SAXSdb — 6zd0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol-activated cytolysin

Streptococcus intermedius

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	CD59 glycoprotein × 3 （P13987）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9LCB8_STRIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 37–535； UniProt 34–532 作者链 C； PDB构建体 37–535； UniProt 34–532 作者链 E； PDB构建体 37–535； UniProt 34–532

CD59 glycoprotein

Homo sapiens

UniProt P13987

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Thiol-activated cytolysin × 3 （Q9LCB8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD59_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–78； UniProt 26–102 作者链 D； PDB构建体 2–78； UniProt 26–102 作者链 F； PDB构建体 2–78； UniProt 26–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zd0
沉积日期 deposition_date	2020-06-13
结构标题 title	Disulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59
关键词 keywords	early prepore, membrane-bound, oligomer, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6zd0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6zd0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6zd0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.97 Å
Rg（电子密度）	39.68 Å
总 Rg	40.03 Å
原子数	7962
残基数	1611
排除体积	128280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6zd0__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiol-activated cytolysin
分子量 formula_weight	59101.0 kDa
突变 mutation	I104C G244C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	7962

MGGSHHHHHHGMASMTGGQQMGRDLYDDDDKDRWGSETPTKPKAAQTEKKTEKKPENSNSEAAKKALNDYIWGLQYDKLNILTHQGEKLKNHSSREAFHRPGEYVVCEKKKQSISNATSKLSVSSANDDRIFPGALLKADQSLLENLPTLIPVNRGKTTISVNLPGLKNGESNLTVENPSNSTVRTAVNNLVEKWIQNYSKTHAVPARMQYESISAQSMSQLQAKFGADFSKVGAPLNVDFSSVHKCEKQVFIANFRQVYYTASVDSPNSPSALFGSGITPTDLINRGVNSKTPPVYVSNVSYGRAMYVKFETTSKSTKVQAAIDAVVKGAKLKAGTEYENILKNTKITAVVLGGNPGEASKVITGNIDTLKDLIQKGSNFSAQSPAVPISYTTSFVKDNSIATIQNNTDYIETKVTSYKDGALTLNHDGAFVARFYVYWEELGHDADGYETIRSRSWSGNGYNRGAHYSTTLRFKGNVRNIRVKVLGATGLAWEPWRLIYSKNDLPLVPQRNISTWGTTLHPQFEDKVVKDNTD

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus intermedius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1338
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CD59 glycoprotein
分子量 formula_weight	9204.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MLQCYNCPNPTADCKTAVNCSSDFDACLITKAGLQVYNKCWKFEHCNFNDVTTRLRENELTYYCCKKDLCNFNEQLENC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	51041

Disulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol-activated cytolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD59 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zd0__assembly_1__model_1

6zd0__assembly_1__model_1 | I(q)

6zd0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Disulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol-activated cytolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD59 glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zd0__assembly_1__model_1

6zd0__assembly_1__model_1 | I(q)

6zd0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)