7eqd

STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOSPIRILLUM RUBRUM

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 23 FE (III) ION × 1 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 5 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHORU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–275； UniProt 2–276

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt Q2RQ26

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 23 FE (III) ION × 1 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 5 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2RQ26_RHORT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–305； UniProt 2–306

Photoreaction center protein H

物种未注明

UniProt Q7M149

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 23 FE (III) ION × 1 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 5 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7M149_RHORU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–256； UniProt 2–257

Light-harvesting protein B-870 alpha chain

物种未注明

UniProt P02947

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Light-harvesting protein B-870 beta chain × 16 （Q2RQ23） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 23 FE (III) ION × 1 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 5 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA_RHORU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 3； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 5； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 7； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 9； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 A； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 D； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 F； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 I； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 K； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 O； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 Q； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 S； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 U； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 W； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62 作者链 Y； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62

Light-harvesting protein B-870 beta chain

物种未注明

UniProt Q2RQ23

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	Reaction center protein L chain × 1 （P10717） Reaction center protein M chain × 1 （Q2RQ26） Photoreaction center protein H × 1 （Q7M149） Light-harvesting protein B-870 alpha chain × 16 （P02947） Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 23 FE (III) ION × 1 ;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ; × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 CARDIOLIPIN × 5 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB_RHORT
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 2； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 4； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 6； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 8； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 B； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 E； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 G； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 J； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 N； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 P； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 R； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 T； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 V； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 X； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56 作者链 Z； PDB构建体 1–55； UniProt 2–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7eqd
沉积日期 deposition_date	2021-05-01
结构标题 title	STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOSPIRILLUM RUBRUM
关键词 keywords	LH1-RC COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS, PURPLE BACTERIA; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7eqd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7eqd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7eqd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.34 Å
Rg（电子密度）	43.56 Å
总 Rg	43.97 Å
原子数	23122
残基数	2286
排除体积	418910 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7eqd__assembly_1__model_1`	35-meric （35）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30529.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	23122

ALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTTLLFTVLGTALIVWGAALGPSWTFWQISINPPDVSYGLAMAPMAKGGLWQIITFSAIGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFGFAILAYVSLVVIRPVMMGAWGYGFPYGFMTHLDWVSNTGYQYANFHYNPAHMLGITLFFTTCLALALHGSLILSAANPGKGEVVKGPEHENTYFQDTIGYSVGTLGIHRVGLILALSAVVWSIICMILSGPIYTGSWPDWWLWWQKLPFWNHG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34103.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

SEYQNILTGVQVRTAPHSAPIAKGIFPRLGKPGFSYWLGKIGDAQIGPIYLGTTGVLSLVFGFFAIEIIGFNLLASVNWSPMEFGRQFFWLGLEPPAAEYGLGFAPLAEGGWWQIAGFFLTTSILLWWVRMYRRARALKMGTHTAWAFASAIFLFLSLGFIRPLLMGNFSESVPFGIFPHLEWTNSFSLNYGNFFYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRLGGDREVEQITDRGTAAERAALFWRWTMGFNATMESIHRWAWWFAVLCTFTGAIGILLTGTVVDNWFEWGVKHGLAPAP

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photoreaction center protein H
分子量 formula_weight	27845.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

NKGDITGYMDVAQVVLYAFWIFFAGLIIYLRREDRREGYPLEDAISGKINSLQGLGSVFSIARPKIFKLKTGATYAAPNFKRDAVAIKATRTAPTAGAPFEPTGNPMTDAVGPAAYALRDELPDLTLGGQPAIVPLRVAPTFSVAAEDTDPRGLPVVDRKGAVAGKVTDLWIDRASIAIRYLEVELAATPGRKVLLPFAATRINAKTKSKTVTVQSILARHFANVPTIAKTDSITRREEDKVMAYYSSGYLYSDRV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-870 alpha chain
分子量 formula_weight	7140.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,Y,1,3,5,7,9

MWRIWQLFDPRQALVGLATFLFVLALLIHFILLSTERFNWLEGASTKPVQTSMVMPSSDLAV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-870 beta chain
分子量 formula_weight	6155.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,J,N,P,R,T,V,X,Z,2,4,6,8,0

AEVKQESLSGITEGEAKEFHKIFTSSILVFFGVAAFAHLLVWIWRPWVPGPNGYS

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	901.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	879.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	;2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione ;
分子量 formula_weight	844.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.76 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	145033

STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOSPIRILLUM RUBRUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photoreaction center protein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-870 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-870 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7eqd__assembly_1__model_1

7eqd__assembly_1__model_1 | I(q)

7eqd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

7. 引用文献 (1)