6z02

Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV in surfo crystallization

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein H chain

Rhodobacter sphaeroides

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein L chain × 1 （P0C0Y8） Reaction center protein M chain × 1 （P0C0Y9） LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 DODECANE × 6 PENTADECANE × 3 PHOSPHATE ION × 3 1,2-ETHANEDIOL × 13 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 DECANE × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 3 FE (III) ION × 1 SPEROIDENONE × 1 CARDIOLIPIN × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEH_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–241； UniProt 10–250

Reaction center protein L chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P0C0Y8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein H chain × 1 （P0C0Y7） Reaction center protein M chain × 1 （P0C0Y9） LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 DODECANE × 6 PENTADECANE × 3 PHOSPHATE ION × 3 1,2-ETHANEDIOL × 13 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 DECANE × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 3 FE (III) ION × 1 SPEROIDENONE × 1 CARDIOLIPIN × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 2–282

Reaction center protein M chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P0C0Y9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein H chain × 1 （P0C0Y7） Reaction center protein L chain × 1 （P0C0Y8） LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 DODECANE × 6 PENTADECANE × 3 PHOSPHATE ION × 3 1,2-ETHANEDIOL × 13 SODIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 DECANE × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 3 FE (III) ION × 1 SPEROIDENONE × 1 CARDIOLIPIN × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–302； UniProt 2–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z02
沉积日期 deposition_date	2020-05-07
结构标题 title	Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV in surfo crystallization
关键词 keywords	;Photosynthetic reaction center, bacteriochlorophyll, Rhodobacter sphaeroides, serial crystallography, mesophase crystallization, lipid sponge phase, lipid cubic phase, spheroidene, ubiquinone, PHOTOSYNTHESIS ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z02__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z02__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z02__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.65 Å
Rg（电子密度）	28.19 Å
总 Rg	29.15 Å
原子数	7429
残基数	823
排除体积	138090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6z02__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (20)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	26170.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	7930

FDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPESEDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEIAGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGGLMYAAPKRKS

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31360.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPLAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNTGYTYGNFHYNPAHMIAITFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSAVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	33885.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

AEYQNIFTQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGWNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVLGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIADRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PENTADECANE
分子量 formula_weight	212.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	HEPTANE-1,2,3-TRIOL
分子量 formula_weight	148.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	SPEROIDENONE
分子量 formula_weight	595.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 20 Entity 20 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	444

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6z02h1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family family	f.23.10.1 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d6z02h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family family	b.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain

结构域编号 domain_id	d6z02l_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d6z02m_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

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晶胞边长 a length_a	139.850 Å
晶胞边长 b length_b	139.850 Å
晶胞边长 c length_c	185.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	43.200 Å
R 因子 r_factor	0.2025
R_work r_work	0.2012
R_free r_free	0.2262

Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV in surfo crystallization

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z02__assembly_1__model_1

6z02__assembly_1__model_1 | I(q)

6z02__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (20)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer

实体 17 Entity 17 non-polymer

实体 18 Entity 18 non-polymer

实体 19 Entity 19 non-polymer

实体 20 Entity 20 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)