SAXSdb — 7bvh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 8	Meromycolate extension acyl carrier protein × 2 （A0R0B3） alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose × 2 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 6 CALCIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 2 alpha-D-arabinofuranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I7FMU5_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–1087； UniProt 1–1074 作者链 B； PDB构建体 14–1087； UniProt 1–1074

Meromycolate extension acyl carrier protein

物种未注明

UniProt A0R0B3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 8	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC × 2 （I7FMU5） alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose × 2 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 6 CALCIUM ION × 2 PHOSPHATE ION × 2 alpha-D-arabinofuranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACPM_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bvh
沉积日期 deposition_date	2020-04-10
结构标题 title	Crystal structure of arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 complex from Mycobacterium smegmatis complexed with di-arabinose
关键词 keywords	cell wall synthesis, arabinosyltransferase, drug target, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bvh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bvh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bvh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.42 Å
Rg（电子密度）	42.45 Å
总 Rg	42.89 Å
原子数	17316
残基数	2238
排除体积	310250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bvh__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC
分子量 formula_weight	119999.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	17316

MPEVVGSYFQSNAMTGPHAAGGSNHRTARLVAIIAGLLGTLMAIATPLLPVEQTTAELNWPQNGVWQSVDAPLIGYVATDLTVTVPCQAAAGLVGPENRNRSVLLSTVPKQAPKAIDRGLLIERINNDLTVIVRNTPVVSAPLEQVLSPDCRYLTFTAHADKVTGEFVGLTQGPDDDDPGEAVRGERSGYDFRPQIVGVFTDLSGPAPEGLQLSATIDTRYSTSPTLLKLLAMIVGVAMTVIALGALHVLDCADGRRHKRFLPSRWWSMTPLDGLVSAMLVWWHFVGANTADDGYILTMARVSEHAGYMANYYRWFGTPESPFGWYYDLLALWAHVSTASVWMRFPTLLMGLACWWVISREVIPRLGAAAKHSRAAAWTAAGLFLAFWLPLNNGLRPEPIIALGILLTWCSVERGVATSRLLPVAVAIIIGALTLFSGPTGIAAVGALLVAIGPLKTIVAAHVSRFGYWALLAPIAAAGTVTIFLIFRDQTLAAELQASSFKSAVGPSLAWFDEHIRYSRLFTTSPDGSVARRFAVLTLLLALAVSIAMTLRKGRIPGTALGPSRRIIGITIISFLAMMFTPTKWTHHFGVFAGLAGCLGALAAVAVTTTAMKSRRNRTVFGAAVLFVTALSFATVNGWWYVSNFGVPWSNSFPEFKFGFTTMLLGLSVLALLVAAWFHFSGRDVSPDRPQRRWQRLLVAPLAVATWALVIFEVVSLTLGMINQYPAWSVGRSNLNALTGKTCGLANDVLVEQNANAGMLTPIGEPAGQALGAVTSLGFGPNGIPSDVSADPVMEQPGTDNFADSDSGVVTGTEVGTEGGTTAAAGINGSRARLPYGLNPATTPVLGSWRSGTQQPAVLRSAWYRLPDRDQAGPLLVVSAAGRFDQGEVEVQWATDEQAAANEPGGSITFGDVGAAPAWRNLRAPLSSIPPEATQIRLVASDDDLAPQHWIALTPPRIPELRTLQEVVGSSDPVMLDWLVGLAFPCQRPFDHRYGVVEVPKWRILPDRFGAEANSPVMDYLGGGPLGITELLLRPSSVPTYLKDDWYRDWGSLQRLTPWYPDAQPARLDLGTATRSGWWSPAPLRLSHLGGIKAFLEVLFQGPHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Meromycolate extension acyl carrier protein
分子量 formula_weight	10743.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAATQEEIIAGLAEIIEEVTGIEPSEVTPEKSFVDDLDIDSLSMVEIAVQTEDKYGVKIPDEDLAGLRTVGDVVAYIQKLEEENPEAAAALREKFAADQ

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-arabinofuranose-(1-5)-alpha-D-arabinofuranose
分子量 formula_weight	282.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	alpha-D-arabinofuranose
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7bvhA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — arabinofuranosyltransferase like domain

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晶胞边长 a length_a	121.080 Å
晶胞边长 b length_b	176.330 Å
晶胞边长 c length_c	207.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	49.670 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2650

Crystal structure of arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 complex from Mycobacterium smegmatis complexed with di-arabinose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Meromycolate extension acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bvh__assembly_1__model_1

7bvh__assembly_1__model_1 | I(q)

7bvh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 complex from Mycobacterium smegmatis complexed with di-arabinose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Meromycolate extension acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bvh__assembly_1__model_1

7bvh__assembly_1__model_1 | I(q)

7bvh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)