7c52

Co-crystal structure of a photosynthetic LH1-RC in complex with electron donor HiPIP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） High-potential iron-sulfur protein × 1 （P80176） HEME C × 4 CALCIUM ION × 17 GLYCEROL × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 5 SULFATE ION × 1 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 10 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 10 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYCR_THETI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–311； UniProt 23–333

Photosynthetic reaction center L subunit

物种未注明

UniProt D2Z0P3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） High-potential iron-sulfur protein × 1 （P80176） HEME C × 4 CALCIUM ION × 17 GLYCEROL × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 5 SULFATE ION × 1 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 10 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 10 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P3_THETI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281

Photosynthetic reaction center M subunit

物种未注明

UniProt A8ASG6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） High-potential iron-sulfur protein × 1 （P80176） HEME C × 4 CALCIUM ION × 17 GLYCEROL × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 5 SULFATE ION × 1 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 10 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 10 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A8ASG6_THETI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–325； UniProt 1–325

Photosynthetic reaction center H subunit

物种未注明

UniProt D2Z0P9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） High-potential iron-sulfur protein × 1 （P80176） HEME C × 4 CALCIUM ION × 17 GLYCEROL × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 5 SULFATE ION × 1 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 10 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 10 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P9_THETI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259

LH1 alpha polypeptide

物种未注明

UniProt D2Z0P2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） High-potential iron-sulfur protein × 1 （P80176） HEME C × 4 CALCIUM ION × 17 GLYCEROL × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 5 SULFATE ION × 1 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 10 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 10 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P2_THETI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 3； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 5； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 7； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 9； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 A； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 D； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 F； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 I； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 K； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 O； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Q； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 S； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 U； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 W； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Y； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

LH1 beta polypeptide

物种未注明

UniProt D2Z0P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） High-potential iron-sulfur protein × 1 （P80176） HEME C × 4 CALCIUM ION × 17 GLYCEROL × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 5 SULFATE ION × 1 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 10 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 10 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P1_THETI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 2； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 4； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 6； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 8； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 B； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 E； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 G； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 J； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 N； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 P； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 R； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 T； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 V； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 X； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 Z； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47

High-potential iron-sulfur protein

物种未注明

UniProt P80176

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） HEME C × 4 CALCIUM ION × 17 GLYCEROL × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 5 SULFATE ION × 1 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 10 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 10 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	HIP_THETI
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7c52
沉积日期 deposition_date	2020-05-18
结构标题 title	Co-crystal structure of a photosynthetic LH1-RC in complex with electron donor HiPIP
关键词 keywords	LH1-RC, HiPIP, purple bacteria, electron transfer, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7c52__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7c52__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7c52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.72 Å
Rg（电子密度）	44.49 Å
总 Rg	45.02 Å
原子数	27348
残基数	2809
排除体积	510850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7c52__assembly_1__model_1`	37-meric （37）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (23)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	34409.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	27405

CEGPPPGTEQIGYRGVGMENYYNKRQRALSIQANQPVESLPAADSTGPKASEVYQNVQVLKDLSVGEFTRTMVAVTTWVSPKEGCNYCHVPGNWASDDIYTKVVSRRMFELVRAANSDWKAHVAETGVTCYTCHRGNPVPKYAWVTDPGPKYPSGLKPTGQNYGSKTVAYASLPFDPLTPFLDQANEIRITGNAALAGSNPASLKQAEWTFGLMMNISDSLGVGCTFCHNTRAFNDWTQSTPKRTTAWYAIRHVRDINQNYIWPLNDVLPASRKGPYGDPLRVSCMTCHQAVNKPLYGAQMAKDYPGLYKT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center L subunit
分子量 formula_weight	31520.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAMLSFEKKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVVGFCFTLLGVLLIVWGATIGPTGPTSDLQTYNLWRISIAPPDLSYGLRMAPLTEGGLWQIITICAAGAFISWALREVEICRKLGIGFHVPFAFSFAIGAYLVLVFVRPLLMGAWGHGFPYGILSHLDWVSNVGYQFLHFHYNPAHMLAISFFFTNCLALSMHGSLILSVTNPQKGEPVKTSEHENTFFRDIVGYSIGALAIHRLGLFLALSAAFWSAVCILISGPFWTRGWPEWWNWWLELPLW

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center M subunit
分子量 formula_weight	36605.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MPEYQNIFTAVQVRAPAYPGVPLPKGNLPRIGRPIFSYWLGKIGDAQIGPIYLGLTGTLSIFFGLVAISIIGFNMLASVHWDVFQFLKHFFWLGLEPPPPQYGLRIPPLSEGGWWLMAGLFLTLSILLWWVRTYKRAEALGMSQHLSWAFAAAIFFYLVLGFIRPVMMGSWAKAVPFGIFPHLDWTAAFSIRYGNLYYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILSVSRFGGDREIDQITHRGTAAERAALFWRWTMGFNVTMESIHRWAWWCAVLTVITAGIGILLSGTVVDNWYLWAVKHGMAPAYPEVVTAVNPYETAAEVMQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center H subunit
分子量 formula_weight	28213.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSAGITHYIDAAQITIWAFWLFFFGLIIYLRREDKREGYPLDSDRTERSGGRVKVVGFPDLPDPKTFVLPHNGGTVVAPRVEAPVAVNATPFSPAPGSPLVPNGDPMLSGFGPAASPDRPKHCDLTFEGLPKIVPMRVAKEFSIAEGDPDPRGMTVVGLDGEVAGTVSDVWVDRSEPQIRYLEVEVAANKKKVLLPIGFSRFDKKARKVKVDAIKAAHFANVPTLSNPDQVTLYEEDKVCAYYAGGKLYATAERAGPLL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	LH1 alpha polypeptide
分子量 formula_weight	7034.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,Y,1,3,5,7,9

MFTMNANLYKIWLILDPRRVLVSIVAFQIVLGLLIHMIVLSTDLNWLDDNIPVSYQALGKK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	LH1 beta polypeptide
分子量 formula_weight	5534.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,J,N,P,R,T,V,X,Z,2,4,6,8,0

MAEQKSLTGLTDDEAKEFHAIFMQSMYAWFGLVVIAHLLAWLYRPWL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	High-potential iron-sulfur protein
分子量 formula_weight	8793.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

AAPANAVTADDPTAIALKYNQDATKSERVAAARPGLPPEEQHCANCQFMQANVGEGDWKGCQLFPGKLINVNGWCASWTLKAG

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE 8
分子量 formula_weight	717.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 45 domains

SCOP 2.08 (36 domains)

结构域编号 domain_id	d7c520_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c521_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c522_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c523_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c524_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c525_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c526_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c527_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c528_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c529_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.35 — HIPIP (high potential iron protein)
超家族 Superfamily superfamily	g.35.1 — HIPIP (high potential iron protein)
家族 Family family	g.35.1.1 — HIPIP (high potential iron protein)

结构域编号 domain_id	d7c52c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.2 — Photosynthetic reaction centre (cytochrome subunit)

结构域编号 domain_id	d7c52d_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52e_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52f_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52g_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52h1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.10 — Photosystem II reaction centre subunit H, transmembrane region
家族 Family family	f.23.10.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.41 — PRC-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.41.1 — PRC-barrel domain
家族 Family family	b.41.1.1 — Photosynthetic reaction centre, H-chain, cytoplasmic domain

结构域编号 domain_id	d7c52i_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52j_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52k_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52m_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family family	f.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

结构域编号 domain_id	d7c52n_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52o_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52p_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52q_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52r_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52s_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52t_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52u_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52v_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52w_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52x_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52y_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7c52z_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	7c52101
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7c52501
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7c52D01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7c52H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2

结构域编号 domain_id	7c52I01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7c52K01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7c52O01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7c52U01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7c52W01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

▶

晶胞边长 a length_a	96.435 Å
晶胞边长 b length_b	183.335 Å
晶胞边长 c length_c	123.857 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	29.990 Å
R 因子 r_factor	0.2203
R_work r_work	0.2188
R_free r_free	0.2477

Co-crystal structure of a photosynthetic LH1-RC in complex with electron donor HiPIP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center L subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center M subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center H subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LH1 alpha polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LH1 beta polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

High-potential iron-sulfur protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7c52__assembly_1__model_1

7c52__assembly_1__model_1 | I(q)

7c52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (23)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer