6z27

Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV LCP crystallization

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein H chain

Rhodobacter sphaeroides

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein L chain × 1 （P0C0Y8） Reaction center protein M chain × 1 （P0C0Y9） LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 PHOSPHATE ION × 8 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 FE (III) ION × 1 UBIQUINONE-10 × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEH_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250

Reaction center protein L chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P0C0Y8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein H chain × 1 （P0C0Y7） Reaction center protein M chain × 1 （P0C0Y9） LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 PHOSPHATE ION × 8 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 FE (III) ION × 1 UBIQUINONE-10 × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 2–282

Reaction center protein M chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P0C0Y9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Reaction center protein H chain × 1 （P0C0Y7） Reaction center protein L chain × 1 （P0C0Y8） LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 PHOSPHATE ION × 8 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 FE (III) ION × 1 UBIQUINONE-10 × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–302； UniProt 2–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z27
沉积日期 deposition_date	2020-05-15
结构标题 title	Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV LCP crystallization
关键词 keywords	;Photosynthetic reaction center, bacteriochlorophyll, Rhodobacter sphaeroides, serial crystallography, mesophase crystallization, lipid sponge phase, lipid cubic phase, spheroidene, ubiquinone, PHOTOSYNTHESIS ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z27__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z27__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.29 Å
Rg（电子密度）	27.98 Å
总 Rg	28.89 Å
原子数	7039
残基数	812
排除体积	128780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6z27__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	27047.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	7219

MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPESEDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEIAGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGGLMYAAPKRKS

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31360.4 kDa
突变 mutation	S178T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPLAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNTGYTYGNFHYNPAHMIAITFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSAVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	33885.9 kDa
突变 mutation	S8T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

AEYQNIFTQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGWNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVLGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIADRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	161

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6z27h1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family family	f.23.10.1 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d6z27h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family family	b.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain

结构域编号 domain_id	d6z27l_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d6z27m_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

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晶胞边长 a length_a	99.914 Å
晶胞边长 b length_b	99.914 Å
晶胞边长 c length_c	234.047 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.860 Å
R 因子 r_factor	0.2092
R_work r_work	0.2086
R_free r_free	0.2357

Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV LCP crystallization

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z27__assembly_1__model_1

6z27__assembly_1__model_1 | I(q)

6z27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)