7fde

CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit C

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 Yeast Vacuolar ATPase A subunit × 3 V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Oxidation resistance protein 1 × 1 （Q08952）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

V-type proton ATPase subunit E

物种未注明

UniProt P22203

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit G × 3 Yeast Vacuolar ATPase A subunit × 3 V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Oxidation resistance protein 1 × 1 （Q08952）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATE_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 I； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 K； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

V-type proton ATPase subunit B

物种未注明

UniProt P16140

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 Yeast Vacuolar ATPase A subunit × 3 V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Oxidation resistance protein 1 × 1 （Q08952）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATB_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 D； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 F； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt P32610

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 Yeast Vacuolar ATPase A subunit × 3 V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111） Oxidation resistance protein 1 × 1 （Q08952）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATD_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

V-type proton ATPase subunit F

物种未注明

UniProt P39111

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 Yeast Vacuolar ATPase A subunit × 3 V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） Oxidation resistance protein 1 × 1 （Q08952）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATF_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Oxidation resistance protein 1

物种未注明

UniProt Q08952

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	V-type proton ATPase subunit C × 1 （P31412） V-type proton ATPase subunit E × 3 （P22203） V-type proton ATPase subunit G × 3 Yeast Vacuolar ATPase A subunit × 3 V-type proton ATPase subunit B × 3 （P16140） V-type proton ATPase subunit D × 1 （P32610） V-type proton ATPase subunit F × 1 （P39111）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	OXR1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7fde
沉积日期 deposition_date	2021-07-16
结构标题 title	CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1
关键词 keywords	ATPase, proton pump, rotary motor enzyme, membrane protein, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7fde__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7fde__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7fde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.03 Å
Rg（电子密度）	57.87 Å
总 Rg	58.00 Å
原子数	39557
残基数	5045
排除体积	706380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7fde__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit C
分子量 formula_weight	44241.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O
原子数 atom_count	39557

MATALYTANDFILISLPQNAQPVTAPGSKTDSWFNETLIGGRAFVSDFKIPEFKIGSLDTLIVESEELSKVDNQIGASIGKIIEILQGLNETSTNAYRTLPINNMPVPEYLENFQWQTRKFKLDKSIKDLITLISNESSQLDADVRATYANYNSAKTNLAAAERKKTGDLSVRSLHDIVKPEDFVLNSEHLTTVLVAVPKSLKSDFEKSYETLSKNVVPASASVIAEDAEYVLFNVHLFKKNVQEFTTAAREKKFIPREFNYSEELIDQLKKEHDSAASLEQSLRVQLVRLAKTAYVDVFINWFHIKALRVYVESVLRYGLPPHFNIKIIAVPPKNLSKCKSELIDAFGFLGGNAFMKDKKGKINKQDTSLHQYASLVDTEYEPFVMYIINL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E
分子量 formula_weight	26508.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,K,I

MSSAITALTPNQVNDELNKMQAFIRKEAEEKAKEIQLKADQEYEIEKTNIVRNETNNIDGNFKSKLKKAMLSQQITKSTIANKMRLKVLSAREQSLDGIFEETKEKLSGIANNRDEYKPILQSLIVEALLKLLEPKAIVKALERDVDLIESMKDDIMREYGEKAQRAPLEEIVISNDYLNKDLVSGGVVVSNASDKIEINNTLEERLKLLSEEALPAIRLELYGPSKTRKFFD

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13735.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,L,J

MDYKDDDDKSQKNGIATLLQAEKEAHEIVSKARKYRQDKLKQAKTDAAKEIDSYKIQKDKELKEFEQKNAGGVGELEKKAEAGVQGELAEIKKIAEKKKDDVVKILIETVIKPSAEVHINAL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Yeast Vacuolar ATPase A subunit
分子量 formula_weight	67796.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E

MAGAIENARKEIKRISLEDHAESEYGAIYSVSGPVVIAENMIGCAMYELVKVGHDNLVGEVIRIDGDKATIQVYEETAGLTVGDPVLRTGKPLSVELGPGLMETIYDGIQRPLKAIKEESQSIYIPRGIDTPALDRTIKWQFTPGKFQVGDHISGGDIYGSVFENSLISSHKILLPPRSRGTITWIAPAGEYTLDEKILEVEFDGKKSDFTLYHTWPVRVPRPVTEKLSADYPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTCIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDAIIYVGCGERGNEMAEVLMEFPELYTEMSGTKEPIMKRTTLVANTSNMPVAAREASIYTGITLAEYFRDQGKNVSMIADSSSRWAEALREISGRLGEMPADQGFPAYLGAKLASFYERAGKAVALGSPDRTGSVSIVAAVSPAGGDFSDPVTTATLGITQVFWGLDKKLAQRKHFPSINTSVSYSKYTNVLNKFYDSNYPEFPVLRDRMKEILSNAEELEQVVQLVGKSALSDSDKITLDVATLIKEDFLQQNGYSTYDAFCPIWKTFDMMRAFISYHDEAQKAVANGANWSKLADSTGDVKHAVSSSKFFEPSRGEKEVHGEFEKLLSTMQERFAESTD

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit B
分子量 formula_weight	57815.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MVLSDKELFAINKKAVEQGFNVKPRLNYNTVSGVNGPLVILEKVKFPRYNEIVNLTLPDGTVRQGQVLEIRGDRAIVQVFEGTSGIDVKKTTVEFTGESLRIPVSEDMLGRIFDGSGRPIDNGPKVFAEDYLDINGSPINPYARIYPEEMISTGVSAIDTMNSIARGQKIPIFSASGLPHNEIAAQICRQAGLVRPTKDVHDGHEENFSIVFAAMGVNLETARFFKQDFEENGSLERTSLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEYLAYQTERHVLTILTDMSSYADALREVSAAREEVPGRRGYPGYMYTDLSTIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIFVDRQLHNKGIYPPINVLPSLSRLMKSAIGEGMTRKDHGDVSNQLYAKYAIGKDAAAMKAVVGEEALSIEDKLSLEFLEKFEKTFITQGAYEDRTVFESLDQAWSLLRIYPKEMLNRISPKILDEFYDRARDDADEDEEDPDTRSSGKKKDASQEESLI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit D
分子量 formula_weight	29235.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSGNREQVFPTRMTLGLMKTKLKGANQGYSLLKRKSEALTKRFRDITKRIDDAKQKMGRVMQTAAFSLAEVSYATGENIGYQVQESVSTARFKVRARQENVSGVYLSQFESYIDPEINDFRLTGLGRGGQQVQRAKEIYSRAVETLVELASLQTAFIILDEVIKVTNRRVNAIEHVIIPRTENTIAYINSELDELDREEFYRLKKVQEKKQNETAKLDAEMKLKRDRAEQDASEVAADEEPQGETLVADQEDDVIF

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit F
分子量 formula_weight	13479.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MAEKRTLIAVIADEDTTTGLLLAGIGQITPETQEKNFFVYQEGKTTKEEITDKFNHFTEERDDIAILLINQHIAENIRARVDSFTNAFPAILEIPSKDHPYDPEKDSVLKRVRKLFGE

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Oxidation resistance protein 1
分子量 formula_weight	30818.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MFGVKDAIFKIKRSIAGTDSSDSTAYTTASESSPQLKDSHNPFRNKTTSERTIVEEGSLPPVRLNGYLPSTKNKLLTPEMCDEIRTLMPTRIQLYTEWNLLYSLEQHGSSLHSLYSNVAPDSKEFRRVGYVLVIKDRKNGIFGAYSNEAFHPNEHRQYTGNGECFLWKLDKVPDVNISEKEESEQEGKEGKEEGDKEERWRFSGYPYTGVNEFAIYCTSEFLSMGAGDGHYGLLCDDGLLHGVSNPCQTYGNEVLSKEGKKFSIVALEVWRVG

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7fdeG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ATP synthase, E subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	7fdeM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3240 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	20447

CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type proton ATPase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Oxidation resistance protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7fde__assembly_1__model_1

7fde__assembly_1__model_1 | I(q)

7fde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)