6xru

GTP-specific succinyl-CoA synthetase complexed with desulfo-coenzyme A, magnesium ions and succinates

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinyl-CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial

Sus scrofa

UniProt O19069

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial × 1 （P53590） DESULFO-COENZYME A × 1 SUCCINIC ACID × 2 GLYCEROL × 4 1,2-ETHANEDIOL × 2 PHOSPHATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUCA_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–305； UniProt 42–346

Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial

Sus scrofa

UniProt P53590

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Succinyl-CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial × 1 （O19069） DESULFO-COENZYME A × 1 SUCCINIC ACID × 2 GLYCEROL × 4 1,2-ETHANEDIOL × 2 PHOSPHATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUCB2_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–395； UniProt 40–433

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xru
沉积日期 deposition_date	2020-07-13
结构标题 title	GTP-specific succinyl-CoA synthetase complexed with desulfo-coenzyme A, magnesium ions and succinates
关键词 keywords	Complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6xru__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6xru__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6xru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.06 Å
Rg（电子密度）	27.38 Å
总 Rg	28.04 Å
原子数	10803
残基数	702
排除体积	95788 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6xru__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Succinyl-CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial
分子量 formula_weight	33131.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.4,6.2.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11838

SYTASRKHLYVDKNTKVICQGFTGKQGTFHSQQALEYGTNLVGGTTPGKGGKTHLGLPVFNTVKEAKEQTGATASVIYVPPPFAAAAINEAIDAEVPLVVCITEGIPQQDMVRVKHRLLRQGKTRLIGPNCPGVINPGECKIGIMPGHIHKKGRIGIVSRSGTLTYEAVHQTTQVGLGQSLCVGIGGDPFNGTDFTDCLEIFLNDPATEGIILIGEIGGNAEENAAEFLKQHNSGPKSKPVVSFIAGLTAPPGRRMGHAGAIIAGGKGGAKEKITALQSAGVVVSMSPAQLGTTIYKEFEKRKMLLVHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	Pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial
分子量 formula_weight	42635.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNLQEYQSKKLMSDNGVKVQRFFVADTANEALEAAKRLNAKEIVLKAQILAGGRGKGVFSSGLKGGVHLTKDPEVVGQLAKQMIGYNLATKQTPKEGVKVNKVMVAEALDISRETYLAILMDRSCNGPVLVGSPQGGVDIEEVAASNPELIFKEQIDIIEGIKDSQAQRMAENLGFLGPLQNQAADQIKKLYNLFLKIDATQVEVNPFGETPEGQVVCFDAKINFDDNAEFRQKDIFAMDDKSENEPIENEAAKYDLKYIGLDGNIACFVNGAGLAMATCDIIFLNGGKPANFLDLGGGVKESQVYQAFKLLTADPKVEAILVNIFGGIVNCAIIANGITKACRELELKVPLVVRLEGTNVHEAQNILTNSGLPITSAVDLEDAAKKAVASVTKK

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	Pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DESULFO-COENZYME A
分子量 formula_weight	735.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	738

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d6xrua1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.8 — CoA-binding domain

结构域编号 domain_id	d6xrua2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family family	c.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains

结构域编号 domain_id	d6xrua3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6xrub1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family family	d.142.1.4 — Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6xrub2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family family	c.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6xruB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	261 — Succinyl-CoA synthetase domains

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晶胞边长 a length_a	86.041 Å
晶胞边长 b length_b	81.246 Å
晶胞边长 c length_c	50.386 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	48.760 Å
R 因子 r_factor	0.1698
R_work r_work	0.1686
R_free r_free	0.1842

GTP-specific succinyl-CoA synthetase complexed with desulfo-coenzyme A, magnesium ions and succinates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinyl-CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xru__assembly_1__model_1

6xru__assembly_1__model_1 | I(q)

6xru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

GTP-specific succinyl-CoA synthetase complexed with desulfo-coenzyme A, magnesium ions and succinates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinyl-CoA ligase [ADP/GDP-forming] subunit alpha, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate--CoA ligase [GDP-forming] subunit beta, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xru__assembly_1__model_1

6xru__assembly_1__model_1 | I(q)

6xru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)