7f75

Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt P20429

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （O31718） transcriptional regulator Spx × 1 trxA promoter DNA-Non template strand × 1 trxA promoter DNA-template strand × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 I； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt P37870

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （O31718） transcriptional regulator Spx × 1 trxA promoter DNA-Non template strand × 1 trxA promoter DNA-template strand × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOB_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1193； UniProt 1–1193

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt P37871

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （O31718） transcriptional regulator Spx × 1 trxA promoter DNA-Non template strand × 1 trxA promoter DNA-template strand × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOC_BACSU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1199； UniProt 1–1199

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt O35011

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （O31718） transcriptional regulator Spx × 1 trxA promoter DNA-Non template strand × 1 trxA promoter DNA-template strand × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOZ_BACSU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

RNA polymerase sigma factor SigA

物种未注明

UniProt P06224

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （O31718） transcriptional regulator Spx × 1 trxA promoter DNA-Non template strand × 1 trxA promoter DNA-template strand × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SIGA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371

DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

物种未注明

UniProt O31718

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） transcriptional regulator Spx × 1 trxA promoter DNA-Non template strand × 1 trxA promoter DNA-template strand × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOY_BACSU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

DNA-directed RNA polymerase subunit delta

物种未注明

UniProt P12464

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P06224） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （O31718） transcriptional regulator Spx × 1 trxA promoter DNA-Non template strand × 1 trxA promoter DNA-template strand × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOE_BACSU
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7f75
沉积日期 deposition_date	2021-06-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex
关键词 keywords	Complex, transcription activator, stress, oxidated form, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7f75__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7f75__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7f75__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.55 Å
Rg（电子密度）	50.65 Å
总 Rg	50.96 Å
原子数	26887
残基数	3532
排除体积	465990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7f75__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	34842.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,I
原子数 atom_count	26887

MIEIEKPKIETVEISDDAKFGKFVVEPLERGYGTTLGNSLRRILLSSLPGAAVTSIQIDGVLHEFSTIEGVVEDVTTIILHIKKLALKIYSDEEKTLEIDVQGEGTVTAADITHDSDVEILNPDLHIATLGENASFRVRLTAQRGRGYTPADANKRDDQPIGVIPIDSIYTPVSRVSYQVENTRVGQVANYDKLTLDVWTDGSTGPKEAIALGSKILTEHLNIFVGLTDEAQHAEIMVEKEEDQKEKVLEMTIEELDLSVRSYNCLKRAGINTVQELANKTEEDMMKVRNLGRKSLEEVKAKLEELGLGLRKDD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	133847.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTGQLVQYGRHRQRRSYARISEVLELPNLIEIQTSSYQWFLDEGLREMFQDISPIEDFTGNLSLEFIDYSLGEPKYPVEESKERDVTYSAPLRVKVRLINKETGEVKDQDVFMGDFPIMTDTGTFIINGAERVIVSQLVRSPSVYFSGKVDKNGKKGFTATVIPNRGAWLEYETDAKDVVYVRIDRTRKLPVTVLLRALGFGSDQEILDLIGENEYLRNTLDKDNTENSDKALLEIYERLRPGEPPTVENAKSLLDSRFFDPKRYDLANVGRYKINKKLHIKNRLFNQRLAETLVDPETGEILAEKGQILDRRTLDKVLPYLENGIGFRKLYPNGGVVEDEVTLQSIKIFAPTDQEGEQVINVIGNAYIEEEIKNITPADIISSISYFFNLLHGVGDTDDIDHLGNRRLRSVGELLQNQFRIGLSRMERVVRERMSIQDTNTITPQQLINIRPVIASIKEFFGSSQLSQFMDQTNPLAELTHKRRLSALGPGGLTRERAGMEVRDVHYSHYGRMCPIETPEGPNIGLINSLSSYAKVNRFGFIETPYRRVDPETGKVTGRIDYLTADEEDNYVVAQANARLDDEGAFIDDSIVARFRGENTVVSRNRVDYMDVSPKQVVSAATACIPFLENDDSNRALMGANMQRQAVPLMQPEAPFVGTGMEYVSGKDSGAAVICKHPGIVERVEAKNVWVRRYEEVDGQKVKGNLDKYSLLKFVRSNQGTCYNQRPIVSVGDEVVKGEILADGPSMELGELALGRNVMVGFMTWDGYNYEDAIIMSERLVKDDVYTSIHIEEYESEARDTKLGPEEITRDIPNVGEDALRNLDDRGIIRIGAEVKDGDLLVGKVTPKGVTELTAEERLLHAIFGEKAREVRDTSLRVPHGGGGIIHDVKVFNREDGDELPPGVNQLVRVYIVQKRKISEGDKMAGRHGNKGVISKILPEEDMPYLPDGTPIDIMLNPLGVPSRMNIGQVLELHMGMAARYLGIHIASPVFDGAREEDVWETLEEAGMSRDAKTVLYDGRTGEPFDNRVSVGIMYMIKLAHMVDDKLHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEILTVKSDDVVGRVKTYEAIVKGDNVPEPGVPESFKVLIKELQSLGMDVKILSGDEEEIEMRDLEDEEDAKQADGLALSGDEEPEETASADVERDVVTKE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	134445.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLDVNNFEYMNIGLASPDKIRSWSFGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCERIFGPTKDWECHCGKYKRVRYKGVVCDRCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVSHIWYFKGIPSRMGLVLDMSPRALEEVIYFASYVVTDPANTPLEKKQLLSEKEYRAYLDKYGNKFQASMGAEAIHKLLQDIDLVKEVDMLKEELKTSQGQRRTRAIKRLEVLEAFRNSGNKPSWMILDVLPVIPPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLGAPSIIVQNEKRMLQEAVDALIDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSHMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPHLKMYQCGLPKEMALELFKPFVMKELVEKGLAHNIKSAKRKIERVQPEVWDVLESVIKEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPTLVEGRAIRLHPLVCTAYNADFDGDQMAVHVPLSAEAQAEARILMLAAQNILNPKDGKPVVTPSQDMVLGNYYLTLERAGAVGEGMVFKNTDEALLAYQNGYVHLHTRVAVAANSLKNVTFTEEQRSKLLITTVGKLVFNEILPESFPYMNEPTKSNIEEKTPDRFFLEKGADVKAVIAQQPINAPFKKGILGKIIAEIFKRFHITETSKMLDRMKNLGFKYSTKAGITVGVSDIVVLDDKQEILEEAQSKVDNVMKQFRRGLITEEERYERVISIWSAAKDVIQGKLMKSLDELNPIYMMSDSGARGNASNFTQLAGMRGLMANPAGRIIELPIKSSFREGLTVLEYFISTHGARKGLADTALKTADSGYLTRRLVDVAQDVIIRETDCGTDRGILAKPLKEGTETIERLEERLIGRFARKQVKHPETGEVLVNENELIDEDKALEIVEAGIEEVWIRSAFTCNTPHGVCKRCYGRNLATGSDVEVGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDDITQGLPRIQELFEARNPKGQATITEIDGTVVEINEVRDKQQEIVVQGAVETRSYTAPYNSRLKVAEGDKITRGQVLTEGSIDPKELLKVTDLTTVQEYLLHEVQKVYRMQGVEIGDKHVEVMVRQMLRKVRVIDAGDTDVLPGTLLDIHQFTEANKKVLLEGNRPATGRPVLLGITKASLETDSFLSAASFQETTRVLTDAAIKGKRDELLGLKENVIIGKLVPAGTGMMKYRKVKPVSNVQPTDDMVPVE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	7766.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MLDPSIDSLMNKLDSKYTLVTVSARRAREMQIKKDQMIEHTISHKYVGKALEEIDAGLLSFEKEDRE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA
分子量 formula_weight	43007.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MADKQTHETELTFDQVKEQLTESGKKRGVLTYEEIAERMSSFEIESDQMDEYYEFLGEQGVELISENEETEDPNIQQLAKAEEEFDLNDLSVPPGVKINDPVRMYLKEIGRVNLLSAKEEIAYAQKIEEGDEESKRRLAEANLRLVVSIAKRYVGRGMLFLDLIQEGNMGLMKAVEKFDYRKGYKFSTYATWWIRQAITRAIADQARTIRIPVHMVETINKLIRVQRQLLQDLGREPTPEEIAEDMDLTPEKVREILKIAQEPVSLETPIGEEDDSHLGDFIEDQEATSPSDHAAYELLKEQLEDVLDTLTDREENVLRLRFGLDDGRTRTLEEVGKVFGVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSKRLKDFLE

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
分子量 formula_weight	8263.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MIYKVFYQEKADEVPVREKTDSLYIEGVSERDVRTKLKEKKFNIEFITPVDGAFLEYEQQSENFKVLEL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	transcriptional regulator Spx
分子量 formula_weight	15547.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MVTLYTSPSCTSCRKARAWLEEHDIPFVERNIFSEPLSIDEIKQILRMTEDGTDEIISTRSKVFQKLNVNVESMPLQDLYRLINEHPGLLRRPIIIDEKRLQVGYNEDEIRRFLPRKVRPFQLREAQRLAN

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	trxA promoter DNA-Non template strand
分子量 formula_weight	21202.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TAATTTGTAAGCATTAAAATAGCGTGAACGAATGGGAGATGCTTATAATGGGAGCTGTCACGGATGCA

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	trxA promoter DNA-template strand
分子量 formula_weight	20886.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

TGCATCCGTGAGTCGAGGGTAATAAAGCATCTCCCATTCGTTCACGCTATTTTAATGCTTACAAATTA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit delta
分子量 formula_weight	20417.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MGIKQYSQEELKEMALVEIAHELFEEHKKPVPFQELLNEIASLLGVKKEELGDRIAQFYTDLNIDGRFLALSDQTWGLRSWYPYDQLDEETQPTVKAKKKKAKKAVEEDLDLDEFEEIDEDDLDLDEVEEELDLEADDFDEEDLDEDDDDLEIEEDIIDEDDEDYDDEEEEIK

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	153870

Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor SigA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7f75__assembly_1__model_1

7f75__assembly_1__model_1 | I(q)

7f75__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer