7c0j

Crystal structure of chimeric mutant of GH5 in complex with Z-DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 52.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H5,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 25–64 链 A； UniProt 76–88 链 A； UniProt 92–93 链 A； UniProt 95–98 链 B； UniProt 25–64 链 B； UniProt 76–88 链 B； UniProt 92–93 链 B； UniProt 95–98	突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A	;DNA (5'-D(TPCPGPCPGPCP*G)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES pH 6.0, PEG 4000, ethylene glycol	分辨率 2.75 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7C0J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HST CRYSTAL STRUCTURE OF GLOBULAR DOMAIN OF HISTONE H5 AND ITS IMPLICATIONS FOR NUCLEOSOME BINDING 提交 1993-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–108（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1HST CRYSTAL STRUCTURE OF GLOBULAR DOMAIN OF HISTONE H5 AND ITS IMPLICATIONS FOR NUCLEOSOME BINDING 提交 1993-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–108（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 U 23–99（77 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 U 23–98（76 aa）片段：UNP residues 23-98	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 V 23–98（76 aa）片段：UNP residues 23-98	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
7XVM Crystal Structure of Nucleosome-H5 Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment) 提交 2022-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric	链 U 2–190（189 aa）链 V 2–190（189 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 18 CL CHLORIDE ION × 3 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45mM CaCl2, 25mM KCl, 10mM Na-acetate (pH 4.5)	分辨率 2.84 Å R-free 0.259
8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric	链 Ah 1–190（190 aa）链 Ai 1–190（190 aa）链 Aj 1–190（190 aa）链 Ak 1–190（190 aa）链 Al 1–190（190 aa）链 Am 1–190（190 aa）链 An 1–190（190 aa）链 Ao 1–190（190 aa）链 Ap 1–190（190 aa）链 Aq 1–190（190 aa）链 Ar 1–190（190 aa）链 As 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H5_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–45； UniProt 25–64 作者链 A； PDB构建体 56–68； UniProt 76–88 作者链 A； PDB构建体 70–71； UniProt 92–93 作者链 A； PDB构建体 73–76； UniProt 95–98 作者链 B； PDB构建体 6–45； UniProt 25–64 作者链 B； PDB构建体 56–68； UniProt 76–88 作者链 B； PDB构建体 70–71； UniProt 92–93 作者链 B； PDB构建体 73–76； UniProt 95–98

Histone H5,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

Gallus gallus

UniProt P55265

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 169–178 链 A； UniProt 192–192 链 A； UniProt 195–195 链 B； UniProt 169–178 链 B； UniProt 192–192 链 B； UniProt 195–195	突变：K41G,S42E,R43G,K53A,R95A	;DNA (5'-D(TPCPGPCPGPCP*G)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；MES pH 6.0, PEG 4000, ethylene glycol	分辨率 2.75 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7C0J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QBJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZALPHA Z-DNA COMPLEX 提交 1999-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA 链 B 133–209（77 aa）片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER 1.6 M (NH4)2SO4, 10 % GLYCEROL AT 24 DEGREES CELSIUS, pH 5.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1QBJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZALPHA Z-DNA COMPLEX 提交 1999-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-TERMINAL HELIX-TURN-HELIX DOMAIN ZALPHA	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER 1.6 M (NH4)2SO4, 10 % GLYCEROL AT 24 DEGREES CELSIUS, pH 5.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1QGP NMR STRUCTURE OF THE Z-ALPHA DOMAIN OF ADAR1, 15 STRUCTURES 提交 1999-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–201（77 aa）片段：Z-ALPHA DOMAIN	突变：C125S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.137 M NACL；压力 1 NMR样品组成 NA-PHOSPHATE	分辨率未提供
1XMK The Crystal structure of the Zb domain from the RNA editing enzyme ADAR1 提交 2004-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 294–366（73 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；312 K；PEG1000, Cadmium Chloride, Nickel Chloride, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 312K, pH 9.00	分辨率 0.97 Å R-free 0.183
2ACJ Crystal structure of the B/Z junction containing DNA bound to Z-DNA binding proteins 提交 2005-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1 链 B 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1 链 C 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1 链 D 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain, ADAR1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；22-23% MPD, 55-60mM sodium acetate, 15-16mM calsium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
2GXB Crystal Structure of The Za Domain bound to Z-RNA 提交 2006-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 140–202（63 aa）片段：Za Domain 链 B 140–202（63 aa）片段：Za Domain	未记录	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；292 K；40% PEG600, 100mM Sodium Acetate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
2L54 Solution structure of the Zalpha domain mutant of ADAR1 (N43A,Y47A) 提交 2010-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 136–198（63 aa）片段：DRADA 1 domain, UNP residues 136-198	突变：N43A, Y47A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate-1, 50 mM sodium chloride-2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MDR Solution structure of the third double-stranded RNA-binding domain (dsRBD3) of human adenosine-deaminase ADAR1 提交 2013-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 708–801（94 aa）片段：UNP residues 708-801	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；313 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.7-0.9 mM [U-99% 15N] dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7-0.9 mM dsRBD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3F21 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CACGTG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209 链 B 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.279
3F21 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CACGTG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.279
3F22 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGTACG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209 链 B 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
3F22 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGTACG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
3F23 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209 链 B 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3F23 Crystal structure of Zalpha in complex with d(CGGCCG) 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 133–209（77 aa）片段：N-terminal zalpha Domain, UNP residues 133-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2.2M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3IRQ Crystal structure of a Z-Z junction 提交 2009-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 B 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 C 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 D 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；17% PEG 2000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3IRR Crystal Structure of a Z-Z junction (with HEPES intercalating) 提交 2009-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 B 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 C 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain 链 D 140–202（63 aa）片段：Zalpha domain	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；16% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES, 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.283
5ZU1 Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–198（59 aa）链 B 140–198（59 aa）链 C 140–198（59 aa）链 D 140–198（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4.5；296 K；25% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100mM NaOAC, pH 4.5	分辨率 3.01 Å R-free 0.280
5ZUO Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）链 B 140–202（63 aa）链 C 140–202（63 aa）链 D 140–202（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；296 K；20% dioxane, with microseeding of small crystals	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
5ZUP Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence 提交 2018-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 140–202（63 aa）链 B 140–202（63 aa）链 C 140–202（63 aa）链 D 140–202（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；296 K；25% ethylene glycol, with microseeding of small crystal	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
7C0I Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 169–184（16 aa）链 A 192–193（2 aa）链 A 195–195（1 aa）链 B 169–184（16 aa）链 B 192–193（2 aa）链 B 195–195（1 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；Sodium citrate pH 4.0, Ammonium sulfate, ethylene glycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.227
7C0I Crystal structure of chimeric mutant of E3L in complex with Z-DNA 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 169–184（16 aa）链 C 192–193（2 aa）链 C 195–195（1 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；Sodium citrate pH 4.0, Ammonium sulfate, ethylene glycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.227
7ZJ1 Crystal structure of ADAR1-dsRBD3 dimer 提交 2022-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 716–797（82 aa）链 B 716–797（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；100 mM sodium citrate pH 4.0, 20% (w/v) PEG 6000, and 1.0 M LiCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.225
7ZLQ Crystal structure of ADAR1-dsRBD3 dimer in complex with dsRNA 提交 2022-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 716–797（82 aa）链 B 716–797（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；50 mM sodium cacodylate, 5% (w/v) PEG 4000, 30 mM CaCl2, 230 mM KCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
8GBC Homo sapiens Zalpha mutant - N173S 提交 2023-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–202（63 aa）	突变：N173S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；277 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 2 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
8GBD Homo sapiens Zalpha mutant - P193A 提交 2023-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–202（63 aa）	突变：P193A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；277 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 2 mM [U-13C; U-15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
9B83 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from human GLI1 gene 提交 2024-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 127–1226（1100 aa）链 B 127–1226（1100 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9B84 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene 提交 2024-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 127–1226（1100 aa）链 B 127–1226（1100 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9B89 Cryo-EM structure of human ADAR1 in complex with dsRNA derived from HT2C gene in the pre-editing state 提交 2024-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 127–1226（1100 aa）链 B 127–1226（1100 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.87 Å

共 23 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSRAD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 46–55； UniProt 169–178 作者链 A； PDB构建体 69–69； UniProt 192–192 作者链 A； PDB构建体 72–72； UniProt 195–195 作者链 B； PDB构建体 46–55； UniProt 169–178 作者链 B； PDB构建体 69–69； UniProt 192–192 作者链 B； PDB构建体 72–72； UniProt 195–195

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7c0j
沉积日期 deposition_date	2020-05-01
结构标题 title	Crystal structure of chimeric mutant of GH5 in complex with Z-DNA
关键词 keywords	GH5, Protein-DNA complex, protein engineering, Z-DNA binding protein, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.01 Å
零角强度 I(0) i0	6683840.00
分子量 molecular_weight	16810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20104 Å³
包络体积 envelope_volume	25142 Å³
水化壳体积 shell_volume	12352 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.88 Å
包络 Rg envelope_rg	19.27 Å
形状 Rg shape_rg	19.06 Å
总 Rg total_rg	19.46 Å
总原子数 total_atoms	1169
残基数 n_residues	133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4400e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3970e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6684000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6678
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	17.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.521
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.244
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.5730
最高正则化参数 α highest_alpha	1196000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 0.987; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H5,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
分子量 formula_weight	8109.3 kDa
突变 mutation	K41G,S42E,R43G,K53A,R95A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1179

GSHMASHPTYSEMIAAAIRAEGEGGGSSRQSIQAYIKSHYKVGHNKKEINRVLYSLLAAGVLKQTKGVPGSWALAK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPGPCPGPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	2114.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E

TCGCGCG

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.135 Å
晶胞边长 b length_b	47.305 Å
晶胞边长 c length_c	57.118 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	28.876 Å
R 因子 r_factor	0.2243
R_work r_work	0.2229
R_free r_free	0.2482

fit	/app/data/saxs_computation/c0/7c0j/7c0j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c0/7c0j/7c0j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c0/7c0j/7c0j.dat

Crystal structure of chimeric mutant of GH5 in complex with Z-DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H5,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H5,Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)