6zc9

Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein gamma

Homo sapiens

UniProt P61981

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–234 链 C； UniProt 1–234	突变：S235Stop	E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like × 2 （Q96PU5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–234 链 D； UniProt 1–234	突变：S235Stop	E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like × 2 （Q96PU5） CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ZC9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
4E2E Crystal structure of a tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, gamma polypeptide (YWHAG) from Homo sapiens at 2.25 A resolution 提交 2012-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；1.00M LiCl, 20.00% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.229
4E2E Crystal structure of a tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, gamma polypeptide (YWHAG) from Homo sapiens at 2.25 A resolution 提交 2012-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–247（247 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；1.00M LiCl, 20.00% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.229
4J6S 14-3-3gamma complexed with the N-terminal sequence of tyrosine hydroxylase (residues 1-43) 提交 2013-02-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）链 B 1–247（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；283 K；30% PEG 2000 MME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 283.0K	分辨率 3.08 Å R-free 0.254
4J6S 14-3-3gamma complexed with the N-terminal sequence of tyrosine hydroxylase (residues 1-43) 提交 2013-02-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–247（247 aa）链 D 1–247（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；283 K；30% PEG 2000 MME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 283.0K	分辨率 3.08 Å R-free 0.254
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
5D3E Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CFTR R-domain peptide pS768-pS795 提交 2015-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, DTT, (NH4)2SO4, Poly(acrylic acid sodium salt 2100	分辨率 2.75 Å R-free 0.244
5D3E Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CFTR R-domain peptide pS768-pS795 提交 2015-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–238（238 aa）链 F 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, DTT, (NH4)2SO4, Poly(acrylic acid sodium salt 2100	分辨率 2.75 Å R-free 0.244
5D3E Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CFTR R-domain peptide pS768-pS795 提交 2015-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–238（238 aa）链 J 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, DTT, (NH4)2SO4, Poly(acrylic acid sodium salt 2100	分辨率 2.75 Å R-free 0.244
6A5S Structure of 14-3-3 gamma in complex with TFEB 14-3-3 binding motif 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）链 B 1–247（247 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；289 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
6A5S Structure of 14-3-3 gamma in complex with TFEB 14-3-3 binding motif 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–247（247 aa）链 G 1–247（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；289 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
6BYJ Structure of human 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–241（240 aa）链 D 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6BYJ Structure of human 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–241（240 aa）链 C 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6BYJ Structure of human 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–241（240 aa）链 F 2–241（240 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6BYL Structure of 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAcylated thr peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–241（240 aa）链 D 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.35 Å R-free 0.285
6BYL Structure of 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAcylated thr peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–241（240 aa）链 C 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.35 Å R-free 0.285
6BYL Structure of 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAcylated thr peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–241（240 aa）链 F 2–241（240 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.35 Å R-free 0.285
6BZD Structure of 14-3-3 gamma R57E mutant bound to GlcNAcylated peptide 提交 2017-12-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–247（246 aa）链 B 2–247（246 aa）	突变：R57E 突变：R57E	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% glycerol	分辨率 2.67 Å R-free 0.281
6BZD Structure of 14-3-3 gamma R57E mutant bound to GlcNAcylated peptide 提交 2017-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–247（246 aa）链 D 2–247（246 aa）	突变：R57E 突变：R57E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% glycerol	分辨率 2.67 Å R-free 0.281
6FEL Structure of 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser511 提交 2018-01-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291.15 K；sodium citrate, potassium sodium tartrate, and ammonium sulfate	分辨率 2.84 Å R-free 0.280
6FEL Structure of 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser511 提交 2018-01-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291.15 K；sodium citrate, potassium sodium tartrate, and ammonium sulfate	分辨率 2.84 Å R-free 0.280
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–234（234 aa）链 F 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–234（234 aa）链 H 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 E 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–234（234 aa）链 F 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 G 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–234（234 aa）链 H 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6S9K Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 peptide containing 14-3-3 binding motif Ser139 and NLS 提交 2019-07-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）	突变：none	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；PEG 400, calcium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
6SAD Structure of 14-3-3 gamma in complex with double phosphorylated caspase-2 peptide on Ser139 and Ser164 提交 2019-07-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	突变：none 突变：none	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 2.75 Å R-free 0.271
6Y4K Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser100 and Fusicoccin A 提交 2020-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	FSC FUSICOCCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；PEG400, HEPES, magnesium chloride, hexafluoropropanol	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
6Y6B Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser100 and 16-OMe-Fusicoccin H 提交 2020-02-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	OD8 (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[[(1~{S},3~{R},6~{S},7~{S},8~{R},9~{R},10~{R},11~{R},14~{S})-14-(me thoxymethyl)-3,10-dimethyl-9-oxidanyl-6-propan-2-yl-8-tricyclo[9.3.0.0^{3,7}]tetradecanyl]oxy]oxane-3,4,5-triol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；PEG400, HEPES, magnesium chloride, hexafluoropropanol	分辨率 3.08 Å R-free 0.282
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
7A6R Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide containing the 14-3-3 binding motif 提交 2020-08-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 C 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
7A6R Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide containing the 14-3-3 binding motif 提交 2020-08-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
7A6Y Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide stabilized by FC-A 提交 2020-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 C 1–234（234 aa）	未记录	FSC FUSICOCCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol, FC-A	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
7A6Y Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide stabilized by FC-A 提交 2020-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	未记录	FSC FUSICOCCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol, FC-A	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
9CI3 Structure of the LRRK2/14-3-3 complex 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–247（247 aa）链 C 1–247（247 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å

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UniProt名称	1433G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 B； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 C； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 D； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

物种未注明

UniProt Q96PU5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 444–453 链 G； UniProt 444–453	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	14-3-3 protein gamma × 2 （P61981）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 444–453 链 H； UniProt 444–453	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	14-3-3 protein gamma × 2 （P61981） CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6ZC9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LAJ Third WW domain of human Nedd4L in complex with doubly phosphorylated human smad3 derived peptide 提交 2011-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 496–535（40 aa）片段：WW 3 domain residues 496-535	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LB2 Structure of the second domain of human Nedd4L in complex with a phosphorylated pTPY motif derived from human Smad3 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 386–420（35 aa）片段：residues 386-420	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LTY NEDD4L WW2 domain in complex with a Smad7 derived peptide 提交 2012-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 385–417（33 aa）片段：WW2 domain (UNP residues 385-417)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；285 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW2, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW2, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MPT WW3 domain of Nedd4L in complex with its HECT domain PY motif 提交 2014-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 496–539（44 aa）片段：WW3 domain, UNP RESIDUES 496-539 链 B 945–957（13 aa）片段：HECT domain PY motif, UNP RESIDUES 945-957	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM WW3-1, 1.4 mM HECT_PY-2, 150 mM sodium chloride-3, 20 mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] WW3-5, 2 mM HECT_PY-6, 150 mM sodium chloride-7, 20 mM sodium phosphate-8, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WW3-9, 1.6 mM HECT_PY-10, 150 mM sodium chloride-11, 20 mM sodium phosphate-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NSQ Crystal structure of the C2 domain of the human E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein 提交 2006-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–154（154 aa）片段：C2 Domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；14% PEG 4000, 0.2 M NaOAc, pH 6.5, 1 mM DTT. 20% Ethylene glycol added as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 6.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.218
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 594–967（374 aa）片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 594–967（374 aa）片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2ONI Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase 提交 2007-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 594–967（374 aa）片段：Hect Domain (ubiquitin transferase)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 596–975（380 aa）片段：HECT domain	突变：576-949, C922A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 596–975（380 aa）片段：HECT domain	突变：576-949, C922A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 596–975（380 aa）片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)	突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 596–975（380 aa）片段：NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955)	突变：UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
5HPK System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: NEDD4L and UbV NL.1 提交 2016-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 594–975（382 aa）片段：HECT domain (UNP residues 594-975)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium cacodylate, NaCl, PEG 8000, 1-butanol	分辨率 2.43 Å R-free 0.227
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 338–347（10 aa）链 G 338–347（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 338–347（10 aa）链 H 338–347（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
7LP1 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 494–532（39 aa）片段：WW 3 domain, residues 494-532	未记录	NO3 NITRATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；3.6M ammonium nitrate, 5% glycerol, and 0.1M sodium acetate at pH 4.6	分辨率 1.35 Å R-free 0.213
7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 193–226（34 aa）片段：WW 1 domain, residues 193-226	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate	分辨率 1.61 Å R-free 0.210
7LP3 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 193–226（34 aa）片段：WW 1 domain, residues 193-226	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；310 K；1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Potassium Sodium Tartrate, 5% glycerol, 0.1M Sodium Acetate	分辨率 1.61 Å R-free 0.210
7LP4 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 493–539（47 aa）片段：WW 3 domain, residues 493-539	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7LP5 Structure of Nedd4L WW3 domain 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 493–539（47 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Angiomotin,E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like fusion, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7NMZ Structure of 14-3-3 eta in complex with Nedd4-2(335-455) containing two 14-3-3 binding motifs Ser342 and Ser448 提交 2021-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 335–455（121 aa）	突变：T367A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03M of each NPS (sodium nitrate, sodium phosphate dibasic, ammonium sulfate), 0.1Mbicine/Trizma base pH 8.5, 30% sacharose	分辨率 2.30 Å R-free 0.235
9GIK Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase 提交 2024-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–955（955 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM TCEP, 3mM CHAPSO cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9GIM Full-lenght Nedd4-2 E3 ubiquitin ligase in presence of Ca2+ 提交 2024-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–955（955 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 130 mM KCl, 20 mM NaCl, 1 mM TCEP, 1mM CaCl2, 3mM CHAPSO cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.11 Å
9Z5Q HECT domain of NEDD4-2 complex with a targeted nanobody, nb.C11 提交 2025-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 541–975（435 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA, 0.043% CHAPS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out at Argon atmosphere	分辨率 3.06 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	NED4L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–10； UniProt 444–453 作者链 F； PDB构建体 1–10； UniProt 444–453 作者链 G； PDB构建体 1–10； UniProt 444–453 作者链 H； PDB构建体 1–10； UniProt 444–453

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zc9
沉积日期 deposition_date	2020-06-10
结构标题 title	Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448
关键词 keywords	E3 ubiquitin protein ligase, complex, phosphorylation, 14-3-3 protein, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.89 Å
零角强度 I(0) i0	188705000.00
分子量 molecular_weight	105950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131120 Å³
包络体积 envelope_volume	175840 Å³
水化壳体积 shell_volume	45470 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.70 Å
包络 Rg envelope_rg	30.82 Å
形状 Rg shape_rg	31.91 Å
总 Rg total_rg	32.48 Å
总原子数 total_atoms	7433
残基数 n_residues	937
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	188700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9082
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.061
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.574
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.916

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	14-3-3 protein gamma
分子量 formula_weight	27004.4 kDa
突变 mutation	S235Stop
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7979

MVDREQLVQKARLAEQAERYDDMAAAMKNVTELNEPLSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSWRVISSIEQKTSADGNEKKIEMVRAYREKIEKELEAVCQDVLSLLDNYLIKNCSETQYESKVFYLKMKGDYYRYLAEVATGEKRATVVESSEKAYSEAHEISKEHMQPTHPIRLGLALNYSVFYYEIQNAPEQACHLAKTAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
分子量 formula_weight	1125.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.26
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

PRSLSSPTVT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol
分子量 formula_weight	168.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	546

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6zc9A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6zc9B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6zc9C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6zc9D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	205.707 Å
晶胞边长 b length_b	205.707 Å
晶胞边长 c length_c	74.649 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.899 Å
最低分辨率 resolution_low	25.772 Å
R 因子 r_factor	0.2126
R_work r_work	0.2119
R_free r_free	0.2393

fit	/app/data/saxs_computation/zc/6zc9/6zc9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zc/6zc9/6zc9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zc/6zc9/6zc9.dat

Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)