SAXSdb — 7bbd

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088） ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J3QS39_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–77； UniProt 1–74

Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

Homo sapiens

UniProt P19474

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088） ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RO52_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 80–164； UniProt 1–85

Polyubiquitin-C

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 1 （J3QS39,P19474） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088） ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

Homo sapiens

UniProt Q15819

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 1 （J3QS39,P19474） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 1 （P61088） ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2V2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–150； UniProt 1–145

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

Homo sapiens

UniProt P61088

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 1 （J3QS39,P19474） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 × 1 （Q15819） ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2N_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–153； UniProt 1–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bbd
沉积日期 deposition_date	2020-12-17
结构标题 title	Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2
关键词 keywords	E3 ubiquitin ligase, E2 conjugating enzyme, ubiquitin chain elongation, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bbd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bbd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.71 Å
Rg（电子密度）	27.54 Å
总 Rg	28.19 Å
原子数	4149
残基数	538
排除体积	74103 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bbd__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
分子量 formula_weight	18379.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4434

GSHMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRAAMASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSVCPVCRQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEARE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
突变 mutation	G75A, G76A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2
分子量 formula_weight	16929.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSQEFMAVSTGVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVSWGLEDDEDMTLTRWTGMIIGPPRTNYENRIYSLKVECGPKYPEAPPSVRFVTKINMNGINNSSGMVDARSIPVLAKWQNSYSIKVVLQELRRLMMSKENMKLPQPPEGQTYNN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
分子量 formula_weight	17182.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
突变 mutation	C87K, K92A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GMAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKIYHPNVDKLGRIKLDILADKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMNNI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	285

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d7bbda1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d7bbda2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7bbdc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d7bbdc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7bbdd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7bbdB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	7bbdD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	99.150 Å
晶胞边长 b length_b	108.360 Å
晶胞边长 c length_c	75.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	0.2236
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2524

Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B,E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bbd__assembly_1__model_1

7bbd__assembly_1__model_1 | I(q)

7bbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)