7a2l

Crystal structure of the Fyn SH3 domain mutant E129Q in space group C21 at pH 4.0

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase Fyn

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 83–142	突变：E129Q	FMT FORMIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；3.5M sodium formate, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 83–142	突变：E129Q	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；3.5M sodium formate, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.90 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7A2L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10DJ Fyn Kinase Domain-Saracatinib Complex Structure 提交 2026-01-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–537（275 aa）	未记录	H8H N-(5-CHLORO-1,3-BENZODIOXOL-4-YL)-7-[2-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)ETHOXY]-5-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLOXY)QUINAZOLIN-4-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；4.0 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6	分辨率 2.22 Å R-free 0.268
10DJ Fyn Kinase Domain-Saracatinib Complex Structure 提交 2026-01-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 263–537（275 aa）	未记录	H8H N-(5-CHLORO-1,3-BENZODIOXOL-4-YL)-7-[2-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)ETHOXY]-5-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLOXY)QUINAZOLIN-4-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；4.0 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6	分辨率 2.22 Å R-free 0.268
1A0N NMR STUDY OF THE SH3 DOMAIN FROM FYN PROTO-ONCOGENE TYROSINE KINASE COMPLEXED WITH THE SYNTHETIC PEPTIDE P2L CORRESPONDING TO RESIDUES 91-104 OF THE P85 SUBUNIT OF PI3-KINASE, FAMILY OF 25 STRUCTURES 提交 1997-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 79–147（69 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 82 - 148	突变：N-TERMINAL GS FROM EXPRESSION SYSTEM	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1AOT NMR STRUCTURE OF THE FYN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 142–247（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	突变：C97S, C98S, C104S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K	分辨率未提供
1AOU NMR STRUCTURE OF THE FYN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE, 22 STRUCTURES 提交 1997-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 142–247（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	突变：C97S, C98S, C104S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K	分辨率未提供
1AVZ V-1 NEF PROTEIN IN COMPLEX WITH WILD TYPE FYN SH3 DOMAIN 提交 1997-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 84–140（57 aa）片段：SRC-HOMOLOGY 3 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9	分辨率 3.00 Å R-free 0.270
1AZG NMR STUDY OF THE SH3 DOMAIN FROM FYN PROTO-ONCOGENE TYROSINE KINASE KINASE COMPLEXED WITH THE SYNTHETIC PEPTIDE P2L CORRESPONDING TO RESIDUES 91-104 OF THE P85 SUBUNIT OF PI3-KINASE, MINIMIZED AVERAGE (PROBMAP) STRUCTURE 提交 1997-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 81–147（67 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 82 - 148	突变：N-TERMINAL GS FROM EXPRESSION SYSTEM	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1EFN HIV-1 NEF PROTEIN IN COMPLEX WITH R96I MUTANT FYN SH3 DOMAIN 提交 1996-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–142（58 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 85-141 链 C 85–142（58 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 85-141	突变：R96I 突变：R96I	PBM TRIMETHYL LEAD ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
1FYN PHOSPHOTRANSFERASE 提交 1995-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–141（62 aa）片段：SH3 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1G83 CRYSTAL STRUCTURE OF FYN SH3-SH2 提交 2000-11-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–245（165 aa）片段：SH3 AND SH2 DOMAIN	突变：C238S, C239S, C245S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；PEG 8000, sodium tartrate, TRIS , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
1G83 CRYSTAL STRUCTURE OF FYN SH3-SH2 提交 2000-11-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 81–245（165 aa）片段：SH3 AND SH2 DOMAIN	突变：C238S, C239S, C245S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；PEG 8000, sodium tartrate, TRIS , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
1M27 Crystal structure of SAP/FynSH3/SLAM ternary complex 提交 2002-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 83–143（61 aa）片段：SH3 domain (residues 82-143)	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；297 K；Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
1NYF NMR STUDY OF THE SH3 DOMAIN FROM FYN PROTO-ONCOGENE TYROSINE KINASE, MINIMIZED AVERAGE (PROBMAP) STRUCTURE 提交 1996-04-22	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–147（67 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 82 - 148	突变：INS(GS-T82)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1NYG NMR STUDY OF THE SH3 DOMAIN FROM FYN PROTO-ONCOGENE TYROSINE KINASE, FAMILY OF 20 STRUCTURES 提交 1996-04-22	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–147（67 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 82 - 148	突变：INS(GS-T82)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1SHF CRYSTAL STRUCTURE OF THE SH3 DOMAIN IN HUMAN FYN; COMPARISON OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF SH3 DOMAINS IN TYROSINE KINASES AND SPECTRIN 提交 1993-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 83–141（59 aa）链 B 83–141（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1ZBJ Inferential Structure Determination of the Fyn SH3 domain using NOESY data from a 15N,H2 enriched protein 提交 2005-04-08	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–141（59 aa）片段：SH3 domain, Residues 83-141	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2DQ7 Crystal Structure of Fyn kinase domain complexed with staurosporine 提交 2006-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 261–537（277 aa）片段：Fyn, Protein kinase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	STU STAUROSPORINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；1.15M ammonium sulfate, 0.2M NaCl, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.281
2MQI human Fyn SH2 free state 提交 2014-06-20	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–248（101 aa）片段：UNP residues 149-248	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.8-1.4 mM [U-13C; U-15N] FynSH2, 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MRJ Structure of Fyn protein SH2 bound 提交 2014-07-09	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–248（101 aa）片段：UNP residues 149-248	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FynSH2 bound, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2MRK Fyn SH2 domain in complex with the natural inhibitory phosphotyrosine peptide 提交 2014-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 149–248（100 aa）片段：UNP residues 149-248 链 B 528–537（10 aa）片段：UNP residues 528-537	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.93 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 1.2 mM protein_2, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3H0F Crystal structure of the human Fyn SH3 R96W mutant 提交 2009-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 73–142（70 aa）片段：SH3 domain, UNP residues 73-142	突变：R96W	PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.1；277 K；2.0M ammonium sulphate, 2% PEG 400, 0.1M Tris, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.61 Å R-free 0.282
3H0H human Fyn SH3 domain R96I mutant, crystal form I 提交 2009-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 73–142（70 aa）片段：SH3 domain, UNP residues 73-142	突变：R96I	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.5M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 1.0M lithium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.76 Å R-free 0.222
3H0I human Fyn SH3 domain R96I mutant, crystal form II 提交 2009-04-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 73–142（70 aa）片段：SH3 domain, UNP residues 73-142	突变：R96I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M TRIS, 30% v/v MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
3H0I human Fyn SH3 domain R96I mutant, crystal form II 提交 2009-04-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 73–142（70 aa）片段：SH3 domain, UNP residues 73-142	突变：R96I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M TRIS, 30% v/v MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
3UA6 Crystal Structure of the Human Fyn SH3 domain 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–143（63 aa）片段：SH3 domain (UNP residues 81-143)	未记录	GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 5 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；5.5 M sodium formate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.246
3UA6 Crystal Structure of the Human Fyn SH3 domain 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 81–143（63 aa）片段：SH3 domain (UNP residues 81-143)	未记录	FMT FORMIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；5.5 M sodium formate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.246
3UA7 Crystal Structure of the Human Fyn SH3 domain in complex with a peptide from the Hepatitis C virus NS5A-protein 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–143（63 aa）片段：SH3 domain (UNP residues 81-143)	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；4 M sodium formate, 10 mM zinc chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
3UA7 Crystal Structure of the Human Fyn SH3 domain in complex with a peptide from the Hepatitis C virus NS5A-protein 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 81–143（63 aa）片段：SH3 domain (UNP residues 81-143)	未记录	ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；4 M sodium formate, 10 mM zinc chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
3UA7 Crystal Structure of the Human Fyn SH3 domain in complex with a peptide from the Hepatitis C virus NS5A-protein 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 81–143（63 aa）片段：SH3 domain (UNP residues 81-143)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；4 M sodium formate, 10 mM zinc chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
3UA7 Crystal Structure of the Human Fyn SH3 domain in complex with a peptide from the Hepatitis C virus NS5A-protein 提交 2011-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 81–143（63 aa）片段：SH3 domain (UNP residues 81-143)	未记录	ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；4 M sodium formate, 10 mM zinc chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
4D8D Crystal structure of HIV-1 NEF Fyn-SH3 R96W variant 提交 2012-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 84–141（58 aa）片段：SRC-HOMOLOGY 3 DOMAIN (UNP Residues 84-141)	突变：R96W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；0.3 M sodium potassium tartrate, 0.5 M bicine buffer , 1cmc D-octylglucopyranoside, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.52 Å R-free 0.238
4D8D Crystal structure of HIV-1 NEF Fyn-SH3 R96W variant 提交 2012-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 84–141（58 aa）片段：SRC-HOMOLOGY 3 DOMAIN (UNP Residues 84-141)	突变：R96W	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；0.3 M sodium potassium tartrate, 0.5 M bicine buffer , 1cmc D-octylglucopyranoside, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.52 Å R-free 0.238
4EIK Crystal Structure of the Human Fyn SH3 domain in complex with the synthetic peptide VSL12 提交 2012-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–143（63 aa）片段：SH3 domain (UNP residues 81-143)	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；5.5 M sodium formate, 0.1 M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.195
4U17 Swapped dimer of the human Fyn-SH2 domain 提交 2014-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 A 148–248（101 aa）片段：Fyn-SH2 domain (UNP residues 148-248) 链 C 148–248（101 aa）片段：Fyn-SH2 domain (UNP residues 148-248)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium phosphate pH 6.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.255
4U17 Swapped dimer of the human Fyn-SH2 domain 提交 2014-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 B 148–248（101 aa）片段：Fyn-SH2 domain (UNP residues 148-248)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50 mM sodium phosphate pH 6.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.255
4U1P Human Fyn-SH2 domain in complex with a synthetic high-affinity phospho-peptide 提交 2014-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：DIMERIC	链 A 148–248（101 aa）片段：Human Fyn-SH2 domain, RESIDUES 148-248	未记录	15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MOPS/Na HEPES pH 7.5, 0.12 M monosaccharide mixture, PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350 and 12.5%(v/v) MPD	分辨率 1.40 Å R-free 0.188
4ZNX Crystal structure of the Fyn-SH3 domain in complex with the high affinity peptide APP12 提交 2015-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 84–141（58 aa）片段：SH3 DOMAIN, UNP residues 84-141 链 B 84–141（58 aa）片段：SH3 DOMAIN, UNP residues 84-141 链 C 84–141（58 aa）片段：SH3 DOMAIN, UNP residues 84-141 链 D 84–141（58 aa）片段：SH3 DOMAIN, UNP residues 84-141	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；4 M sodium formate, 0.1 M Hepes	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
5ZAU Complex of the human FYN SH3 and monobody binder 提交 2018-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 85–141（57 aa）片段：UNP residues 85-141	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FYN SH3 domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Monobody Binder, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N; U-98% 2H] FYN SH3 domain, 1.5 mM Unlabeled Monobody Binder, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2 mM [U-99% 15N] FYN SH3 domain, 1 mM Unlabeled Monobody Binder, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2 mM [U-99% 15N] Monobody Binder, 1 mM Unlabeled FYN SH3 domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6IPY His-tagged Fyn SH3 domain R96I mutant 提交 2018-11-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 82–144（63 aa）片段：UNP residues 82-144	突变：R96I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；295 K；0.1M Citric acid pH 3.5 and 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.34 Å R-free 0.201
6IPZ Fyn SH3 domain R96W mutant, crystallized with 18-crown-6 提交 2018-11-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 Z 82–144（63 aa）片段：UNP residues 82-144	突变：R96W	O4B 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.08M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.6M Ammonium sulfate, 20%(v/v) Glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.209
7A2J Crystal structure of the Fyn SH3 domain in space group C21 at pH 7.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–142（60 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；4.5M sodium formate, 0.1M Hepes	分辨率 1.50 Å R-free 0.247
7A2J Crystal structure of the Fyn SH3 domain in space group C21 at pH 7.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 83–142（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；4.5M sodium formate, 0.1M Hepes	分辨率 1.50 Å R-free 0.247
7A2K Crystal structure of the Fyn SH3 domain in space group P1 at pH 7.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–142（60 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；4.5M sodium formate, 0.1M Hepes	分辨率 1.50 Å R-free 0.236
7A2K Crystal structure of the Fyn SH3 domain in space group P1 at pH 7.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 83–142（60 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；4.5M sodium formate, 0.1M Hepes	分辨率 1.50 Å R-free 0.236
7A2K Crystal structure of the Fyn SH3 domain in space group P1 at pH 7.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 83–142（60 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；4.5M sodium formate, 0.1M Hepes	分辨率 1.50 Å R-free 0.236
7A2K Crystal structure of the Fyn SH3 domain in space group P1 at pH 7.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 83–142（60 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；4.5M sodium formate, 0.1M Hepes	分辨率 1.50 Å R-free 0.236
7A2M Crystal structure of the Fyn SH3 domain A95S-D99T mutant in C21 space group 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–142（60 aa）	突变：A95S D99T	NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；4.5 M sodium formate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.255
7A2M Crystal structure of the Fyn SH3 domain A95S-D99T mutant in C21 space group 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 83–142（60 aa）	突变：A95S D99T	NA SODIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；4.5 M sodium formate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.255
7A2N Crystal structure of the Fyn SH3 domain A95S-D99T mutant in space group P21 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–142（60 aa）	突变：A95S D99T	FMT FORMIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；4.5 M sodium formate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
7A2N Crystal structure of the Fyn SH3 domain A95S-D99T mutant in space group P21 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 83–142（60 aa）	突变：A95S D99T	FMT FORMIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；4.5 M sodium formate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
7A2N Crystal structure of the Fyn SH3 domain A95S-D99T mutant in space group P21 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 83–142（60 aa）	突变：A95S D99T	FMT FORMIC ACID × 3 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；4.5 M sodium formate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
7A2N Crystal structure of the Fyn SH3 domain A95S-D99T mutant in space group P21 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 83–142（60 aa）	突变：A95S D99T	FMT FORMIC ACID × 3 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；4.5 M sodium formate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
7A2O Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant at pH 4.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–142（60 aa）	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；5% PEG 300, 1.5 ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate	分辨率 0.94 Å R-free 0.175
7A2P Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant at pH 5.0 with PEG 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–143（61 aa）	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；5% PEG 300, 2.0 ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate	分辨率 0.90 Å R-free 0.150
7A2Q Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant at pH 3.0 with PEG 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–143（61 aa）	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；5% PEG 300, 5 mM beta-cyclodextrin, 2.0 ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate	分辨率 0.94 Å R-free 0.161
7A2R Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant at pH 6.0 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–143（61 aa）	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5 ammonium sulfate, 0.1M MES	分辨率 1.05 Å R-free 0.173
7A2S Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant at pH 5.0 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–143（61 aa）	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；2.0 ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.02 Å R-free 0.175
7A2T Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant at pH 4.0 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–143（61 aa）	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；1 ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.22 Å R-free 0.203
7A2U Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T at pH 4.5 提交 2020-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–142（60 aa）	突变：L112V S114N S115T	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
7A2V Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E129Q at pH 4.0 提交 2020-08-18	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 83–142（60 aa）	突变：L112V S114N S115T E129Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.81 Å R-free 0.220
7A2W Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant in complex with VSL12 at pH 3.0 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 83–142（60 aa）片段：SH3 domain	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；298 K；0.5 M ammonium sulfate, 0.1 sodium citrate	分辨率 0.99 Å R-free 0.151
7A2X Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant in complex with VSL12 at pH 5.0 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 83–142（60 aa）片段：SH3 domain	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；0.5 M ammonium sulfate, 0.1 sodium acetate	分辨率 0.92 Å R-free 0.148
7A2Y Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant in complex with VSL12 at pH 4.0 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 83–142（60 aa）片段：SH3 domain	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；0.5 M ammonium sulfate, 0.1 sodium acetate	分辨率 0.97 Å R-free 0.146
7A2Z Crystal structure of the Fyn SH3 domain L112V-S114N-S115T-E121L-R123H mutant in complex with VSL12 at pH 6.0 提交 2020-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 83–142（60 aa）片段：SH3 domain	突变：L112V S114N S115T E121L R123H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1 M ammonium sulfate, 0.1 sodium acetate	分辨率 1.14 Å R-free 0.195
8KDX Tau-S214 Phosphorylation Inhibits Fyn Kinase Interaction and Increases the Decay Time of NMDAR-mediated Current 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 85–142（58 aa）片段：FynSH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；1.2 M Sodium citrate tribasic dehydrated, 0.1 M Tris buffer pH8.5	分辨率 1.01 Å R-free 0.185
9GHK Crystal structure of Fyn SH3 domain/tau 214-220 peptide complex 提交 2024-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 80–143（64 aa）链 B 80–143（64 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 0.4 M NaH2PO4, 1.5 M K2HPO4, 0.1 M imidazole pH 7.5	分辨率 1.42 Å R-free 0.218
9PGZ X-ray crystal structure of SRD42 提交 2025-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–141（55 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；279 K；0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Hexadecyltrimethylammonium bromide	分辨率 2.60 Å R-free 0.247

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	FYN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–60； UniProt 83–142 作者链 B； PDB构建体 1–60； UniProt 83–142

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7a2l
沉积日期 deposition_date	2020-08-18
结构标题 title	Crystal structure of the Fyn SH3 domain mutant E129Q in space group C21 at pH 4.0
关键词 keywords	beta barrel, SH3 domain, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.20 Å
零角强度 I(0) i0	3307560.00
分子量 molecular_weight	12905.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16089 Å³
包络体积 envelope_volume	19011 Å³
水化壳体积 shell_volume	11113 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.5 Å
壳层 Rg shell_rg	20.07 Å
包络 Rg envelope_rg	15.55 Å
形状 Rg shape_rg	15.18 Å
总 Rg total_rg	16.23 Å
总原子数 total_atoms	1732
残基数 n_residues	116
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3080e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3308000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8722
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.354
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1164000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase Fyn
分子量 formula_weight	6794.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
突变 mutation	E129Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1790

GVTLFVALYDYEARTEDDLSFHKGEKFQILNSSEGDWWEARSLTTGQTGYIPSNYVAPVD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.584 Å
晶胞边长 b length_b	45.896 Å
晶胞边长 c length_c	42.938 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.480 Å
R 因子 r_factor	0.2098
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2606

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pddf	/app/data/pr_computation/a2/7a2l/7a2l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a2/7a2l/7a2l.dat