6zwe

Crystal structure of human acetylcholinesterase in complex with ((6-((2E,4E)-5-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)penta-2,4-dienamido)hexyl)triphenylphosphonium bromide)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholinesterase

Homo sapiens

UniProt P22303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 33–574 链 B; UniProt 33–574 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 QRH (2~{E},4~{E})-5-(1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-[6-(triphenyl-$l^{5}-phosphanyl)hexyl]penta-2,4-dienamide × 1 SO4 SULFATE ION × 18 BR BROMIDE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 23 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.5 M LiSO4, 100 mM HEPES pH7, 60 mM MgSO4 分辨率 3.00 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 77 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–542; UniProt 33–574 作者链 B; PDB构建体 1–542; UniProt 33–574

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zwe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zwe
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zwe
沉积日期 deposition_date2020-07-28
结构标题 titleCrystal structure of human acetylcholinesterase in complex with ((6-((2E,4E)-5-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)penta-2,4-dienamido)hexyl)triphenylphosphonium bromide)
关键词 keywordshuman acetylcholinesterase, piperine derivative, mitochondria, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.82
零角强度 I(0) i0235233000.00
分子量 molecular_weight122710.0 kDa
排除体积 excluded_volume152320 ų
包络体积 envelope_volume189390 ų
水化壳体积 shell_volume43126 ų
包络直径 envelope_diameter138.1
壳层 Rg shell_rg42.30
包络 Rg envelope_rg37.84
形状 Rg shape_rg37.79
总 Rg total_rg38.16
总原子数 total_atoms8609
残基数 n_residues1073
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.3
Rg (实空间) rg_real38.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.21
I(0) (实空间) i0_real2.3520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal235200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8170
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.496
峰度 Kurtosis kurtosis-0.505
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha65070000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.633; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.866

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6zwea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like
结构域编号 domain_idd6zweb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)