7bvg

Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with di-arabinose.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbA

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB × 1 （I7GAQ2） Meromycolate extension acyl carrier protein × 1 （A0R0B3） alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose × 1 ;[(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate ; × 1 CARDIOLIPIN × 2 CALCIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0R613_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–1088； UniProt 1–1080

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt I7GAQ2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbA × 1 （A0R613） Meromycolate extension acyl carrier protein × 1 （A0R0B3） alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose × 1 ;[(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate ; × 1 CARDIOLIPIN × 2 CALCIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I7GAQ2_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1082； UniProt 1–1082

Meromycolate extension acyl carrier protein

物种未注明

UniProt A0R0B3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbA × 1 （A0R613） Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB × 1 （I7GAQ2） alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose × 1 ;[(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate ; × 1 CARDIOLIPIN × 2 CALCIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACPM_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bvg
沉积日期 deposition_date	2020-04-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with di-arabinose.
关键词 keywords	;Mycobacterium smegmatis, cell wall synthesis, drug target, ethambutol, arabinosyltransferase, EmbA, EmbB, EmbC, acyl carrier protein, arabinogalactan, lipoarabinomannan, drug resistance, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bvg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bvg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bvg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.66 Å
Rg（电子密度）	41.66 Å
总 Rg	42.13 Å
原子数	17231
残基数	2234
排除体积	310110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bvg__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbA
分子量 formula_weight	116561.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17231

DYKDDDDKMTEPSRIARLIAVVAGIAGVLLCGLVPLLPVEETTATVLWPQGVGADGNVTELTAPLVAGAPRALDVTIPCRAVAELPADGGVVFSTNPAGGIEAGRNGMFIRANADVVYVAFRDTVAAVAPREAVDSGACSEIHVWADVSAVGADFAGIPDASGTLPVDKRPQVSGVFTDLKVPAQPGLAARIDIDTRFITSPTLLKTAVMVLGLACVIGSIVALALLDRGWRRRPPRTRGRAGLWTWITDTGVIGGLLIWHIVGAPTSDDGYNMTIARVASEAGYTTNYYRYFGASEAPFDWYQSVLSHLASISTAGVWMRLPATAAAIATWLIISRCVLPRIGRRVAANRVAMLTAGATFLAAWLPFNNGLRPEPLIAFAVITVWMLVENSIGTRRLWPAAVAIVIAMFSVTLAPQGLIALAPLLVGARAIGRVVTARRAGTGILASLAPLAASVAVVFVIIFRDQTLATVAESVRIKYVVGPTIPWYQEFLRYYFLTVEDSVDGSLTRRFAVLVLLLCLFGLIMVLLRRGRVPGAVSGPLWRLCGSTAIGLLLLILTPTKWAIQFGAFAGLAGALGGVTAFAFARVGLHSRRNLALYVTALLFILAWATSGLNGWFYVGNYGVPWFDKQPVIAHYPVTTIFLVLAIVGGLLAGWLHFRMDYAGHTEVADTGRNRALASTPLLIVATIMVVLELGSMVKATVGRYPVYTVGSANIAALRSAGDSCAMADAVLVEADPNEGMLQPVPGQRFGEYGPLGGEDPVGFTPNGVSDTLEPAEPVAANPGTPNSDGPVDKPNIGIGYAAGTGGGYGPEGVNGSRVFLPFGLDPSRTPVMGSYGENKLAAKATSAWYQLPPRTPDRPLVTVAAAGAIWYYEEDGSFNYGQSLKLQWGVHRPDGTYQALSEVQPIDIFQQKAWRNLRFPLAWAPPEANVARIVADDPNLSEDQWFAFTPPRVPVLQTAQQFLGSQTPVLMDIATAANFPCQRPFAERLGVAELPEYRIIPNFKQMVVSSNQWQSAADGGPFLFIQALLRTEAIPTYLRDDWYRDWGSIERYIRVVPQEQAPTAAIEEGSTRVFGWSRGGPIRALP

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
分子量 formula_weight	119077.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSGNMDEAVSGNMDEAVSAGKDVRIARWVATIAGLLGFVLSVSIPLLPVTQTTATLNWPQQGRLDNVTAPLISQAPLELTATVPCSVVRDLPPEGGLVFGTAPAEGRDAALNAMLVNVTETRVDVIVRNVVVASVNRDRVAGPDCQRIEITSNLDGTYADFVGLTQISGEDAGKLQRTGYPDPNLRPAIVGVFTDLTGPAPQGLSVSAEIDTRFTTHPTALKLAAMLLAIVSTVIALLALWRLDRLDGRRMHRLIPTRWRTVTAVDGVVVGGMAIWYVIGANSSDDGYILQMARTAEHAGYMANYFRWFGSPEDPFGWYYNVLALMTKVSDASIWIRLPDLICALICWLLLSREVLPRLGPAVAGSRAAMWAAGLVLLGAWMPFNNGLRPEGQIATGALITYVLIERAVTSGRLTPAALAITTAAFTLGIQPTGLIAVAALLAGGRPILRIVMRRRRLVGTWPLIAPLLAAGTVILAVVFADQTIATVLEATRIRTAIGPSQEWWTENLRYYYLILPTTDGAISRRVAFVFTAMCLFPSLFMMLRRKHIAGVARGPAWRLMGIIFATMFFLMFTPTKWIHHFGLFAAVGGAMAALATVLVSPTVLRSARNRMAFLSLVLFVLAFCFASTNGWWYVSNFGAPFNNSVPKVGGVQISAIFFALSAIAALWAFWLHLTRRTESRVVDRLTAAPIPVAAGFMVVVMMASMAIGVVRQYPTYSNGWANIRAFAGGCGLADDVLVEPDSNAGFLTPLPGAYGPLGPLGGEDPQGFSPDGVPDRIIAEAIRLNNPQPGTDYDWNRPIKLDEPGINGSTVPLPYGLDPKRVPVAGTYSTEAQQESRLSSAWYELPARDETERAAHPLVVITAAGTITGESVANGLTTGQTVDLEYATRGPDGTLVPAGRVTPYDVGPTPSWRNLRYPRSEIPDDAVAVRVVAEDLSLSQGDWIAVTPPRVPELQSVQEYVGSDQPVLMDWAVGLAFPCQQPMLHANGVTEVPKFRISPDYYAKLQSTDTWQDGINGGLLGITDLLLRASVMSTYLSQDWGQDWGSLRKFDTVVEATPAELDFGSQTHSGLYSPGPLRIRPHLGGIKAFHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Meromycolate extension acyl carrier protein
分子量 formula_weight	10743.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAATQEEIIAGLAEIIEEVTGIEPSEVTPEKSFVDDLDIDSLSMVEIAVQTEDKYGVKIPDEDLAGLRTVGDVVAYIQKLEEENPEAAAALREKFAADQ

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose
分子量 formula_weight	282.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;[(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	911.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	4'-PHOSPHOPANTETHEINE
分子量 formula_weight	358.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d7bvgp_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7bvgB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — arabinofuranosyltransferase like domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	209894

Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with di-arabinose.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Meromycolate extension acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bvg__assembly_1__model_1

7bvg__assembly_1__model_1 | I(q)

7bvg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with di-arabinose.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Meromycolate extension acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bvg__assembly_1__model_1

7bvg__assembly_1__model_1 | I(q)

7bvg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)