7e8d

NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） ZINC ION × 3 SINEFUNGIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） ZINC ION × 3 SINEFUNGIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

Histone H2A type 1

Homo sapiens

UniProt P0C0S8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） ZINC ION × 3 SINEFUNGIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130

Histone H2B type 1-J

Homo sapiens

UniProt P06899

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） ZINC ION × 3 SINEFUNGIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1J_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126 作者链 H； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

Histone-lysine N-methyltransferase NSD2

Homo sapiens

UniProt O96028

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1 × 2 （P0C0S8） Histone H2B type 1-J × 2 （P06899） DNA (185-MER) × 1 DNA (185-MER) × 1 ZINC ION × 3 SINEFUNGIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–254； UniProt 973–1226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7e8d
沉积日期 deposition_date	2021-03-01
结构标题 title	NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome
关键词 keywords	chromatin, epigenetics, histone methyltransferase, muitiple myeloma, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7e8d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7e8d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7e8d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.54 Å
Rg（电子密度）	45.07 Å
总 Rg	45.56 Å
原子数	14847
残基数	1327
排除体积	241900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7e8d__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15308.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	14852

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVMKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	13990.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-J
分子量 formula_weight	13804.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (185-MER)
分子量 formula_weight	56841.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GACCCTATACGCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACAGCGAC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (185-MER)
分子量 formula_weight	57392.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGCGGCCGCGTATAGGGTC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase NSD2
分子量 formula_weight	28986.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.357
突变 mutation	E1099K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

KLQREARETQESERKPPPYKHIKVNKPYGKVQIYTADISEIPKCNCKPTDENPCGFDSECLNRMLMFECHPQVCPAGEFCQNQCFTKRQYPETKIIKTDGKGWGLVAKRDIRKGEFVNEYVGELIDKEECMARIKHAHENDITHFYMLTIDKDRIIDAGPKGNYSRFMNHSCQPNCETLKWTVNGDTRVGLFAVCDIPAGTELTFNYNLDCLGNEKTVCRCGASNCSGFLGDRPKTSTTLSSEEKGKKTKKKTR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SINEFUNGIN
分子量 formula_weight	381.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	136108

NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-lysine N-methyltransferase NSD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7e8d__assembly_1__model_1

7e8d__assembly_1__model_1 | I(q)

7e8d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)