7k15

Crystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Complex with Selective Antagonist MK-D-046

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	N-(tert-butylsulfonyl)-4-fluoro-2-{(3S,4R)-4-hydroxy-3-[(pyridin-2-yl)methyl]-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-7-yl}benzamide × 1 SODIUM ION × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLEIC ACID × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 NONAETHYLENE GLYCOL × 1 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLAV_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 236–382； UniProt 2–148

Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1

Homo sapiens

UniProt Q15722

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	N-(tert-butylsulfonyl)-4-fluoro-2-{(3S,4R)-4-hydroxy-3-[(pyridin-2-yl)methyl]-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-7-yl}benzamide × 1 SODIUM ION × 1 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLEIC ACID × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 NONAETHYLENE GLYCOL × 1 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LT4R1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 28–235； UniProt 5–212 作者链 A； PDB构建体 385–482； UniProt 213–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k15
沉积日期 deposition_date	2020-09-07
结构标题 title	Crystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Complex with Selective Antagonist MK-D-046
关键词 keywords	;Human Leukotriene B4 Receptor 1, hBLT1, BLT1, BLTR1, LTB4, LTB4R, LT4R1, LTB4R1, MK-D-046, selective antagonist, inflammation, inflammatory disease, Type 2 Diabetes, G protein-coupled receptor, GPCR, flavodoxin fusion, membrane protein, LCP ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7k15__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7k15__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7k15__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.95 Å
Rg（电子密度）	33.18 Å
总 Rg	33.30 Å
原子数	3611
残基数	455
排除体积	65437 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7k15__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1
分子量 formula_weight	53231.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3624

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAGRASSAAPPSLGVEFISLLAIILLSVALAVGLPGNSFVVWSILKRMQKRSVTALMVLNLALADLAVLLTAPFFLHFLAQGTWSFGLAGCRLCHYVCGVSMYASVWLITAMSLDRYLAVARPFVSQKLRTKAMARRVLAGIWVLSFLLATPVLAYRTVVPWKTNMSLCFPRYPSEGHRAFHLIFEAVTGFLLPFLIVVASYSDIGRRLQARRAKALIVYGSTTGNTEYTAETIARELADAGYEVDSRDAASVEAGGLFEGFDLVLLGCSTWGDDSIELQDDFIPLFDSLEETGAQGRKVACFGCGDSSWEYFCGAVDAIEEKLKNLGAEIVQDGLRIDGDPRAARDDIVGWAHDVRGAIRRFRRSRRTGRLVVLIILTFAAFWLPYHVVNLAEAGRALAGQAAGLGLVGKRLSLARNVLIALAFLSSSVNPVLYAFAGGGLLRSAGVGFVAKLLEGTGAEFLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(tert-butylsulfonyl)-4-fluoro-2-{(3S,4R)-4-hydroxy-3-[(pyridin-2-yl)methyl]-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-7-yl}benzamide
分子量 formula_weight	498.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	NONAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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晶胞边长 a length_a	70.770 Å
晶胞边长 b length_b	82.670 Å
晶胞边长 c length_c	127.480 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.880 Å
最低分辨率 resolution_low	34.370 Å
R 因子 r_factor	0.2144
R_work r_work	0.2118
R_free r_free	0.2612

Crystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Complex with Selective Antagonist MK-D-046

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k15__assembly_1__model_1

7k15__assembly_1__model_1 | I(q)

7k15__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Complex with Selective Antagonist MK-D-046

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k15__assembly_1__model_1

7k15__assembly_1__model_1 | I(q)

7k15__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)