6y05

Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrystallized with adenine and PKI (5-24)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Cricetulus griseus

UniProt P25321

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha × 1 (P63248) ADE ADENINE × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;277 K;100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 Mega 8, 10mM adenine in DMSO, 0.5 mM PKI (5-24) and 23 % methanol (v/v)0.004 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume 分辨率 1.70 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 158 个其他 PDB 条目、158 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_CRIGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–353; UniProt 1–351

cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

物种未注明

UniProt P63248

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 6–25 未记录 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P25321) ADE ADENINE × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.9;277 K;100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.2 Mega 8, 10mM adenine in DMSO, 0.5 mM PKI (5-24) and 23 % methanol (v/v)0.004 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume 分辨率 1.70 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IPKA_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–20; UniProt 6–25

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6y05

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6y05
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6y05
沉积日期 deposition_date2020-02-06
结构标题 titleCrystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrystallized with adenine and PKI (5-24)
关键词 keywordsphosphotransferase, signalling pathways, glycogen metabolism, serine/threonine kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.59
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.18
零角强度 I(0) i027197800.00
分子量 molecular_weight41173.0 kDa
排除体积 excluded_volume52013 ų
包络体积 envelope_volume59873 ų
水化壳体积 shell_volume24172 ų
包络直径 envelope_diameter68.5
壳层 Rg shell_rg27.36
包络 Rg envelope_rg20.36
形状 Rg shape_rg20.15
总 Rg total_rg21.21
总原子数 total_atoms2914
残基数 n_residues360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.3
Rg (实空间) rg_real21.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real2.7200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9032
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3
偏度 Skewness skewness0.163
峰度 Kurtosis kurtosis-0.420
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7657000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)