6zca

Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ;

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A063XB83） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） DNA helicase × 1 （A0A164TSE8） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0D1KIU7_BACIU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt A0A410WI33

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ; × 1 （A0A0D1KIU7） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A063XB83） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） DNA helicase × 1 （A0A164TSE8） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A410WI33_BACVA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt A0A063XB83

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ; × 1 （A0A0D1KIU7） RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） DNA helicase × 1 （A0A164TSE8） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A063XB83_BACIU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 V； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A2J0WBQ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ; × 1 （A0A0D1KIU7） RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A063XB83） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） DNA helicase × 1 （A0A164TSE8） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2J0WBQ0_BACIU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–1193； UniProt 1–1193

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt A0A063XB23

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ; × 1 （A0A0D1KIU7） RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A063XB83） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） DNA helicase × 1 （A0A164TSE8） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A063XB23_BACIU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–1199； UniProt 1–1199

DNA helicase

物种未注明

UniProt A0A164TSE8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ; × 1 （A0A0D1KIU7） RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A063XB83） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A063XB23） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A164TSE8_BACIU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zca
沉积日期 deposition_date	2020-06-10
结构标题 title	Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer)
关键词 keywords	TRANSCRIPTION/DNA/RNA, DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE, BACTERIAL, TRANSCRIPTION, Helicase; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6zca__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6zca__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6zca__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.98 Å
Rg（电子密度）	52.57 Å
总 Rg	52.72 Å
原子数	28721
残基数	3640
排除体积	511210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6zca__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ;
分子量 formula_weight	14914.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	28721

MGIKQYSQEELKEMALVEIAHELFEEHKKPVPFQELLNEIASLLGVKKEELGDRIAQFYTDLNIDGRFLALSDQTWGLRSWYPYDQLDEETQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	8228.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MIYKVFYQEKADEVPVREKTDSLYIEGVSERDVRTKLKEKKLNIEFITPVNGAFLEYEQQSENFKVLEL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	34842.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V

MIEIEKPKIETVEISDDAKFGKFVVEPLERGYGTTLGNSLRRILLSSLPGAAVTSIQIDGVLHEFSTIEGVVEDVTTIILHIKKLALKIYSDEEKTLEIDVQGEGTVTAADITHDSDVEILNPDLHIATLGENASFRVRLTAQRGRGYTPADANKRDDQPIGVIPIDSIYTPVSRVSYQVENTRVGQVANYDKLTLDVWTDGSTGPKEAIALGSKILTEHLNIFVGLTDEAQHAEIMVEKEEDQKEKVLEMTIEELDLSVRSYNCLKRAGINTVQELANKTEEDMMKVRNLGRKSLEEVKAKLEELGLGLRKDD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	133847.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MTGQLVQYGRHRQRRSYARISEVLELPNLIEIQTSSYQWFLDEGLREMFQDISPIEDFTGNLSLEFIDYSLGEPKYPVEESKERDVTYSAPLRVKVRLINKETGEVKDQDVFMGDFPIMTDTGTFIINGAERVIVSQLVRSPSVYFSGKVDKNGKKGFTATVIPNRGAWLEYETDAKDVVYVRIDRTRKLPVTVLLRALGFGSDQEILDLIGENEYLRNTLDKDNTENSDKALLEIYERLRPGEPPTVENAKSLLDSRFFDPKRYDLANVGRYKINKKLHIKNRLFNQRLAETLVDPETGEILAEKGQILDRRTLDKVLPYLENGIGFRKLYPNGGVVEDEVTLQSIKIFAPTDQEGEQVINVIGNAYIEEEIKNITPADIISSISYFFNLLHGVGDTDDIDHLGNRRLRSVGELLQNQFRIGLSRMERVVRERMSIQDTNTITPQQLINIRPVIASIKEFFGSSQLSQFMDQTNPLAELTHKRRLSALGPGGLTRERAGMEVRDVHYSHYGRMCPIETPEGPNIGLINSLSSYAKVNRFGFIETPYRRVDPETGKVTGRIDYLTADEEDNYVVAQANARLDDEGAFIDDSIVARFRGENTVVSRNRVDYMDVSPKQVVSAATACIPFLENDDSNRALMGANMQRQAVPLMQPEAPFVGTGMEYVSGKDSGAAVICKHPGIVERVEAKNVWVRRYEEVDGQKVKGNLDKYSLLKFVRSNQGTCYNQRPIVSVGDEVVKGEILADGPSMELGELALGRNVMVGFMTWDGYNYEDAIIMSERLVKDDVYTSIHIEEYESEARDTKLGPEEITRDIPNVGEDALRNLDDRGIIRIGAEVKDGDLLVGKVTPKGVTELTAEERLLHAIFGEKAREVRDTSLRVPHGGGGIIHDVKVFNREDGDELPPGVNQLVRVYIVQKRKISEGDKMAGRHGNKGVISKILPEEDMPYLPDGTPIDIMLNPLGVPSRMNIGQVLELHMGMAARYLGIHIASPVFDGAREEDVWETLEEAGMSRDAKTVLYDGRTGEPFDNRVSVGIMYMIKLAHMVDDKLHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEILTVKSDDVVGRVKTYEAIVKGDNVPEPGVPESFKVLIKELQSLGMDVKILSGDEEEIEMRDLEDEEDAKQADGLALSGDEEPEETASADVERDVVTKE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	134445.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MLDVNNFEYMNIGLASPDKIRSWSFGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCERIFGPTKDWECHCGKYKRVRYKGVVCDRCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVSHIWYFKGIPSRMGLVLDMSPRALEEVIYFASYVVTDPANTPLEKKQLLSEKEYRAYLDKYGNKFQASMGAEAIHKLLQDIDLVKEVDMLKEELKTSQGQRRTRAIKRLEVLEAFRNSGNKPSWMILDVLPVIPPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLGAPSIIVQNEKRMLQEAVDALIDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSHMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPHLKMYQCGLPKEMALELFKPFVMKELVEKGLAHNIKSAKRKIERVQPEVWDVLESVIKEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPTLVEGRAIRLHPLVCTAYNADFDGDQMAVHVPLSAEAQAEARILMLAAQNILNPKDGKPVVTPSQDMVLGNYYLTLERAGAVGEGMVFKNTDEALLAYQNGYVHLHTRVAVAANSLKNVTFTEEQRSKLLITTVGKLVFNEILPESFPYMNEPTKSNIEEKTPDRFFLEKGADVKAVIAQQPINAPFKKGILGKIIAEIFKRFHITETSKMLDRMKNLGFKYSTKAGITVGVSDIVVLDDKQEILEEAQSKVDNVMKQFRRGLITEEERYERVISIWSAAKDVIQGKLMKSLDELNPIYMMSDSGARGNASNFTQLAGMRGLMANPAGRIIELPIKSSFREGLTVLEYFISTHGARKGLADTALKTADSGYLTRRLVDVAQDVIIRETDCGTDRGILAKPLKEGTETIERLEERLIGRFARKQVKHPETGEVLVNENELIDEDKALEIVEAGIEEVWIRSAFTCNTPHGVCKRCYGRNLATGSDVEVGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDDITQGLPRIQELFEARNPKGQATITEIDGTVVEINEVRDKQQEIVVQGAVETRSYTAPYNSRLKVAEGDKITRGQVLTEGSIDPKELLKVTDLTTVQEYLLHEVQKVYRMQGVEIGDKHVEVMVRQMLRKVRVIDAGDTDVLPGTLLDIHQFTEANKKVLLEGNRPATGRPVLLGITKASLETDSFLSAASFQETTRVLTDAAIKGKRDELLGLKENVIIGKLVPAGTGMMKYRKVKPVSNVQPTDDMVPVE

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA helicase
分子量 formula_weight	90052.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MNQQDKEWKEEQSRIDEVLKELEKKERFLETSAGGLKHDIIGLRKSFWEDVKVNFDDAHEAIETMASIKQQAELLSDREHNHRRMDQQLKRIHQLKKSPYFGRIDFIENGEEQAERIYIGLASCLDEKEEHFLIYDWRAPISSLYYNYSPGKAEYEVPGETIEGEMVLKRQFMIKNGTLKAMFNTDMTIGDEMLQEVLSHHSDTQMKNIVSTIQKEQNQIIRNEKSKILIVQGAAGSGKTSAALQRVAYLLYRHRGVIDAGQIVLFSPNFLFNSYVSSVLPELGEENMEQATFQEYIEHRLGRKFKCESPFDQLEYCLTETKGGDFPTRLAGITWKAGLSFQQFINEYVTRLSSEGMIFKNIIFRGQKLITKEQIQSYFYSLDQNHSIPNRMEQTAKWLLSELNKLEKKERRKDWVVHEAELLDKEDYLDVYKKLQERKRFSESTFNDYQREQQLLAAIIVKKAFKPLKQAVRLLAFLDVTQLYLQLFSGWGGKFQHEKMDAIGELTRSAFTDNKLLYEDAAPFLYMQDLIEGRKKNTKIKHLFIDEAQDYSPFQMAYMRSIFPAASMTVLGDINQSIYAHTINGDQRMDACFEDEPAEYVRLKRTYRSTRQIVEFTKAMLQDGADIEPFNRSGEMPLVVKTEGHESLCQKLAQEIGRLKKKGHETIAVICKTAHQCIQAHAHMSEYTDVRLIHKENQPFQKGVCVIPVYLAKGIEFDAVLVYDASEEHYHTEHDRRLLYTACTRAMHMLAVFYTGEASPFVTAVPPHLYQIAE

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	81279

Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta,Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zca__assembly_1__model_1

6zca__assembly_1__model_1 | I(q)

6zca__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)