7a2j

Crystal structure of the Fyn SH3 domain in space group C21 at pH 7.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 54.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase Fyn

Homo sapiens

UniProt P06241

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 83–142 未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;4.5M sodium formate, 0.1M Hepes 分辨率 1.50 Å R-free 0.247
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 83–142 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;4.5M sodium formate, 0.1M Hepes 分辨率 1.50 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、67 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FYN_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–60; UniProt 83–142 作者链 B; PDB构建体 1–60; UniProt 83–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7a2j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7a2j
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7a2j
沉积日期 deposition_date2020-08-18
结构标题 titleCrystal structure of the Fyn SH3 domain in space group C21 at pH 7.5
关键词 keywordsbeta barrel, SH3 domain, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.07
零角强度 I(0) i03314720.00
分子量 molecular_weight13007.0 kDa
排除体积 excluded_volume16261 ų
包络体积 envelope_volume19131 ų
水化壳体积 shell_volume11287 ų
包络直径 envelope_diameter52.7
壳层 Rg shell_rg19.94
包络 Rg envelope_rg15.32
形状 Rg shape_rg15.03
总 Rg total_rg16.21
总原子数 total_atoms1758
残基数 n_residues116
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.2
Rg (实空间) rg_real15.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real3.3150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7310e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3315000.0000
解质量估计 total_estimate0.8574
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.2
偏度 Skewness skewness0.346
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1261000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)