7d8b

Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to modulate intracellular pathways

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–217	未记录	VH-S4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.01M Tri-sodium citrate, 16% PEG 6000	分辨率 2.46 Å R-free 0.292
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–217	未记录	VH-S4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.01M Tri-sodium citrate, 16% PEG 6000	分辨率 2.46 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7D8B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IPB CRYSTAL STRUCTURE OF EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E COMPLEXED WITH 7-METHYL GPPPA 提交 2001-05-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1IPC CRYSTAL STRUCTURE OF EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E COMPLEXED WITH 7-METHYL GTP 提交 2001-05-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
1WKW Crystal structure of the ternary complex of eIF4E-m7GpppA-4EBP1 peptide 提交 2004-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–217（191 aa）片段：RESIDUES 27-217	未记录	GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
2GPQ Cap-free structure of eIF4E suggests basis for its allosteric regulation 提交 2006-04-18	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.3mM eIF4E U-98% 15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 0.3mM eIF4E U-98% 15N, U-95% D; 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
2V8W Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
2V8W Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
2V8X Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGQ 7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2V8X Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–217（217 aa）	未记录	MGQ 7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2V8Y Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGV P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2V8Y Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–217（217 aa）	未记录	MGV P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2W97 Crystal Structure of eIF4E Bound to Glycerol and eIF4G1 peptide 提交 2009-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–217（217 aa）链 B 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；60% AMMONIUM SULPHATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.0, 1% PEG400	分辨率 2.29 Å R-free 0.239
3AM7 Crystal structure of the ternary complex of eIF4E-M7GTP-4EBP2 peptide 提交 2010-08-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–217（191 aa）片段：UNP RESIDUES 27-217	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG-MME 2000, 0.1M MES, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–217（217 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–217（217 aa）链 B 1–217（217 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
4AZA Improved eIF4E binding peptides by phage display guided design. 提交 2012-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；20% PEG 5000 MME, 100 MM BISTRIS PH 6.5.	分辨率 2.16 Å R-free 0.279
4AZA Improved eIF4E binding peptides by phage display guided design. 提交 2012-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；20% PEG 5000 MME, 100 MM BISTRIS PH 6.5.	分辨率 2.16 Å R-free 0.279
4BEA Crystal Structure of eIF4E in Complex with a Stapled Peptide Derivative 提交 2013-03-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；18-26% OF POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.01-02M AMMONIUM SULPHATE AND 100MM BIS-TRIS AT PH 5.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.266
4DT6 Co-crystal structure of eIF4E with inhibitor 提交 2012-02-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	6LI 7-[2-(4-chlorophenoxy)ethyl]guanosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；The purified protein which contained 100 uM m7-GTP was concentrated to about 7 mg/mL in 20 mM Hepes, pH 7.6, 100 mM KCl, 1mM DTT, and 0.1 mM EDTA for crystallization. The m7-GTP-bound eIF4e protein was crystallized with 1:1 ratio of protein solution to reservoir solution of 17-20% PEG-3350 and 0.1-0.4M Na formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
4DUM Co-crystal structure of eIF4E with inhibitor 提交 2012-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	HLI (4-{7-[2-(4-chlorophenoxy)ethyl]-2-(methylamino)-6-oxo-6,7-dihydro-1H-purin-8-yl}phenyl)phosphonic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；The purified protein which contained 100 uM m7-GTP was then concentrated to about 7 mg/mL in 20 mM Hepes, pH7.6, 100 mM KCl, 1mM DTT, 0.1 mM EDTA for crystallization. The m7-GTP-bound eIF4e protein was crystallized with 1:1 ratio of protein solution to reservoir solution of 17-20% PEG-3350 and 0.1-0.4M Na formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.95 Å R-free 0.271
4TPW The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 33R (2E)-2-{2-[(4P)-4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
4TPW The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
4TQB The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 34K (2E)-2-{2-[4-(4-bromophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.59 Å R-free 0.211
4TQB The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.59 Å R-free 0.211
4TQC The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 34J (2S)-3-(4-amino-3-nitrophenyl)-2-{2-[(4P)-4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazin-1-yl}propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 8.5, 10% IPN	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4TQC The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 8.5, 10% IPN	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4UED Complex of human eIF4E with the 4E binding protein 4E-BP1 提交 2014-12-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）片段：RESIDUES 36-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.03M EACH DIETHYLENE GLYCOL, TRIETHYLENE GLYCOL, TETRAETHYLENE GLYCOL, PENTAETHYLENE GLYCOL, 0.1M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD	分辨率 1.75 Å R-free 0.237
5EHC Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-10-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5NX 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-7-[(3-chlorophenyl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1???3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
5EI3 Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-10-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5O8 ~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-6-oxidanylidene-7-(phenylmethyl)-1~{H}-purin-7-ium-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1???3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 1.71 Å R-free 0.187
5EIR Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5O8 ~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-6-oxidanylidene-7-(phenylmethyl)-1~{H}-purin-7-ium-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1???3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding. Crystals replaced in to above conditions without (NH4)2SO4 prior to freezing.	分辨率 2.69 Å R-free 0.272
5EKV Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5PQ 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1-3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 3.61 Å R-free 0.342
5EKV Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	5PQ 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1-3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 3.61 Å R-free 0.342
5GW6 Water-Bridge Mediates Recognition of mRNA Cap in eIF4E 提交 2016-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–217（195 aa）	突变：E105A, K106A, K108A	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；20% PEG 5000 MME, 100MM TRIS BIS PH 5.0, 0.05M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 1.97 Å R-free 0.228
5T46 Crystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex 提交 2016-08-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；0.1 M Hepes pH 7.25, 25% w/v PEG 6000	分辨率 1.53 Å R-free 0.162
5T46 Crystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex 提交 2016-08-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；0.1 M Hepes pH 7.25, 25% w/v PEG 6000	分辨率 1.53 Å R-free 0.162
5ZJY Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；30%(W/V) PEG 6000, 0.1M Na-Hepes pH6.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.216
5ZJZ Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；12.5%(w/v) PEG20000, 20%(w/v) PEG MME 550, 0.1M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.212
5ZK5 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；30%(w/v) PEG6000, 0.1M Na-Hepes pH 6.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.268
5ZK7 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2M Potassium Iodide, 0.1M MES/Imidazole pH6.5, 25%(wv) PEG4000	分辨率 2.12 Å R-free 0.270
5ZK7 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2M Potassium Iodide, 0.1M MES/Imidazole pH6.5, 25%(wv) PEG4000	分辨率 2.12 Å R-free 0.270
5ZK9 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；12.5% pEG1000 w/v, 12.5% PEG3350 w/v, 12.5% MPD w/v, 0.1M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.211
5ZML Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–217（191 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；40%(v/v) Ethylene glycol, 20 %(w/v) PEG 8000, 0.3M Sodium nitrate, 0.3M Ammonium sulfate, 100mM Sodium HEPES/MOPS pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7D6Y eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain 提交 2020-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；25% (w/v) PEG 6000, 0.01-02 M Ammonium Sulphate, 100mM Tris, pH 8.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.206
7EZW Cyclic Peptide that Interacts with the eIF4E Capped-mRNA Binding Site 提交 2021-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium chloride 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
7F07 Autonomous VH domain that interacts with eIF4E at the Capped mRNA Binding site. 提交 2021-06-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS.HCl pH 8.5 25% (v/v) PEG 550 MME	分辨率 2.25 Å R-free 0.266
7MEU A biphenyl inhibitor of eIF4E targeting an internal binding site enables the design of cell-permeable PROTAC-degraders 提交 2021-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–217（191 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 Z5D (2E)-2-{2-[4-([1,1'-biphenyl]-4-yl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.91 Å R-free 0.219
7MEU A biphenyl inhibitor of eIF4E targeting an internal binding site enables the design of cell-permeable PROTAC-degraders 提交 2021-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–217（191 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.91 Å R-free 0.219
7XTP eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain 提交 2022-05-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium HEPES pH7.5, 25% PEG 6000	分辨率 1.83 Å R-free 0.259
7XTP eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain 提交 2022-05-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium HEPES pH7.5, 25% PEG 6000	分辨率 1.83 Å R-free 0.259
8QM4 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 W5B 3-phenylphenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；273 K；0.002M DTT, 40% PEG 400, 0.1M pH=7.5 HEPES/NaOH	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
8QM5 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	W4U 1-(4-chlorophenyl)cyclopentane-1-carboxylic acid × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.002M DTT 40% PEG 400 0.1M pH=7.5 HEPES/NaOH	分辨率 1.89 Å R-free 0.220
8QM6 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 W2N (1~{S})-1-[4-(2-fluorophenyl)phenyl]ethanol × 2 W4B (1~{R})-1-[4-(2-fluorophenyl)phenyl]ethanol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.002M DTT 40% PEG 400 0.1M pH=8 Tris/HCl	分辨率 1.93 Å R-free 0.227
8QM7 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 W5K (2~{R})-2-[(1~{R})-1-[4-(2-fluorophenyl)-2-(2-hydroxyethylamino)phenyl]propoxy]propan-1-ol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.002M DTT 38% PEG 400 0.1M pH=8 Tris/HCl	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
8QM8 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 W4K (2~{R})-2-[(1~{S})-1-[4-(2-fluorophenyl)-2-(2-hydroxyethylamino)phenyl]propoxy]propan-1-ol × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 3350 0.1M pH=8 Bicine/NaOH	分辨率 1.58 Å R-free 0.202
8QM9 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 W4K (2~{R})-2-[(1~{S})-1-[4-(2-fluorophenyl)-2-(2-hydroxyethylamino)phenyl]propoxy]propan-1-ol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.002M DTT 38% PEG 400 0.1M pH=8 Tris/HCl	分辨率 1.97 Å R-free 0.272
8SX4 Crystal Structure of eIF4e in complex with Compound 7n 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	WXL [(~{Z})-4-[2-azanyl-7-[(5-chloranyl-1~{H}-indol-2-yl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl]but-2-enyl]phosphonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16-26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
8SX4 Crystal Structure of eIF4e in complex with Compound 7n 提交 2023-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16-26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
9DON Crystal structure of eIF4e in complex with Compound 5-PA 提交 2024-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 2.09 Å R-free 0.247
9DON Crystal structure of eIF4e in complex with Compound 5-PA 提交 2024-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）	未记录	A1A8P 2-[3-[[2-azanyl-7-[(5-chloranyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl]methyl]phenyl]ethylphosphonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 2.09 Å R-free 0.247

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4E_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 C； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7d8b
沉积日期 deposition_date	2020-10-07
结构标题 title	Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to modulate intracellular pathways
关键词 keywords	Cap dependent translation, Complex, VH domain, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.91 Å
零角强度 I(0) i0	76421200.00
分子量 molecular_weight	68228.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85200 Å³
包络体积 envelope_volume	109610 Å³
水化壳体积 shell_volume	31979 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.54 Å
包络 Rg envelope_rg	28.78 Å
形状 Rg shape_rg	28.85 Å
总 Rg total_rg	29.72 Å
总原子数 total_atoms	4817
残基数 n_residues	610
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.267
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.941

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4E
分子量 formula_weight	25130.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4925

MATVEPETTPTPNPPTTEEEKTESNQEVANPEHYIKHPLQNRWALWFFKNDKSKTWQANLRLISKFDTVEDFWALYNHIQLSSNLMPGCDYSLFKDGIEPMWEDEKNKRGGRWLITLNKQQRRSDLDRFWLETLLCLIGESFDDYSDDVCGAVVNVRAKGDKIAIWTTECENREAVTHIGRVYKERLGLPPKIVIGYQSHADTATKSGSTTKNRFVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VH-S4
分子量 formula_weight	17146.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSSAISGFSISSTSIDWVRQAPGKGLEWVARISPSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTVYLQMNSLRAEDTAVYYTGRVAKALNSRSPSFVVNTYSSIGFDYRGQGTLVTVSSGAAEQKLISEEDLNGAAAFEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7d8bB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7d8bD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.595 Å
晶胞边长 b length_b	140.394 Å
晶胞边长 c length_c	61.961 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.460 Å
最低分辨率 resolution_low	46.216 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2918

fit	/app/data/saxs_computation/d8/7d8b/7d8b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d8/7d8b/7d8b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d8/7d8b/7d8b.dat

Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to modulate intracellular pathways

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)