SAXSdb — 9mvz

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mvz
沉积日期 deposition_date	2025-01-16
结构标题 title	Tripartite complex of MmpL5-S5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
关键词 keywords	MmpL5, MmpS5, AcpM, membrane protein, Tripartite complex; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.56 Å
零角强度 I(0) i0	1956730000.00
分子量 molecular_weight	376440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	473760 Å³
包络体积 envelope_volume	669580 Å³
水化壳体积 shell_volume	98916 Å³
包络直径 envelope_diameter	251.9 Å
壳层 Rg shell_rg	55.55 Å
包络 Rg envelope_rg	64.35 Å
形状 Rg shape_rg	63.53 Å
总 Rg total_rg	63.43 Å
总原子数 total_atoms	26415
残基数 n_residues	3468
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.0 Å
Rg (实空间) rg_real	63.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1948000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7914
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.927
峰度 Kurtosis kurtosis	0.678
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0138
最高正则化参数 α highest_alpha	75420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.513; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.772

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	MmpL5 protein
分子量 formula_weight	105598.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F
原子数 atom_count	26415

MSAPTDDTPTDAIAAPRHSAPPRPRLPWFLRTFAVPIILAWVAVVAILNTVVPTLDEVGEMRAVSMAPNDAPSTLAIKRVGQVFEEYDTSSSVMIVLEGEEPLGIEAHAFYDKMVADLRADTEHVQHVQDFWGDTLTASGAQSVDGKAAYVQVYIAGDQGESLANESVEAVRKIATERETPSGVKAYVTGAAATSADQRAEGDASMKLIEGVTFAVITVMLLAVYRSVITTLIVLAMVVLGLSGARGIVAFLGFYNVFGLTTFATNMVVTLAIAAATDYAIFLIGRYQEARRAGEDRESAYYTMFHGTAHVVLASGLTIAGATLCLHFTRLPYFQTMGVPLAIGMLIVVAAALTAGPAVISVVSRFGKTLEPKRFSRSPGWHRVGTATVRWPGAILVCAVVAALIGLLALPGYYTTYDDRRYLPDDVPANVGYDAAFRHFSQAKMNPDLMMVETDRDLRNPADFLVIDKIAKALKNVHGIAQVQTITRPDGDPIEHSTIPYTIGQSGTTQIMNNDYMQTNLDNLLKQADDLQTSIDSMTEMMNIQTELAAVSQSMADKMAQTSDDTADVRDHLADFDDFFRPIRNYLYWEPHCYDIPMCWSMRSIFESIDGINTMSDDFQELVPEMRRMADLMPRMVAVMPAQIQSMKNQKQTLLNQYQVQKAQQDQNMAMQENATAMSQAFDAAKNDDSFYLPPEAFETDDFQRGMKLFMSPDGHAVRFTIIHQGDPLTEEGTARMDELKVAAADAIKGTPFEGARIYLGGSAATYNDMQIGADYDLIIVAASALILIFIIMMVLTRAVVAAAVIVGTVVLSLASAFGLSVLLWQHIVGIPLHWMVLPMSVIVLLAVGADYNLLLVSRMKEEIHAGIRTGIIRAMVGTGAVVTAAGLVFAFTMASMAVSSLITIGQVGTTIGLGLLFDTLVVRSLMTPSIATLLGRWFWWPQRVRERPVPSKWPTPIQRTPEEALS

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1772
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 2 polymer

描述 description	Meromycolate extension acyl carrier protein
分子量 formula_weight	10743.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

MAATQEEIIAGLAEIIEEVTGIEPSEVTPEKSFVDDLDIDSLSMVEIAVQTEDKYGVKIPDEDLAGLRTVGDVVAYIQKLEEENPEAAAALREKFAADQ

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1772
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 3 polymer

描述 description	MmpS5 protein
分子量 formula_weight	14905.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,B

MLGRIWLPVLIVVAVAAGALIVMNVRTVFGSNPVVVTEKTSDNAEDFNPKVVTYEIFGSGSSAVINYMDLEGMPQRVESTPLPWSLTLQTTLPSVMPHIMAQGDGDSITCRVTVDDVVKEERTATGMNAETFCYVKAA

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1772
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 4 non-polymer

描述 description	4'-PHOSPHOPANTETHEINE
分子量 formula_weight	358.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.81 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	31880

fit	/app/data/saxs_computation/mv/9mvz/9mvz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mv/9mvz/9mvz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mv/9mvz/9mvz.dat

Tripartite complex of MmpL5-S5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)