323	未记录	ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 6 ACT ACETATE ION × 7 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M Zn acetate, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 10% isopropanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.207
4P2Y Crystal structure of the human RAGE ectodomain (fragment VC1C2) in complex with mouse S100A6 提交 2014-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 23–323（301 aa）片段：V, C1 and C2 domains (VC1C2 module), full-length ectodomain, UNP residues 23-323	未记录	ZN ZINC ION × 24 CL CHLORIDE ION × 24 ACT ACETATE ION × 28 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M Zn acetate, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 10% isopropanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.207
4P2Y Crystal structure of the human RAGE ectodomain (fragment VC1C2) in complex with mouse S100A6 提交 2014-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–323（301 aa）片段：V, C1 and C2 domains (VC1C2 module), full-length ectodomain, UNP residues 23-323	未记录	ZN ZINC ION × 12 CL CHLORIDE ION × 12 ACT ACETATE ION × 14 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M Zn acetate, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 10% isopropanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.207
4YBH Crystal structure of the human RAGE ectodomain (VC1C2 fragment) in complex with human S100A6 提交 2015-02-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–323（301 aa）片段：V, C1 and C2 domains (VC1C2 module), full-length ectodomain, UNP residues 23-323	未记录	ZN ZINC ION × 14 CL CHLORIDE ION × 10 ACT ACETATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M Zn acetate, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 10% isopropanol	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
5D7F X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W72 peptide 提交 2015-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 65–79（15 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；100mM Na cacodylate pH 6.8, 22% w/v PEG 3350, 5mM CaCl2	分辨率 1.30 Å R-free 0.183
6VXG Structure of the C-terminal Domain of RAGE and Its Inhibitor 提交 2020-02-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 363–404（42 aa）片段：C-terminal residues 363-404	未记录	RQV N-(4-{7-cyano-4-[(morpholin-4-yl)methyl]quinolin-2-yl}phenyl)acetamide × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-terminal RAGE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6XQ1 Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with 3-(3-((4-(4-carboxyphenoxy)benzyl)oxy)phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	ACT ACETATE ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4 V74 3-[3-({[3-(4-carboxyphenoxy)phenyl]methoxy}methyl)phenyl]-1H-indole-2-carboxylic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 1.51 Å R-free 0.197
6XQ3 Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with 3-(3-(((3-(4-Carboxyphenoxy)benzyl)oxy)methyl)phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	ACT ACETATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 V6Y 3-(3-{[3-(4-carboxyphenoxy)phenyl]methoxy}phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 1.71 Å R-free 0.220
6XQ5 Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with Fragment 1 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	ACT ACETATE ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4 V6M 7-methyl-3-phenyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 1.80 Å R-free 0.196
6XQ6 Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with Fragment 11 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	ACT ACETATE ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4 V6P 3-phenoxyphenol × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
6XQ7 Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with Fragment 5 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	ACT ACETATE ION × 18 V6V 5-bromo-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
6XQ8 Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with Fragments 1 & 11 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	ACT ACETATE ION × 12 V6M 7-methyl-3-phenyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 4 V6P 3-phenoxyphenol × 6 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 1.82 Å R-free 0.218
7LML Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with 3-(3-(((3-(4-Carboxyphenoxy)benzyl)oxy)methyl)phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid 提交 2021-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	ACT ACETATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 Y6S 6-iodanyl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 2.15 Å R-free 0.235
7LMW Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with 3-(3-((4-(4-carboxyphenoxy)benzyl)oxy)phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid 提交 2021-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231 链 B 23–231（209 aa）片段：VC1 domain, resdues 23-231	未记录	Y6P 7-methyl-3-(1~{H}-pyrazol-4-yl)-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 6 ACT ACETATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5 M NaOAc (pH 7.5)	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
8I9M The RAGE and HMGB1 complex 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–233（211 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.19 Å
9D36 Structure of the C-terminal Domain of RAGE and Its Inhibitor 提交 2024-08-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 362–404（43 aa）	未记录	A1A2E 4-[(morpholin-4-yl)methyl]-2-{4-[(2R)-5-oxopyrrolidin-2-yl]phenyl}quinoline-7-carbonitrile × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）60；压力 1 NMR样品组成 40 uM [U-13C; U-15N] ctRAGE, 100 uM RAGE406R, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 40 uM [U-13C; U-15N] ctRAGE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9S2X Crystal structure of the human RAGE ectodomain in complex with murine S100A6 mutant Y84C 提交 2025-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–323（301 aa）片段：V, C1 and C2 domains (VC1C2 module), full-length ectodomain, UNP residues 23-323	未记录	ZN ZINC ION × 12 CL CHLORIDE ION × 8 ACT ACETATE ION × 8 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M Zn acetate, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 9% isopropanol	分辨率 2.35 Å R-free 0.235

共 31 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAGE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–212； UniProt 23–231 作者链 B； PDB构建体 4–212； UniProt 23–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xq9
沉积日期 deposition_date	2020-07-09
结构标题 title	Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with Fragments 1 & 13
关键词 keywords	RAGE, IG-like domain, receptor, Advanced Glycation End Products, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.35 Å
零角强度 I(0) i0	33103200.00
分子量 molecular_weight	45055.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56364 Å³
包络体积 envelope_volume	77590 Å³
水化壳体积 shell_volume	23376 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.90 Å
包络 Rg envelope_rg	30.45 Å
形状 Rg shape_rg	30.35 Å
总 Rg total_rg	30.69 Å
总原子数 total_atoms	3180
残基数 n_residues	424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8408
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.474
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.326
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2487000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.729; Smooth: 0.593

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Advanced glycosylation end product-specific receptor
分子量 formula_weight	23131.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3287

GAMAQNITARIGEPLVLKCKGAPKKPPQRLEWKLNTGRTEAWKVLSPQGGGPWDSVARVLPNGSLFLPAVGIQDEGIFRCQAMNRNGKETKSNYRVRVYQIPGKPEIVDSASELTAGVPNKVGTCVSEGSYPAGTLSWHLDGKPLVPNEKGVSVKEQTRRHPETGLFTLQSELMVTPARGGDPRPTFSCSFSPGLPRHRALRTAPIQPRVWE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(3-hydroxyphenoxy)benzoic acid
分子量 formula_weight	230.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	7-methyl-3-phenyl-1H-indole-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	251.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.112 Å
晶胞边长 b length_b	102.112 Å
晶胞边长 c length_c	102.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62
空间群编号 int_tables_number	171
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	34.060 Å
R 因子 r_factor	0.2159
R_work r_work	0.2147
R_free r_free	0.2388

fit	/app/data/saxs_computation/xq/6xq9/6xq9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xq/6xq9/6xq9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xq/6xq9/6xq9.dat