7h23

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of ZIKV NS2B-NS3 protease in complex with Z1148747945

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1414–1457 链 B; UniProt 1509–1675 突变:None DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 WKY N-(3-methylpyridin-4-yl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.8;298 K;30% w/v PEG 2000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M acetate (pH 4.8) 分辨率 1.49 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、302 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–46; UniProt 1414–1457 作者链 B; PDB构建体 2–168; UniProt 1509–1675

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7h23

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7h23
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7h23
沉积日期 deposition_date2024-04-03
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of ZIKV NS2B-NS3 protease in complex with Z1148747945
关键词 keywordsASAP, AViDD, SGC - Diamond I04-1 fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.24
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.03
零角强度 I(0) i08584650.00
分子量 molecular_weight21277.0 kDa
排除体积 excluded_volume26508 ų
包络体积 envelope_volume30536 ų
水化壳体积 shell_volume15825 ų
包络直径 envelope_diameter58.2
壳层 Rg shell_rg22.21
包络 Rg envelope_rg16.44
形状 Rg shape_rg16.00
总 Rg total_rg17.16
总原子数 total_atoms1495
残基数 n_residues195
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.8
Rg (实空间) rg_real17.13
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real8.5850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8585000.0000
解质量估计 total_estimate0.6407
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.7
偏度 Skewness skewness0.170
峰度 Kurtosis kurtosis-0.370
角度范围 angular_range— – 0.4600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2388000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.802; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.307; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)