7cng

Structure of CDK5R1 bound FEM1B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein fem-1 homolog B,Peptide from Cyclin-dependent kinase 5 activator 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 298–307	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.267
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 298–307	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7CNG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 147–293（147 aa）片段：RESIDUES 147-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1H4L Structure and regulation of the CDK5-p25(nck5a) complex 提交 2001-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 147–293（147 aa）片段：RESIDUES 147-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；MICROSEEDING - PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.6, 200 MM KI, 10 MM DTT, PROTEIN CONC.:7 MG/ML HANGING DROP 2+2 UL. TEMPERATURE 293K.	分辨率 2.65 Å R-free 0.287
1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1UNG Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	ALH 6-PHENYL[5H]PYRROLO[2,3-B]PYRAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1M KI, 0.1M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10MM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
1UNH Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	未记录	IXM (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	突变：YES	RRC R-ROSCOVITINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
1UNL Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin. 提交 2003-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 100–307（208 aa）片段：RESIDUES 100-307	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 145–293（149 aa）片段：UNP residues 146-293	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
3O0G Crystal Structure of Cdk5:p25 in complex with an ATP analogue 提交 2010-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 145–293（149 aa）片段：UNP residues 146-293	未记录	3O0 {4-amino-2-[(4-chlorophenyl)amino]-1,3-thiazol-5-yl}(3-nitrophenyl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；PEG 3350, KI, Bis-Tris Propane, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
6LDP Structure of CDK5R1-bound FEM1C 提交 2019-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–307（10 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl pH 7.9	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
6LDP Structure of CDK5R1-bound FEM1C 提交 2019-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 298–307（10 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl pH 7.9	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
7VDP The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 100–307（208 aa）	未记录	65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.229
7VDP The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 1 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）	未记录	65L [1-[3-fluoranyl-4-[(2-piperidin-4-yloxy-1,6-naphthyridin-7-yl)amino]phenyl]pyrazol-3-yl]methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.229
7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 100–307（208 aa）	未记录	64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
7VDQ The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 7 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）	未记录	64V 2-[[7-[[2-fluoranyl-4-[3-(hydroxymethyl)pyrazol-1-yl]phenyl]amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-(1-methylpiperidin-4-yl)amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 100–307（208 aa）	未记录	63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.256
7VDR The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 13 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）	未记录	63I (1R)-1-[7-[(2-fluoranyl-4-pyrazol-1-yl-phenyl)amino]-1,6-naphthyridin-2-yl]-1-(1-methylpiperidin-4-yl)ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.256
7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 100–307（208 aa）	未记录	61U 5-fluoranyl-4-[[2-[(1R)-1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1-oxidanyl-ethyl]-1,6-naphthyridin-7-yl]amino]-2-morpholin-4-yl-benzenecarbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 3.05 Å R-free 0.272
7VDS The structure of cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in complex with p25 and Compound 24 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 100–307（208 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH 5.5, 0.3M MgCl2, 20% PEG3350	分辨率 3.05 Å R-free 0.272

共 10 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD5R1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 348–357； UniProt 298–307 作者链 B； PDB构建体 348–357； UniProt 298–307

Protein fem-1 homolog B,Peptide from Cyclin-dependent kinase 5 activator 1

Homo sapiens

UniProt Q9UK73

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–337	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.267
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–337	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Magnesium sulfate hydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 6.7	分辨率 3.49 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7CNG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6LBF Crystal structure of FEM1B 提交 2019-11-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 0.1M Guanidine hydrochloride, 0.8M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.5% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5000	分辨率 3.25 Å R-free 0.253
6LBF Crystal structure of FEM1B 提交 2019-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–356（356 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 0.1M Guanidine hydrochloride, 0.8M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.5% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5000	分辨率 3.25 Å R-free 0.253
7EL6 Structure of SMCR8 bound FEM1B 提交 2021-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–337（337 aa）链 B 1–337（337 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris pH7.3 4% PEG8000	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
8IJ1 Protomer 1 and 2 of the asymmetry trimer of the Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B ubiquitin ligase complex 提交 2023-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 D 1–627（627 aa）链 I 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8JE1 An asymmetry dimer of the Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B ubiquitin ligase complexed with BEX2 提交 2023-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 D 1–627（627 aa）链 I 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
8JE2 Cryo-EM structure of neddylated Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B complexed with FNIP1-FLCN 提交 2023-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.63 Å
8WQA Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1) 提交 2023-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–627（627 aa）链 D 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8WQB Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 2) 提交 2023-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 F 1–627（627 aa）链 J 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
8WQC cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CDK5R1 提交 2023-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–627（627 aa）链 G 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8WQD Local refinement of FEM1B bound with the C-degron of CCC89 提交 2023-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8WQE Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CUX1 (conformation 1) 提交 2023-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–627（627 aa）链 D 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
8WQF cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CUX1 (conformation 2) 提交 2023-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 F 1–627（627 aa）链 J 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
8WQG cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1) 提交 2023-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–627（627 aa）链 G 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.09 Å
8WQH cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 2) 提交 2023-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–627（627 aa）链 H 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8WQI Local refinement of FEM1B bound with the C-degron of CUX1 提交 2023-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9J64 Cryo-EM structure of neddylated Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B homodimer complexed with FNIP1 degron 提交 2024-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.28 Å
9J77 Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B (dimer 1) 提交 2024-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 F 1–627（627 aa）链 J 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
9J78 Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B (dimer 2) 提交 2024-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 F 1–627（627 aa）链 J 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
9J79 Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B bound with TOM20(tetramer) 提交 2024-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric	链 A 1–627（627 aa）链 J 1–627（627 aa）链 O 1–627（627 aa）链 P 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
9J7A local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer) 提交 2024-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–627（627 aa）链 D 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
9J7B local refinement of FEM1B bound with TOM20(tetramer) 提交 2024-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 A 1–627（627 aa）链 J 1–627（627 aa）链 O 1–627（627 aa）链 P 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
9JCE local refinement of FEM1B bound with TOM20 提交 2024-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
9LKX local refinement of FEM1B bound with PLD6 提交 2025-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
9LKY Dimer of CRL2-FEM1B bound with PLD6 提交 2025-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 F 1–627（627 aa）链 J 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
9PQ9 Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0421763 提交 2025-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	A1CI7 6-(propylsulfanyl)-1,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25 % PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate	分辨率 2.93 Å R-free 0.304
9PQ9 Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0421763 提交 2025-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	A1CI7 6-(propylsulfanyl)-1,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25 % PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate	分辨率 2.93 Å R-free 0.304
9PQA Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0432623 提交 2025-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	A1CI8 (6R)-6-phenyl-1,3-thiazinane-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate	分辨率 2.90 Å R-free 0.341
9PQA Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0432623 提交 2025-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	A1CI8 (6R)-6-phenyl-1,3-thiazinane-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate	分辨率 2.90 Å R-free 0.341
9PQE Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0412674 提交 2025-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	A1CI9 N-[4-(propan-2-yl)phenyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate	分辨率 3.10 Å R-free 0.326
9PQE Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0412674 提交 2025-07-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	A1CI9 N-[4-(propan-2-yl)phenyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate	分辨率 3.10 Å R-free 0.326
9PW8 Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0417412 提交 2025-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–337（337 aa）链 B 1–337（337 aa）	未记录	A1CLY N-(4-fluorophenyl)thiophene-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2-1.6 M Ammonium sulfate, 0.05-0.1 M Sodium thiocyanate	分辨率 2.80 Å R-free 0.338
9PWJ Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0081201 提交 2025-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–337（337 aa）链 B 1–337（337 aa）	未记录	A1CL1 3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2 M-1.6 M ammonium sulfate, and 0.05-0.1 M sodium thiocyanate	分辨率 3.00 Å R-free 0.347
9PXO Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0023775 提交 2025-08-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	A1CMX 2-tert-butyl-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-5-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2 M-1.6 M ammonium sulfate, and 0.05-0.1 M sodium thiocyanate	分辨率 3.05 Å R-free 0.340
9PXO Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0023775 提交 2025-08-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	A1CMX 2-tert-butyl-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-5-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2 M-1.6 M ammonium sulfate, and 0.05-0.1 M sodium thiocyanate	分辨率 3.05 Å R-free 0.340
9PXP Fem-1 homolog B (FEM1B) in complex with VU0416476 提交 2025-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–337（337 aa）链 B 1–337（337 aa）	未记录	A1CMY 2-tert-butyl-4,5-dichloropyridazin-3(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES pH 7.5, 0.25% PEG 8000, 1.2 M-1.6 M ammonium sulfate, and 0.05-0.1 M sodium thiocyanate	分辨率 3.00 Å R-free 0.327

共 30 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FEM1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–339； UniProt 1–337 作者链 B； PDB构建体 3–339； UniProt 1–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7cng
沉积日期 deposition_date	2020-07-31
结构标题 title	Structure of CDK5R1 bound FEM1B
关键词 keywords	ubiquitination, E3 ligase, degron, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.84 Å
零角强度 I(0) i0	85325800.00
分子量 molecular_weight	72870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90985 Å³
包络体积 envelope_volume	121610 Å³
水化壳体积 shell_volume	32121 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.08 Å
包络 Rg envelope_rg	32.38 Å
形状 Rg shape_rg	32.85 Å
总 Rg total_rg	33.26 Å
总原子数 total_atoms	5124
残基数 n_residues	686
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	85320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8588
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.331
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.804; Smooth: 0.928

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	126.812 Å
晶胞边长 b length_b	126.812 Å
晶胞边长 c length_c	144.489 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	28.900 Å
R 因子 r_factor	0.2251
R_work r_work	0.2204
R_free r_free	0.2672

描述 description	Protein fem-1 homolog B,Peptide from Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
分子量 formula_weight	39295.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5124

Structure of CDK5R1 bound FEM1B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein fem-1 homolog B,Peptide from Cyclin-dependent kinase 5 activator 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein fem-1 homolog B,Peptide from Cyclin-dependent kinase 5 activator 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

fit	/app/data/saxs_computation/cn/7cng/7cng.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cn/7cng/7cng.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cn/7cng/7cng.dat