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7BVC
Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with ethambutol
提交 2020-04-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 P
1–99(99 aa)
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未记录
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CDL CARDIOLIPIN × 2
F8L [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate × 1
CA CALCIUM ION × 2
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
95E Ethambutol × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.90 Å
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7BVE
Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 in complex with ethambutol
提交 2020-04-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 C
1–99(99 aa)
链 D
1–99(99 aa)
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未记录
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CA CALCIUM ION × 2
PO4 PHOSPHATE ION × 2
95E Ethambutol × 2
PN7 N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide × 2
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.81 Å
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7BVF
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with ethambutol
提交 2020-04-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 P
1–99(99 aa)
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未记录
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CA CALCIUM ION × 1
95E Ethambutol × 1
DSL MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE × 1
CDL CARDIOLIPIN × 2
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.97 Å
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7BVG
Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with di-arabinose.
提交 2020-04-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 P
1–99(99 aa)
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未记录
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F8L [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate × 1
CDL CARDIOLIPIN × 2
CA CALCIUM ION × 2
PO4 PHOSPHATE ION × 1
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.10 Å
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7BVH
Crystal structure of arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 complex from Mycobacterium smegmatis complexed with di-arabinose
提交 2020-04-10
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 C
1–99(99 aa)
链 D
1–99(99 aa)
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未记录
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CA CALCIUM ION × 2
PO4 PHOSPHATE ION × 2
BXY alpha-D-arabinofuranose × 4
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;289 K;50mM HEPES (pH 6.8~7.5), 100mM NaCl, 5-10% (v/v) polyethylene glycol 4000, 20-30% (v/v) polyethylene glycol 200
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分辨率 3.30 Å
R-free 0.265
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7BWR
Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase complex EmbB2-AcpM2 in substrate DPA bound asymmetric "active state"
提交 2020-04-15
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 C
1–99(99 aa)
链 D
1–99(99 aa)
|
未记录
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CA CALCIUM ION × 1
F8L [(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å
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7BX8
Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase complex EmbB2-AcpM2 in symmetric "resting state"
提交 2020-04-17
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 C
1–99(99 aa)
链 D
1–99(99 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.60 Å
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8ZKP
Cryo-EM structure of the efflux transporter MmpL5/MmpS5 from Mycobacterium tuberculosis, C3 symmetry
提交 2024-05-17
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配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:nonameric
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链 D
1–99(99 aa)
链 H
1–99(99 aa)
链 I
1–99(99 aa)
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未记录
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CDL CARDIOLIPIN × 6
PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 6
PN7 N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide × 3
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.64 Å
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8ZKQ
Cryo-EM structure of the efflux transporter MmpL5/MmpS5 from Mycobacterium tuberculosis, C1 symmetry
提交 2024-05-17
|
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:nonameric
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链 D
1–99(99 aa)
链 H
1–99(99 aa)
链 I
1–99(99 aa)
|
未记录
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CDL CARDIOLIPIN × 6
PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 6
PN7 N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide × 3
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.84 Å
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9DP6
Mycolicibacterium smegmatis MmpL5-AcpM structure
提交 2024-09-20
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 B
1–99(99 aa)
|
未记录
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PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å
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9MW0
Bipartite complex of MmpL5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
提交 2025-01-16
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聚集状态不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
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链 G
1–99(99 aa)
链 H
1–99(99 aa)
链 I
1–99(99 aa)
|
未记录
|
PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 3
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å
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9MX0
Cluster of bipartite complex of MmpL5-AcpM from Mycolicibacterium smegmatis
提交 2025-01-17
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 24
PDB 声明:24-meric
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链 B
1–99(99 aa)
链 C
1–99(99 aa)
链 E
1–99(99 aa)
链 G
1–99(99 aa)
链 I
1–99(99 aa)
链 K
1–99(99 aa)
链 M
1–99(99 aa)
链 N
1–99(99 aa)
链 O
1–99(99 aa)
链 S
1–99(99 aa)
链 T
1–99(99 aa)
链 U
1–99(99 aa)
|
未记录
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PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 8
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å
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9RFU
M.tuberculosis MmpS5L5-acpM complex
提交 2025-06-05
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构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:nonameric
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链 G
3–80(78 aa)
链 H
3–80(78 aa)
链 I
3–80(78 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
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L9Q (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.004% LMNG
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.30 Å
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9RGB
M.tuberculosis MmpS5L5-acpM complex
提交 2025-06-06
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突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:nonameric
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链 G
1–99(99 aa)
链 H
1–99(99 aa)
链 I
1–99(99 aa)
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非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
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L9Q (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;50 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.004% LMNG
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å
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9S2U
1:1 complex of M.tuberculosis MmpL5 and M.smegmatis AcpM
提交 2025-07-22
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 I
3–80(78 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;50 mM HEPES pH8.0, 150 mM NaCl, 0.004% LMNG, 50 uM Bedaquiline
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å
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9U4T
Cryo-EM map of MSMEG_3496 in complex with AcpM, size exclusion chromatography peak1
提交 2025-03-20
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 B
1–99(99 aa)
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非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å
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9U4V
Cryo-EM map of MSMEG_3496 in complex with AcpM, size exclusion chromatography peak2
提交 2025-03-20
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
1–99(99 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.09 Å
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9U51
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis MmpL5 in complex with AcpM
提交 2025-03-20
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
1–99(99 aa)
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非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å
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