SAXSdb — 6yrb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope polyprotein

Andes orthohantavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 8 RNA 16 其他聚合物 4 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 375–484 链 B； UniProt 375–484	未记录	;RNA (5'-D(())-R(PUPUPUP())-3') ; × 16 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 IOD* IODIDE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2M NaCl, 0.1M Hepes 7.5, 35% MPD	分辨率 2.35 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6YRB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6Y6Q Structure of Andes virus envelope glycoprotein Gc in postfusion conformation 提交 2020-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 652–1107（456 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；16% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) 2-propanol, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Hepes pH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
6YRQ Crystal structure of the tetramerization domain of the glycoprotein Gn (Andes virus) at pH 4.6 提交 2020-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 375–484（110 aa）链 B 375–484（110 aa）链 C 375–484（110 aa）链 D 375–484（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2M CaCl2, 0.1M Na-acetate 4.6, 30% MPD	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
8DBZ CryoEM structure of Hantavirus ANDV Gn(H) protein complex with 2Fabs ANDV-5 and ANDV-34 提交 2022-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 22–374（353 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9P3I High-resolution in situ ANDV single tetramer structure 提交 2025-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–651（651 aa）链 B 652–1138（487 aa）链 C 1–651（651 aa）链 D 652–1138（487 aa）链 E 1–651（651 aa）链 F 652–1138（487 aa）链 G 1–651（651 aa）链 H 652–1138（487 aa）	突变：V535K 突变：S1096L 突变：V535K 突变：S1096L 突变：V535K 突变：S1096L 突变：V535K 突变：S1096L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å
9P3L Structure of ANDV dimer of tetramer at conformation III 提交 2025-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–651（651 aa）链 B 652–1138（487 aa）链 C 1–651（651 aa）链 D 652–1138（487 aa）链 E 1–651（651 aa）链 F 652–1138（487 aa）链 G 1–651（651 aa）链 H 652–1138（487 aa）链 I 1–651（651 aa）链 J 652–1138（487 aa）链 K 1–651（651 aa）链 L 652–1138（487 aa）链 M 1–651（651 aa）链 N 652–1138（487 aa）链 O 1–651（651 aa）链 P 652–1138（487 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9P3M Structure of the ANDV dimer of tetramer at conformation II 提交 2025-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–651（651 aa）链 B 652–1138（487 aa）链 C 1–651（651 aa）链 D 652–1138（487 aa）链 E 1–651（651 aa）链 F 652–1138（487 aa）链 G 1–651（651 aa）链 H 652–1138（487 aa）链 I 1–651（651 aa）链 J 652–1138（487 aa）链 K 1–651（651 aa）链 L 652–1138（487 aa）链 M 1–651（651 aa）链 N 652–1138（487 aa）链 O 1–651（651 aa）链 P 652–1138（487 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
9P3X Structure of the ANDV dimer of tetramer at conformation I 提交 2025-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–651（651 aa）链 B 652–1138（487 aa）链 C 1–651（651 aa）链 D 652–1138（487 aa）链 E 1–651（651 aa）链 F 652–1138（487 aa）链 G 1–651（651 aa）链 H 652–1138（487 aa）链 I 1–651（651 aa）链 J 652–1138（487 aa）链 K 1–651（651 aa）链 L 652–1138（487 aa）链 M 1–651（651 aa）链 N 652–1138（487 aa）链 O 1–651（651 aa）链 P 652–1138（487 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9P3Y Andes virus glycoprotein tetramer in complex with ADI-65534 Fab 提交 2025-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–651（651 aa）链 B 652–1138（487 aa）链 C 1–651（651 aa）链 D 652–1138（487 aa）链 E 1–651（651 aa）链 F 652–1138（487 aa）链 G 1–651（651 aa）链 H 652–1138（487 aa）	突变：V535K 突变：S1096L 突变：V535K 突变：S1096L 突变：V535K 突变：S1096L 突变：V535K 突变：S1096L	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9E006_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 375–484 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 375–484

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6yrb
沉积日期 deposition_date	2020-04-20
结构标题 title	Crystal structure of the tetramerization domain of the glycoprotein Gn (Andes virus) at pH 7.5
关键词 keywords	class-II fusion protein hantavirus bunyavirus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.91 Å
零角强度 I(0) i0	13178400.00
分子量 molecular_weight	25013.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30078 Å³
包络体积 envelope_volume	42268 Å³
水化壳体积 shell_volume	16403 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.4 Å
壳层 Rg shell_rg	28.30 Å
包络 Rg envelope_rg	22.19 Å
形状 Rg shape_rg	22.82 Å
总 Rg total_rg	23.86 Å
总原子数 total_atoms	1683
残基数 n_residues	209
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9119
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.163
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1156000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.973

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope polyprotein
分子量 formula_weight	15940.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1738

KVTGCTVFCTLAGPGASCEAYSENGIFNISSPTCLVNKVQRFRGSEQKINFICQRVDQDVVVYCNGQKKVILTKTLVIGQCIYTFTSLFSLMPDVAHSLAVELCVPGLHGGPFEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Andes orthohantavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1980456
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-D(())-R(PUPUPUP*())-3') ;
分子量 formula_weight	1532.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

AUUUA

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.854 Å
晶胞边长 b length_b	67.854 Å
晶胞边长 c length_c	121.891 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.351 Å
最低分辨率 resolution_low	37.699 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2655

fit	/app/data/saxs_computation/yr/6yrb/6yrb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yr/6yrb/6yrb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yr/6yrb/6yrb.dat

Crystal structure of the tetramerization domain of the glycoprotein Gn (Andes virus) at pH 7.5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)