SAXSdb — 7bqz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindlin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	H3(K4me3-K9me3) peptide × 1 （Q71DI3）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	H3(K4me3-K9me3) peptide × 1 （Q71DI3）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	H3(K4me3-K9me3) peptide × 1 （Q71DI3）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	H3(K4me3-K9me3) peptide × 1 （Q71DI3）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–220； UniProt 45–262 作者链 C； PDB构建体 3–220； UniProt 45–262 作者链 E； PDB构建体 3–220； UniProt 45–262 作者链 G； PDB构建体 3–220； UniProt 45–262

H3(K4me3-K9me3) peptide

物种未注明

UniProt Q71DI3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Spindlin-1 × 1 （Q9Y657）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Spindlin-1 × 1 （Q9Y657）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Spindlin-1 × 1 （Q9Y657）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Spindlin-1 × 1 （Q9Y657）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16 作者链 D； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16 作者链 F； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16 作者链 H； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bqz
沉积日期 deposition_date	2020-03-26
结构标题 title	Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide
关键词 keywords	Spin/Ssty repeat, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bqz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bqz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bqz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.83 Å
Rg（电子密度）	18.32 Å
总 Rg	19.40 Å
原子数	1825
残基数	226
排除体积	32404 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bqz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7bqz__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7bqz__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7bqz__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spindlin-1
分子量 formula_weight	25058.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	7064

GSPVSQPRRNIVGCRIQHGWKEGNGPVTQWKGTVLDQVPVNPSLYLIKYDGFDCVYGLELNKDERVSALEVLPDRVATSRISDAHLADTMIGKAVEHMFETEDGSKDEWRGMVLARAPVMNTWFYITYEKDPVLYMYQLLDDYKEGDLRIMPDSNDSPPAEREPGEVVDSLVGKQVEYAKEDGSKRTGMVIHQVEAKPSVYFIKFDDDFHIYVYDLVKTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H3(K4me3-K9me3) peptide
分子量 formula_weight	1650.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

ARTKQTARKSTGGKA

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晶胞边长 a length_a	40.521 Å
晶胞边长 b length_b	142.681 Å
晶胞边长 c length_c	132.295 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.101 Å
最低分辨率 resolution_low	48.390 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2639

Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindlin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H3(K4me3-K9me3) peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bqz__assembly_1__model_1

7bqz__assembly_1__model_1 | I(q)

7bqz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindlin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H3(K4me3-K9me3) peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bqz__assembly_1__model_1

7bqz__assembly_1__model_1 | I(q)

7bqz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)