7c7a

Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease MRP with substrate ITS1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	POP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–875； UniProt 1–875

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3

物种未注明

UniProt P53833

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	POP3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

RNases MRP/P 32.9 kDa subunit

物种未注明

UniProt P38336

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	POP4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–279； UniProt 1–279

Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

物种未注明

UniProt P28005

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	POP5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

物种未注明

UniProt P53218

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	POP6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

物种未注明

UniProt P38291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	POP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8

物种未注明

UniProt P38208

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	POP8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1

物种未注明

UniProt P38786

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293 作者链 J； PDB构建体 1–293； UniProt 1–293

Ribonuclease MRP protein subunit SNM1

物种未注明

UniProt P40993

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 × 1 （Q12530） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RMRP_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198

Ribonuclease MRP protein subunit RMP1

物种未注明

UniProt Q12530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 11 RNA 2	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1 × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 （P53833） RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 （P38336） Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 （P28005） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 （P38208） Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 （P38786） Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 × 1 （P40993） Internal Transcribed Spacer 1 × 1 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RMP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7c7a
沉积日期 deposition_date	2020-05-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease MRP with substrate ITS1
关键词 keywords	Ribonuclease MRP, RNA-protein complex, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7c7a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7c7a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7c7a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.24 Å
Rg（电子密度）	51.29 Å
总 Rg	51.30 Å
原子数	27500
残基数	2858
排除体积	466100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7c7a__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease MRP RNA subunit NME1
分子量 formula_weight	108806.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	27500

AAUCCAUGACCAAAGAAUCGUCACAAAUCGAAGCUUACAAAAUGGAGUAAAAUUUUGUUUACUCAGUAAUAUGCUUUGGGUUGAAAGUCUCCCACCAAUUCGUAUGCGGAAAACGUAAUGAGAUUUAAAAAUUUUAAAUUGUUUAAAUCAACUCAUUAAGGAGGAUGCCCUUGGGUAUUCUGCUUCUUGACCUGGUACCUCUAUUGCAGGGUACUGGUGUUUUCUUCGGUACUGGAUUCCGUUUGUAUGGAAUCUAAACCAUAGUUAUGACGAUUGCUCUUUCCCGUGCUGGAUCGAGUAACCCAAUGGAGCUUACUAUUCUUGGUCCAUGGAUUCACCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
分子量 formula_weight	100559.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSGSLSRGNGGKKVLNKNQLLKRNRIRNARSIRAEAVAASSTKTGTPSDLSESGSKLNVDQFISSRQFEVKQLQLAMHNSKAASSTRIFQALPRKLRRRTASHNVRRIPKRMRNRALREMRKSDQQDVLKGSSASSRKAHGLNAKQLYKARMSIKLLRLASKSTSMKLSMPPEVTSSNCHVRQKIKTLKRMIKESSTANPNIKLLNNRMGSYDCTGVNELAPIPKGRVKYTKRQKHFAWLPTHIWNAKRSHMMKRWGYQMVWAPTQKCFKLTHRLGGDTCSSDGALCMDSSYIGTIIVKDKSNDSEGDFLKSIIGKLTAERANLRKYREGQVLFQGLIYSFNEENGEDSTKPLGPCDVFWVQKDTAIIRLHPSIYTQVFNILLQHKEKLTVQDCRYSLASVTLKGAKALESLASCLRSTEYSKSFEQFKMVSMITDHNALPQRCTFAFEAIDPRHLAAPKKLNDSQRKTVNSDDILSLHENYPQDEINAVFNELCDPESRTQSYNNQNTLKEISARRYKLLTATPNSINKTTVPFKESDDPSIPLVIIRRLKTRDWIVVLPWFWLLPLWHLLNRIPRMYHIGLRQFQQIQYENKQLYFPDDYPFTQLGYIENSFYKKEASKTKWDRKPMGKRINFEKIKDIHNTKLPAYSGEIGDFFSSDWRFLQILRNGIDYLQRNDKTLELMDSKKTGQFNAQGVRDINCVNDVLEFCKDYEAKTKAMSLSIEENIPVALCKNRKCQFRTPDSISVNSSSFSLTFFPRCIIAVSCTLLERGHPKDNARIYQVPEKDLEHWLQLAKGVYRPNGRKDHDLKIPLPEVHDLIGFITSGTYHLNCGNGMGIGFIDHHAAIRQPTRYVLIRNVGTNTYRLGEWSKISV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3
分子量 formula_weight	22643.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSGSLKSLDKKIAKRRQVYKPVLDNPFTNEAHMWPRVHDQPLIWQLLQSSIINKLIHIQSKENYPWELYTDFNEIVQYLSGAHGNSDPVCLFVCNKDPDVPLVLLQQIPLLCYMAPMTVKLVQLPKSAMDTFKSVSKYGMLLLRCDDRVDKKFVSQIQKNVDLLQFPWLNAIKYRPTSVKLLKTTVPIVSKKRQK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
分子量 formula_weight	32933.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MDRTQTFIKDCLFTKCLEDPEKPFNENRFQDTLLLLPTDGGLTSRLQRQQRKSKLNLDNLQKVSQLESADKQLEKRDYQRINKNSKIALREYINNCKKNTKKCLKLAYENKITDKEDLLHYIEEKHPTIYESLPQYVDFVPMYKELWINYIKELLNITKNLKTFNGSLALLKLSMADYNGALLRVTKSKNKTLIGLQGIVIWDSQKFFIMIVKGNIIDEIKCIPKKGTVFQFEIPISDDDDSALRYSILGDRFKYRSVDRAGRKFKSRRCDDMLYYIQN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
分子量 formula_weight	19601.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MVRLKSRYILFEIIFPPTDTNVEESVSKADILLSHHRASPADVSIKSILQEIRRSLSLNLGDYGSAKCNSLLQLKYFSNKTSTGIIRCHREDCDLVIMALMLMSKIGDVDGLIVNPVKVSGTIKKIEQFAMRRNSKILNIIKCSQSSHLSDNDFIINDFKKIGRENENENEDD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
分子量 formula_weight	18235.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MINGVYYNEISRDLDISSSTQCLRFLKETVIPSLANNGNNSTSIQYHGISKNDNIKKSVNKLDKQINMADRSLGLQQVVCIFSYGPHIQKMLSILEIFKKGYIKNNKKIYQWNKLTSFDIKREGRNELQEERLKVPILVTLVSDSEIIDLNLHSFTKQ

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
分子量 formula_weight	15844.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MALKKNTHNKSTKRVTKHPSLKTLTHKQIHTTIFVKSTTPYVSALKRINKFLDSVHKQGSSYVAVLGMGKAVEKTLALGCHFQDQKNKKIEVYTKTIEVLDEVITEGQADIDMESDVEDDDKETQLKKRAVSGVELRIYV

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8
分子量 formula_weight	15530.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGKKTFREWQYFKLSITSFDQDVDDAHAIDQMTWRQWLNNALKRSYGIFGEGVEYSFLHVDDKLAYIRVNHADKDTFSSSISTYISTDELVGSPLTVSILQESSSLRLLEVTDDDRLWLKKVMEEEEQDCKCI

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
分子量 formula_weight	32270.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MLVDLNVPWPQNSYADKVTSQAVNNLIKTLSTLHMLGYTHIAINFTVNHSEKFPNDVKLLNPIDIKRRFGELMDRTGLKLYSRITLIIDDPSKGQSLSKISQAFDIVAALPISEKGLTLSTTNLDIDLLTFQYGSRLPTFLKHKSICSCVNRGVKLEIVYGYALRDVQARRQFVSNVRSVIRSSRSRGIVIGSGAMSPLECRNILGVTSLIKNLGLPSDRCSKAMGDLASLVLLNGRLRNKSHKQTIVTGGGSGNGDDVVNDVQGIDDVQTIKVVKRSMDAEQLGHASKRHKP

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Ribonuclease MRP protein subunit SNM1
分子量 formula_weight	22579.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNKDQAEKYQERSLRQKYNLLHVLPTLNSRALSGLYYKNFHNSVKRYQIMLPEQLKSGKFCSHCGCVYVPNFNASLQLTTNTEQGDSDELGGESMEGPKKCIQVNCLNCEKSKLFEWKSEFVVPTFGQDVSPMINSTSSGKVSYAVKKPQKSKTSTGKERSKKRKLNSLTNLLSKRNQEKKMEKKKSSSLSLESFMKS

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Ribonuclease MRP protein subunit RMP1
分子量 formula_weight	23657.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MDEMDNVIRSLEQEYRLILLLNHRNKNQHRAASWYGSFNEMKRNCGQIITLFSSRRLQAKRLKDVEWVKLHRLLQRALFRQLKRWYWQFNGVIALGQFVTLGCTLVTLLANVRALYMRLWEINETEFIRCGCLIKNLPRTKAKSVVNDVEELGEIIDEDIGNNVQENELVITSIPKPLTENCKKKKKRKKKNKSAIDGIFG

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Internal Transcribed Spacer 1
分子量 formula_weight	6633.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

ACUUUUUAACAAACACAAACA

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7c7aG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	110 — Translation Initiation Factor IF3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alba-like domain

结构域编号 domain_id	7c7aI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	7c7aJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1037868

Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease MRP with substrate ITS1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNases MRP/P 32.9 kDa subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonuclease MRP protein subunit SNM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonuclease MRP protein subunit RMP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体