SAXSdb — 7blq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Sorting nexin-3 × 2 （G0S0X3） Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein × 2 （G0S0E6） The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo. × 2 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S709_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 12–306 作者链 C； PDB构建体 1–295； UniProt 12–306

Sorting nexin-3

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0S0X3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 2 （G0S709） Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein × 2 （G0S0E6） The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo. × 2 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S0X3_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–116； UniProt 71–186 作者链 L； PDB构建体 1–116； UniProt 71–186

Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0S0E6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Vacuolar protein sorting-associated protein 35 × 2 （G0S709） Sorting nexin-3 × 2 （G0S0X3） The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo. × 2 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S0E6_CHATD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–292； UniProt 5–296 作者链 J； PDB构建体 1–292； UniProt 5–296

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7blq
沉积日期 deposition_date	2021-01-18
结构标题 title	Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 complex.
关键词 keywords	endosomes, coat proteins, membrane trafficking, cargo-sorting, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7blq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7blq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7blq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.61 Å
Rg（电子密度）	59.28 Å
总 Rg	58.99 Å
原子数	11722
残基数	1426
排除体积	209520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7blq__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子量 formula_weight	34014.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	11722

RLLEDALIAVRQQTAMMRKFLDTPGKLMDALKCCSTLVSELRTSSLSPKQYYELYMAVFDALRYLSAHLRENHPVNHLADLYELVQYAGNIIPRLYLMITVGTAYMSIDGAPVKELMKDMMDMSRGVQHPVRGLFLRYYLSGQARDYLPTGDSDGPEGNLQDSINFILTNFVEMNKLWVRLQHQGHSRERDLRTQERRELQLLVGSNIVRLSQLVDLPTYRDSILGPLLEQIVQCRDILAQEYLLEVITQVFPDEYHLHTLDQFLGAVSRLNPHVNVKAIVIGMMNRLSDYAERE

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sorting nexin-3
分子量 formula_weight	13525.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,L

PPENFLEIEVRNPQTHGVGRHMYTDYEIVCRTNIPAFKLRQSSVRRRYSDFEYFRDILERESARVTIPPLPGKVFTNRFSDEVIENRRAGLEKFLKIVVGHPLLQTGSKVLAAFVQ

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
分子量 formula_weight	34308.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,F

FSTPVDIDIVLADADKRAMVDVKLDKNRREKVPLYMDGESVKGCVTVRPKDGKRLEHTGIKVQFIGTIEMFFDRGNHYEFLSLVQELAAPGELQHPQTFDFNFKNVEKQYESYNGINVKLRYFVRVTVSRRMADVIREKDIWVYSYRIPPELNSSIKMDVGIEDCLHIEFEYSKSKYHLKDVIVGRIYFLLVRLKIKHMELSIIRRETTGVAPNQYNESETLVRFEIMDGSPSRGETIPIRLFLGGFDLTPTFRDVNKKFSTRYYLSLVLIDEDARRYFKQSEIILYRQPPE

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo.
分子量 formula_weight	1221.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,U

QPELYLLNTM

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE
分子量 formula_weight	554.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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分辨率 resolution	9.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	49886

Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sorting nexin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7blq__assembly_1__model_1

7blq__assembly_1__model_1 | I(q)

7blq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sorting nexin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7blq__assembly_1__model_1

7blq__assembly_1__model_1 | I(q)

7blq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)